十分な量のDNAがとれません。
サンプルによっては十分な量のDNAをとることが不可能かもしれません。
対応可能な場合もありますのでご相談ください。
ゲノムDNAは、薄い場合に濃縮しても大丈夫でしょうか？
反応的にはより低い濃度のものでも可能な場合もありますが、このくらいの薄さになると
チューブへの吸着でなくなってしまう危険性が高まります。 もし濃縮される場合はAMpureXPを
お勧めします。エタ沈やカラム精製と比べて、ロスが少ないようです。
DNAの精製はキットを使った方が良いですか？
生物種、組織によります。多糖類、ポリフェノールなどの夾雑物が少ないサンプルであれば
CTAB法などで抽出したDNAでも問題ありません。当方で利用している制限酵素処理の
条件をお知らせいたしますので、対象のDNAが十分切断されるか事前に試していただくと安心です。
分解を受けたDNAは使えますか？
断片化が結果に与える影響を詳細に検討したことはありませんが、多少分解を受けたDNAでも
実験は可能です。様々な分解度合いのDNAが同時にシーケンスするサンプル中に混在すると、
リード数のばらつきが大きくなるという影響はあります。（分解が進んだものほど、リードが少なくなります）
サンプル識別のためのバーコードは何種類用意されていますか？
現在、３８４種類が利用可能です。
結果が出るまでにどれくらいの時間がかかりますか？
サンプルを受け取り後、３か月程度を目安にしてください。
年末～年度末はサンプルが集中しますので、より長くお待ちいただく可能性があります。
リファレンス配列は必要ですか？
無くても解析可能です。ただ、リファレンス配列はあった方がベターです。ドラフトゲノム程度の
品質であっても、リファレンスとしての利用価値は十分あります。
シーケンス結果の解析ソフトはStacksがベストですか？
StacksはRAD-Seqの結果解析に特化していますので、非常に手軽で、結果のビューワも
良くできていると思います。しかしながら、 他のソフトウェアを組み合わせて解析を行った方が
良い結果が得られる場合もあります。
例えば、RAD-Seqデータ向けのde novo assemblyプログラムにはpyRADがあります。
また、マッピングにはBWA、bowtie、変異のコールにはGATK、細々とした処理にはSAMtoolsなどがあります。