カトマンズ補習授業校は日本人会によって運営されています。
通常は日本人会理事会がその任にあたり、理事の中に「教育担当理事（補習校担当理事）」が置かれます。
実際の運営、実務処理にあたっては、この教育担当理事を含む「補習校運営委員会」が、別途、学校組織として設置され、選任運営委員（９名）とともにさまざまな事柄について、議論、調査、決定を行っています。現在では財政的な理由により、専従の学校運営責任者が置かれていないため、保護者が教務・総務・会計チームのいずれかに所属し、保護者のボランティアサービスを中心とした運営が行われています。
学校運営に関わる重大事項等は、最終的には運営委員の多数決で行われますが、毎月行われる「運営委員会」へは、保護者、教員をはじめとする関係者は誰でも出席することができ、自由に意見を述べることができます。
学校運営に関する決定は、毎月定例の「日本人会理事会」へ補習校担当理事から報告がなされます。
最終的には毎年４月に開催される「日本人会総会」の場で、補習校運営に関する詳細および会計報告がなされ、次年度の活動予定や予算等を含めた運営計画が、日本人会総会決議規定に則って承認されることになっています。