La Chiesa di San Domenico sorge a Messina sulla Circonvallazione, la nuova strada che durante la ricostruzione, dopo il terremoto del 1908, ha segnato i confini della città risorta.
Il sito dove si erge nella zona detta "Dazio" a ricordo della postazione daziaria che si trovava al vicino incrocio tra la via Palermo e la Circonvallazione e che segnava l'inizio della città fuori le mura. In queste aree nel 1800 circa avevano sede gran parte delle industrie locali che così allocate potevano usufruire dei vantaggi del portofranco. Nel 1879 fu abolita questa istituzione e fu abbattuta la cinta muraria per dare spazio alle civili abitazioni, ma rimase la denominazione di "Dazio" nella individuazione di questo luogo ed ancora oggi si usa questo toponimo per identificare la zona.
In particolare il complesso architettonico che ha sostituito la precedente struttura baraccata si sviluppa ad angolo tra il Viale Regina Elena e la Via Alessandro Manzoni. L'attuale Chiesa con annesso convento occupa parte dell'isolato 522A pervenuto in proprietà all'Arcivescovato di Messina con atto di permuta del 9 aprile 1925.
Qualche anno dopo la rimanente superficie di mq. 4540 veniva destinata alla costruzione del limitrofo Istituto della Madonna della Lettera delle Ancelle Riparatrici, tutto ciò ad opera di Monsignor Angelo Pajno che tanta parte ebbe nella ricostruzione di Messina postbellica. Proprio Gli anni a cavallo del Novecento videro nella diocesi di Messina la fioritura di nuovi istituti religiosi come quello dei Rogazionisti e Figlie del Divino Zelo, ad opera del Beato Annibale Maria di Francia proclamato Santo da Papa Giovanni Paolo II nel 2004 e quello delle Ancelle Riparatrici, fondate da Monsignor Antonino Celona per il quale è in corso il processo di beatificazione. Il catastrofico terremoto del 28 dicembre 1908 che provocò 80.000 vittime contribuì notevolmente ad accrescere l'impegno della Chiesa locale verso quanti persero in quella infasuta circostanza ogni cosa. La ricostruzione fu lenta e laboriosa. Essa cominciò sotto Mons. Letterio D'Arrigo e, dopo trent'anni, venne conclusa dal successore Angelo Pajno. Cattedrali, episcopi, seminari e centinaia di edifici di culto, istituti e conventi vennero restituiti alla diocesi o costruiti ex novo La ricostruzione spirituale e materiale da parte di Mons. Pajno, ebbe inizio nel dopoguerra con l'indizione di due missioni cittadine (1945 e 1948), con la Peregrinatio Mariae in tutta la diocesi (1948), e con la nuova consacrazione della risorta cattedrale (1947), elevata, per l'occasione, da Pio XII alla dignità di Basilica. La Chiesa anche prima di essere parrocchia è stata sempre gestita dai padri domenicani, tanto che un tempo tale sito era conosciuta come "A chiesa 'i Patri 'Rigu (Arrigo)" con il nome cioè del sacerdote domenicano che la portò in auge e ne fece il fulcro religioso della città di Messina.