共同利用事業 RAD-Seq利用の手引き

龍谷大学農学部 永野研究室では、
RAD-Seq法を利用した共同研究を受け付けています。
幅広くご活用いただき、良い成果につながることを期待しております。

このページは、本事業をを効率的に利用していただくための手引きです。

RAD-Seq法でできること

  • ゲノム全体から50塩基 × 数千~数十万か所の配列が読めます。
  • 数千~数万の一塩基多型(SNP)情報が得られます。
  • 1回の実験で数百個体を同時に処理できます。
 そのため、ゲノムスキャンから連鎖解析、集団構造の解析まで様々な目的に利用できます。


                                                                                                    Peterson et al. (2012)の図 を改変

費用

お問い合わせください。

共同研究の流れ

 利用に際して、まずは当チームへお問い合わせください。



使用するサンプルの条件・解析

 DNAの濃度は、Qubit dsDNA HSなどのDNA特異的な蛍光色素で濃度を測定いただいて
 20ng/uLにそろえていただいたものを、96well PCR plateでお送りください。
 1実験で使用するのは1uLですが、念のため5uL以上で送っていただけると助かります。
 もし濃度の測定が困難であったり、どうしても薄いものしか用意できない場合は、ご相談ください。

 シーケンス終了後に、得られた配列データそのものだけでなく、
 Stacks (http://creskolab.uoregon.edu/stacks/) で解析し、作成したデータベース、
 独自に作成したレポート、Stacksなどの解析環境をセットアップ済みの仮想OSファイルをお返しします。
 それ以降の個別の解析に関しては十分お手伝いできませんが、その点はあらかじめご了承ください。

 詳しくは、FAQをご覧ください。

Authorship

 論文等の発表の際には、永野惇を共著者に加えていただきますようお願いいたします。
 その他、実験・解析に当方のPDが関わる場合には、そのPDも共著に加えていただけますと幸いです。

連絡先

龍谷大学農学部 永野研究室 RAD-Seq/RNA-Seq共同研究担当
cer.rad.seq@gmail.com