La chiesa di San Domenico era sorta nell'XI secolo nei pressi dell'attuale Oratorio della Pace, tra la via XXIV Maggio ed il Corso Cavour, ma dopo la totale distruzione a causa del terremoto del 1908 venne ricostruita nella zona detta del "Dazio", tra il viale Regina Elena e la via Alessandro Manzoni nel 1932.
La chiesa era stata fondata prima dell'anno 1096 dai Templari accanto al proprio Ospedale e dedicata a san Marco. Nel 1311 fu ceduta all'ordine domenicano e intitolata a san Domenico, con annesso convento. Ne faceva parte l'oratorio della Pace, sede della omonima confraternita. La chiesa era stata restaurata prima del 1724 e ancora dopo i danni subiti nel terremoto del 1783. Fu distrutta in seguito da un incendio appiccato durante i moti del 1848. Chiusa al culto la chiesa venne utilizzata come deposito di agrumi, mentre il convento, chiuso nel 1866 divenne un convitto femminile. L'edificio andò completamente distrutto nel 1908.
Il terreno per la costruzione era stato acquisito dall'arcidiocesi di Messina nel 1925, nella zona detta del "Dazio", lungo la Circonvallazione, la via che segnava il confine della città ricostruita dopo il terremoto. La zona era stata durante il XIX secolo sede di molte industrie locali, al di fuori delle mura cittadine, e prendeva il nome dalla postazione del dazio. Il toponimo si mantenne anche dopo l'abolizione di questa istituzione nel 1879 e l'abbattimento delle mura cittadine.
Il nuovo edificio sorse nell'ambito della ricostruzione delle chiese e dei complessi religiosi dopo la seconda guerra mondiale, promossa dall'arcivescovo Angelo Pajno e venne affiancata dall'istituto della Madonna della Lettera della congregazione delle "Ancelle Riparatrici" (fondata da monsignor Antonino Celona).
La chiesa fu affidata all'ordine domenicano. Per un breve periodo tenne anche il titolo di Santa Maria del Graffeo, della chiesa greca-cattolica che apparteneva alla diocesi dell'Archimandritato di San Salvatore in Lingua Phari, andata distrutta nel terremoto, titolo restituito alla parrocchia personale per i fedeli di rito orientale presenti nella diocesi di Messina ospitati attualmente nella chiesa della Madonna dei Miracoli (Provinciale).
L'edificio venne costruito nel 1932 in cemento armato su progetto di Carmelo Umberto Angiolini, ingegnere e sacerdote.
La facciata presenta due pilastri che sorreggono un timpano triangolare, sormontato dalle statue in cemento di san Tommaso d'Aquino e di san Vincenzo Ferreri. Il portale è sormontato da una finestra ripartita da colonne tortili e con balconata in ferro battuto.
Altri due ingressi si aprivano alle estremità del transetto, ma quello sul fianco sinistro fu in seguito chiuso per l'erezione di un altare.
L'interno presenta una pianta a croce latina, con tre navate su colonne marmoree con capitelli compositi.
Nell'abside sono affreschi moderni (anni sessanta) del frate domenicano Angelico Spinillo: nel catino absidale la partenza della flotta cristiana da Messina per la battaglia di Lepanto, con al centro la Madonna del Rosario, e lungo la parete medaglioni con episodi della vita di san Domenico. Il coro ligneo del 1964 presenta rilievi scolpiti e statue di pontefici e santi e beati domenicani di Sicilia. Sull'altare maggiore si trova la statua marmorea della Madonna del Rosario, in un ciborio ligneo, mentre l'altare del Sacro Cuore si trova nel transetto sinistro.