I am a co-animator of the NEM research Network supported by INRA- PHASE and INRA - MICA. It was initially created to support the diffusion of molecular techniques within INRA labs. General meetings occur once a year, and workshops dedicated to specific problems are organized when relevant. Nowadays, the discussion is focused on the statistics that are adapted to large datasets rather than technical insights about molecular techniques (since most labs actually send their DNA for some private company to perform the actual sequencing).

As a reminder, most of the previous presentations are online (https://intranet.inra.fr/phase/Vie-Scientifique/L-animation-scientifique/Les-animations-transversales/Nutrition-et-Ecosysteme-microbien-digestif).

NEM 5 et 6 mai 2025 à Rennes

Les organisateurs sont Ariane Bize, Emeline Roux, Mathieu Almeida, Diego Morgavi et Olivier Zemb.

Technologies de séquençage

• Yann Le Cunff a présenté l’outil SPARTA, alternative à PICRUSt pour l’inférence fonctionnelle à partir du 16S. Basé sur un modèle Random Forest, SPARTA propose une approche robuste bien que sensible à la perte d’échantillons. Il sélectionne environ 60 fonctions discriminantes parmi 10 000 possibles, offrant une meilleure correspondance fonction-taxons que DESeq2. on regarde aussi le lien entre taxon importants et fct importantes (idée de plein de petits taxons en cumulative, redondance fonctionnelle). il y a des fonctions imoprtantes , portées par des taxons qui n'auraient pas été relevés par analyse discriminantes exemple; akkermansio (zhang 2021). Il a illustré l’outil avec une démonstration à partir de captures d’écran.

• Lune Angevin & Emeline Roux ont introduit le potentiel du séquençage MinION pour la reconstruction de réseaux métaboliques à l’échelle souche. L’outil AuCoMe permet de relier taxonomie et fonctions (production de glutamine, propionate), illustrant la complémentarité avec le shotgun shallow.

• Olivier Zemb a comparé les technologies MiSeq vs AVITI, qui produit plus de short reads sur amplicon 16S mais qui ne match pas très bien avec les ASV sur Miseq quand on compare un même échantillons passé sur Miseq et sur aviti.

• Catherine Schouler a exposé les limites du TnSeq in vivo malgré sa puissance in vitro. L'in vitro n'est pas très reproductible. Pour l'in vivo, le souci est avant tout d’amener assez de clones mutants dans le caecum du poulet. Une alternative avec un système inductible est discutée.

Mini Bio Reactor

• Olivier Tenaillon a présenté l’usage de Mini Bio Reactor Arrays (MBRA) et de tags internalisés par CRISPRCAS dans E.Coli pour suivre les dynamiques bactériennes sous pression antibiotique. L’expérience révèle une colonisation initiale déterminante et des souches (ex : ST31) gagnantes systématiques.

• Olivier Zemb a partagé des résultats de fermentation colique in vitro corrélés aux performances zootechniques porcs, utilisant un système capable de suivre jusqu’à 100 conditions différentes. La piste du contrôle du propionate est évoquée.

• Marion Leclerc : impact du NO sur le microbiote ; certaines souches (e.g. Dialister) y résistent.

• Valérie Bertholot : validation des modalités de prélèvement ruminal (intubation, congélation) pour inoculation de fermenteurs semi-continus.

• Laura Chiaravano : étude des fermenteurs humains à Jouy-en-Josas ; importance de la variabilité donneur, pools nécessaires.

• Ariane Bize : dynamique virus-hôte en méthanisation via incubation batch.

• Julien Tap : stratégies DBTL pour construire des consortia microbiens performants. Données intéressantes d’épistasie microbienne, avec certaines souches utiles uniquement en mélange. Utilisation d’un biolector anaérobie.

• Joël Doré a retracé l’expérience Maat Pharma car seuls 30-40% des patients sont éligibles à l’autogreffe de microbiote: criblage de souches, fermentation contrôlée, lyophilisation, mélange systématique de donneurs. Les essais cliniques en cours visent l’aGvHD (phase 3).

• Discussion ouverte sur l’intérêt de développer un modèle in vitro digestif chez le poulet et proposition de la création d’un groupe de travail, avec Olivier Zemb, Vincent Jonchère, Philippe Velge, Catherine Schouler dans la perspective d’un montage de projet Carnot sur ce modèle.

Microbiote animal

• Karine Ricaud : le microbiote est une clé pour l’optimisation des régimes 100% végétaux chez la truite.

• Vanille Deru : l’étude comparative microbiote/génomique chez le porc montre que l’information microbienne permet une meilleure prédiction de l’efficacité digestive (> 0,52) que la génomique seule (< 0,30).

• Laurianne Voland : effet de la présence maternelle sur la colonisation du microbiote ruminal. Il est intéressant de simplifier le signal en signatures (entérosignature) de guildes de microbes.

Culturomique

• Lionel Rigottier-Gois a présenté le dispositif B-SIGHT pour le tri cellulaire anaérobie couplé à une identification MALDI-TOF. Objectif : établir une base de données d’isolats du microbiote intestinal humain. Ceci pourra s’avérer précieux

• Un système similaire existe à Toulouse (UMR Genphyse), mais avec un screening par biosenseurs en cours de mise en place au lieu du MALDITOF.

 Modélisation métabolique et assemblage de communautés (Julien Tap et Guillaume Gautreau)

• Ayite Adama-Hondegla et Bastien Renard ont exposé les résultats du projet européen DOMINO sur la fermentation de matrices végétales riches en protéines (légumineuses, céréales).

• Maxime Lecomte : modélisation des interactions dans un consortium fromager (projet avec Simon Labarthe). La simplification est possible mais peu généralisable.

• Daniel Rios Garza : approche de contrôle en boucle fermée du microbiote intestinal avec bascule entre états fonctionnels (production de butyrate) en fonction des durées de privation d’alimentation. Exemple de tipping point identifié.

Conclusions et perspectives

• L’outil SPARTA s'impose comme une alternative crédible à PICRUSt2 pour les inférences fonctionnelles à partir de données 16S, mais la question de la validité des affiliations taxonomiques reste un verrou scientifique.

• Le séquençage à l’échelle souche (MinION, shotgun shallow) gagne en pertinence grâce aux outils de reconstruction fonctionnelle comme AuCoMe.

• L'intérêt pour des modèles in vitro (colon, rumen, poulet) se confirme. Le groupe de travail "poulet in vitro" a pour objectif de structurer une proposition Carnot sur la base des modèles in vitro utilisés chez le porc.

• Des liens prometteurs entre génomique, microbiote et phénotypes zootechniques émergent, notamment en porc et en truite.

• L’approche DBTL et les outils de modélisation métabolique permettent d’imaginer des consortia microbiens optimisés pour l’alimentation et la santé.

Répartition des participants 2025 par structure

Un total d'environ 45 structures sont mentionnées, dont une majorité issues d’unités de l’INRAE, réparties sur tout le territoire.

Instituts académiques et publics

• INRAE : Très majoritaire (plus de 25 entités), avec des implantations à : Jouy-en-Josas, Toulouse, Rennes, Narbonne, Saint-Pée-sur-Nivelle, Antony, Palaiseau, Le Magneraud , Saint-Genès-Champanelle, Val de Loire

• Universités / instituts associés :

  • Université de Rennes - NuMeCan, IRISA (Rennes), CHU Rennes, Institut Agro Rennes Angers, UMR SayFood (Palaiseau), Inserm (Paris)

Entreprises / organisations privées

• Nor-Feed (Beaucouzé / Angers), Jefo Europe (Carquefou), Lallemand (Blagnac), TECHNA, Herbivor, Ferments du Futur (Jouy-en-Josas), Agro Innovation International / CMI-AII (Roullier)

NEM 2024 à Paris

Les journées NEM se sont déroulées du 15 au 16 Avril 2024 au siège de l'INRAE à Paris. Le présent mail sert de compte -rendu en détaillant le programme scientifique, l'origine des participants, et le bilan financier.

Lundi , Médéric a ouvert les journées en discutant des stratégies mise en place par les salmonelles pour échapper aux IgA produits lors d'un vaccin oral qui modifient les composants de la membrane de telle sorte que les cellules deviennent plus sensibles aux stress et à certains phages. Une vaccination avec 3 souches aux membranes modifiées permet d'améliorer sensiblement la susceptibilité aux phages (brevet en cours).(cf article nature https://www.nature.com/articles/s41467-022-29597-7)

Philippe Velge a partagé des données sur Salmonella et l'effet de barrière chez le porc, en particulier en discutant des profils de PICRUST2, qui suggèrent une respiration anaérobie plus importante. Joel Doré a fait remarqué le parallèle avec le cheminement chez l'homme et les réflexions sur le cercle vicieux de l'inflammation et de la dysbiose intestinale.

Mathieu Almeida a présenté des manipulations in vitro réalisées en collaboration avec l'unité MEDIS pour simuler des envahisseurs microbiens oraux provenant de la salive humaine dans un modèle de colon artificiel humain appelé M-ARCOL inoculé avec échantillon fécal humain, qui possède un compartiment de mucine. Il est possible de retrouver la trace des microbes oraux dans le colon artificiel, notamment dans le compartiment mucosal qui est pourtant le compartiment le plus riche en diversité microbienne. Ceci renforce les observations de mécanismes de survie et d’invasion de micro-organismes oraux dans le tractus digestif, qui est une signature de dysbiose dans plusieurs maladies humaines (cirrhose, cancer colorectal, …).

Lorenzo Sala a expliqué comment son équipe modélise un certain nombre de mécanismes connus dans le milieu intestinal pour fournir une vue d'ensemble quantitative de l'écosystème, y compris la fermentation des AGV, certains effets immunitaires, les métabolites microbiens, un gradient d'oxygène le long des villosités et un mouvement péristaltique. Cette vue d'ensemble permet une meilleure compréhension de l'écosystème digestif dans son ensemble, alimentée par les observations à chaque niveau, nécessitant une bonne communication avec les équipes de recherche. La validation du modèle est en cours.

Jordi Estelle a présenté la sélection divergente des entérotypes chez le porc, réalisée avec Catherine Larzul, ainsi que les perspectives ouvertes par la sélection des entérotypes High prevotella-mitsukella ou High Ruminococcus-Treponema. La transmission maternelle a également été évaluée dans ce système, bien que relativement faible pour la majorité des groupes. Joel Doré a souligné l'aspect interconnecté entre la sélection d'un environnement néonatal particulier et les conséquences sur le microbiote. Il est encore difficile de distinguer la cause de l'effet dans ce contexte.

Lauren Jouaron a présenté une méthode in vitro de fermentation intestinale porcine miniaturisée sur deux lignées de porc RFI, montrant des profils fermentaires significativement différents entre les lignées pour l'acétate et le propionate, corrélés à l'épaisseur de gras dorsal. Les voies métaboliques potentiellement impliquées ont été discutées. La suite de ce travail implique une analyse plus approfondie des métabolites dans le surnageant par LCMS et l'analyse des gaz produits par chromatographie gazeuse, car du monoxyde de carbone semble être produit, ce qui pourrait influencer la motilité des muscles lisses impliqués dans le transit intestinal. Les différents milieux disponibles pour la fermentation des fibres in vitro ont été discutés en fonction de leur pouvoir tampon et de leur accepteur final d'électron, notamment les sulfates qui produisent du H2S et la source d'azote sous forme de protéines ou d'ammoniac.

Olivier Chapleur a présenté une approche originale basée sur la LC-MS à haut débit pour regrouper et identifier les pics sans a priori, démontrant cette approche dans le cadre d'une étude sur l'impact de l'ammoniac sur la digestion anaérobie.

Mardi, Joel Doré a discuté de quelques exemples de défis en écologie microbienne, notamment la culture en milieu intestinal, qui ne cible que 30% de la communauté mais évolue, et l'importance de prendre en compte les métabolites de l'hôte qui influent sur le microbiote, ainsi que les entérotypes et leurs états associés, désormais au nombre de 24 sur une grande cohorte. Il a également abordé les guildes fonctionnelles associées. Le concept de clé de voûte dérivé de l'écologie macro reste encore à prouver au niveau du microbiote.

Sebastien Fromentin a partagé son expérience de la phase pilote des 3000 échantillons du French Gut, évoquant les difficultés de perte d'échantillons par la poste et l'afflux massif de participants par rapport aux prévisions, ainsi que les biais de représentation des participants. Ces problèmes sont intéressants pour lLa connexion avec les traitements remboursés par la sécurité sociale permet une bonne gestion des métadonnées.

Mathieu Almeida a présenté une solution pour permettre d’effectuer du machine learning sur des données humaines microbiote et cliniques dispersées dans différents hôpitaux tout en respectant les règles RGPD, malgré la diversité des protocoles d'analyse et des descripteurs de maladies, offrant ainsi un meilleur outil de diagnostic du cancer, notamment illustré dans le cancer colorectal.

Laurent Cauquil a démontré une méthode semi-manuelle pour récupérer les séquences 16S et les métadonnées d'articles sur le microbiote du lapin. Julien Tap a partagé l'idée d'utiliser des fichiers standardisés pour R afin de rassembler les séquences 16S et les métadonnées, similaire à l'approche utilisée en humaine où il a fait cela pour 35000 individus.

Cedric Midoux a présenté son outil Easy 16S pour explorer les données 16S (ou autres) sans avoir besoin de coder en R, afin de gagner du temps. Bien qu'il ne soit plus possible d'exporter directement le code, plusieurs améliorations ont été proposées par les participants. Lien :  https://hal.inrae.fr/hal-04549290

Caroline Achard a montré des données confidentielles sur l'intérêt à explorer le microbiote associé à la muqueuse à partir d'échantillons congelés, révélant parfois un effet de vaccination invisible au niveau fécal habituel en raison de la biomasse microbienne moins en interaction étroite avec l'hôte. Philippe Velge a partagé des essais similaires réalisés à Nouzilly à partir d'échantillons frais.

Lindsay Goulet a présenté un outil de détection automatique de la contamination croisée dans les données métagénomiques fécales générées potentiellement lors du process de traitement d’échantillon. Cet outil, entrainé sur des données simulées et testé sur des données réelles, permet notamment d’évaluer le pourcentage et la probabilité de contamination. L’outil est ainsi un guide sur la décision d’écarter ou de reprocesser des échantillons ayant des profils de contamination détectés.

Olivier Zemb a utilisé une base de données pour distinguer les bactéries aérobies et anaérobies lors d'une inoculation de cocktail microbiens à des porcelets. Après validation de la méthode au niveau du genre sur des données de culture dans lesquels les conditions d'oxygène sont maitrisées, il l'a appliquée à des microbiotes de porcelets inoculés avec un cocktail de 384 isolats anaérobies. De manière surprenante, une grande proportion d'aérobies est détectable chez les porcelets au sevrage, indépendamment de l'inoculation. Seuls 2% des microbes peuvent être retracés jusqu'au cocktail, tandis que 30% sont attribués à la truie. 45% ont une origine non déterminée car présents à la fois dans le cocktail et chez la truie.

Sandra Derozier a présenté la base de données Omnicrobe permettant une recherche textuelle automatisée pour extraire des informations au niveau du genre.

Marina Moletta a souligné l'utilité du marqueur 16S avec les lectures longues PacBio, permettant de distinguer des souches dans le microbiote cutané qui étaient identiques au niveau des lectures courtes V4V5. Dans l'intestin, le pourcentage de séquences assignées à un genre passe de 40 à 60%. La discussion a porté sur le rapport coût/bénéfice de cette technologie intermédiaire entre le 16S courte lecture et la métagénomique shotgun.

Origine des 39 participants : MICA : 21  , PHASE : 8,  SA : 2,  GA : 1, Divers / MCF : 7

NEM 2023 à Narbonne

Les organisateurs de cette année sont : Ariane Bize (Antony), Mathieu Almeida (Jouy), Jean-Jacques Godon (Narbonne), Diego Morgavi (Clermont) et Olivier Zemb (Toulouse), avec le soutien de Jérôme Hamelin et Kim Milferstedt.

Eric Oswald : Le Yin et le Yang des vésicules extraintestinales bactériennes. Eric a présenté ses travaux sur les vésicules extracellulaires produites par E. coli. Parmi les 4 types de vésicules, il a étudié les vésicules synthétisées à partir de la membrane externe des coli, qui sont concentrées par ultracentrifugation et dosées notamment par les OmpA insérés dans la membrane. Ces vésicules sont de petit diamètre (40 nm) et peuvent contenir l'hémolysine affectant les globules rouges en passant la paroi intestinale au travers des jonctions serrées, entre autres. En tant que petits bouts de pathogènes, ces OMV peuvent stimuler le système immunitaire pour en faire des parfaits vaccins sans aucune pathogénicité.

Béatrice Schaack : Gram-negative outer membrane vesicles are long-distance communication tools. Béatrice a présenté la synthèse des vésicules au cours de l'expérience de Lenski à partir de REL606. Au cours de cette expérience, les caractéristiques de production de vésicules de coli ont évolué en taille (de 20 nm à 50 nm) et en composition. Ils sont dosables par fluorimétrie par le FM1-43 qui est lipophile. En plus des vésicules de 160 nm se retrouvent dans le sang humain et leur marquage OmpA-iRFP permet de retrouver la fluorescence dans le sang après gavage de la souris.

Ariane Bize : Caractérisation des dynamiques virus microbiens et hôtes au sein de méthaniseurs en présence d'inhibiteurs abiotiques. Ariane a montré l'impact des stressors (phénol, mitomycine, NH4, NaCl) sur les phages et les bactéries de digestion anaérobie en comparant shotgun de la fraction virale et 16S. À la fois, les bactéries et les virus ont été impactés, mais il n'y a pas eu d'induction des phages lysogènes en cycles lytiques comme espéré.

Jean-Jacques Godon : Introduction à la virivorie. Jean-Jacques a introduit la question de savoir qui consommait les particules virales dans les différents écosystèmes, sachant que peu d'études ont montré comment le carbone des particules virales était ré-assimilé par la chaîne trophique, l'une des premières étant celle du laboratoire : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8472381/

Lamia Zoudji/OZ : Apport d'un standard interne pour suivre la croissance bactérienne par séquençage 16S : exemple sur la consommation de phages dans les stations d'épuration. Olivier a présenté les résultats de Lamia sous l'angle quantitatif apporté par le standard interne qui est ajouté au moment de l'extraction et qui permet d'obtenir des quantités de bactéries par séquençage 16S au lieu de proportions. La prédiction PICRUSt2 continue à subir des erreurs sur le nombre de copies, ce qui pose un gros souci lors de la normalisation. Même en corrigeant le nombre de copies d'Aeromonas grâce à la base de données de l'université du Michigan, il a montré que les bactéries présentes montraient une croissance quantitativement incompatible avec les quantités de virus introduites. Les bactéries qui poussent le font donc possiblement sur une contamination de la solution phagique qu'il faudrait purifier par gradient.

Anais Cazals/OZ : Différences entre PICRUSt2 et shotgun. Olivier a montré les travaux d'Anais sur le projet microfeed qui compare les prédictions PICRUSt avec les observations par shotgun chez le porc. Cet exemple illustre les soucis de PICRUSt2 pour prédire correctement la majorité des KO chez le porc dans le design 1, alors qu'il y a des recoupements dans le design 2. La question de la pertinence de PICRUSt2 pour le porc est posée. Il faudrait un moyen d'évaluer la qualité de la prédiction.

Mathieu Almeida : Démonstration pas à pas d'une analyse de séquences shotgun en mappant sur un catalogue existant. Mathieu a discuté de nombreux outils concernant la métagénomique, avec les avantages et les inconvénients. Il semble que le meilleur compromis tout-en-un soit MAGNETO de Churchward : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35703559/. Mathieu a aussi présenté le projet FRENCHGUT, qui utilise ces outils pour caractériser le microbiote humain à grande échelle.

Olivier Zemb : Mini-fermenteurs in vitro pour prédire l'efficacité alimentaire des porcs. Olivier a montré que des porcs qui transforment leur aliment en masse corporelle de façon efficace produisaient plus d'acétate et de propionate par gramme de fibre indigestible. Cela a été fait à partir de mini-incubations de 2 ml, ce qui a permis d'obtenir des données sur 48 porcs de façon simultanée. Il est important d'avoir un nombre 'important' de réplicats pour observer des différences significatives car l'écart n'est pas immense (+15% et +60% par rapport aux porcs contrôles).

Gaëlle Santa : Remplacement de la MolTaq pour les séquençages 16S short read suite à la rupture de stock : quelles candidates ? Gaëlle a montré que l'enzyme iProof de Bio-Rad générait quasiment les mêmes profils que la MolTaq, ce qui en fait une bonne candidate pour le remplacement.

Olivier Bouchez : The benefits of long-read HiFi sequencing for metagenomic analysis. Olivier a montré les résultats du PacBio long reads pour séquencer le 16S ou la région 16S-23S dans le but d'obtenir de meilleures affiliations taxonomiques. Le souci principal étant la pauvreté des bases de données 16S-23S

Emeline Roux : Étude des microbiotes intestinaux de nouveau-nés (en modèle porcelet) par analyse de séquences MinION. Emeline a montré l'utilisation du MinIon sur le microbiote de porcs du projet HOLOPIG. L'idée est de générer un index à partir des génomes connus, puis de créer une matrice décrivant chaque mélange en kmer. Il devient alors possible de séquencer un mélange de souches et de prédire le mélange le mieux à même de décrire le mélange de kmer observé.

Caroline Achard : Retour d'expérience sur le standard interne 16S. Caroline a montré deux exemples d'utilisation du standard interne (https://europepmc.org/article/PMC/PMC7066463). Il a permis de distinguer facilement deux traitements à des densités différentes, ainsi que de voir des relations entre des échantillons de porcelets d'âges différents qui n'avaient pas la même densité. Les proportions entre espèces microbiennes peuvent être trompeuses.

Kim Milferstedt : From 16S to metagenomes: in which case is it relevant and how to facilitate the technological transition? What depth would be relevant? Kim a comparé l'évolution des empreintes moléculaires vers le 16S et l'évolution du 16S vers le shotgun. La question est posée de savoir quand faire la transition par rapport aux coûts impliqués, ainsi que de savoir quelle expertise on souhaite garder au labo (analyse de séquence vs procédés macro).

NEM 2022 à Jouy

Émilie Muller a présenté ses travaux sur microtrix en station d'épuration sur les 10 dernières années comment la combinaison entre métagenome et métatranscriptomique permet d'approcher les généralistes qui ont 'plusieurs niches' qui n'expriment qu'une partie de leur génome pour lorsqu'elles occupent une niche. Au contraire les spécialistes tendent à exprimer tout leur génome (génome reconstitué à partir des reads cad des CAGs). Le concept est une façon intéressante de rapprocher métagénomique et métatranscriptomique, mais n'est pas adapté à l'étude du microbiote intestinal sur feces car le transcriptome a le temps de changer entre le colon et le feces. En revanche cela peut être intéressant pour les études prélevant le contenu intestinal après sacrifice. 

D'un point de vue technique, la variabilité entre réplicats de prélèvement de station aérobie était surprenante, et du coup le groupe d'émilie a développé une méthode pour déployer toutes les techniques omique sur un seul échantillon à partir d'une robotisation sur mesure. l'autre enseignement est que analyser des time séries est plus facile en utilisant derep pour conserver le gnéome assemblé de meilleure qualité (cad à une date donnée).

Enfin, à partir des données métagénomque, il est possible de suivre les infections phagiques et plasmidique chez les cellules bactériennes ayant survécu grâce au système de leur défense CRISPR-CAS (en assemblant à chaque time point). de façon surprenante, il y a une forte dynamique d'éléments plasmidiques (cf nature microbiology 2021)

Yasmine Dergham a présenté la microscopie confocale pour étudier des biofilms de façon dynamique, y compris le switch métabolique marqué par des gènes rapporteurs fusionnés avec GFP ou mcherry. Cette technique est très bien adaptée pour des petits systèmes in vitro mais semble difficilement applicable in vivo ou in situ.

Jean-Jacques Godon a présenté une manip sur la consommation de phages, qui pourraient être une source de carbone insoupçonnée dans tous les environnements. Cette consommation joue peut-être un rôle sur la dynamique prédatrice de phages sur les bactéries puisque les phages sont soumis à une boucle de biocontrole. Il serait intéressant d'estimer la consommation de phages pour un large éventail de stations d'épuration ainsi que sur des microbiotes intestinaux, surtout pour les aspects de phagothérapie intestinale.

Ariane Bize a montré les difficultés de marquer les virus d archées méthanogènes isotopiquement : les archées sont bien marquées avec le formate 13C mais le marquage n'est pas suffisant pour marquer les virus d'archées. Ariane a tout de même réussi à capturer des virus d'archées par une approche MAG couplée à des kmers (outil WISH). Elle a trouvé 39 contigus d'archées méthanogènes représenté en réseau bipartite, en particulier 2 virus fusiformes. Certains ont des gènes d'antibiorésistance , ce qui est un peu en contradiction avec la difficulté d'observer les ARGs dans les viromes animaux. 

Olivier Zemb a montré les débuts de culture, pour réviser le dogme de non cultivabilité également mis en doute par le groupe de Tom Clavel en Allemagne. Les pourcentages de microbes cultivables (50%) ouvre la porte a des manips de transplantation fécale à partir de cocktails d'espèces mieux maitrisés.

Jean-jacques godon et Anissa Dieudonné ont partagé leur réflexion sur les parallèles digestion in Vivo et in vitro. Il est intéressant de prendre du recul sur les modes de digestion trouvés par l'évolution naturelle, en particulier sur le 'prétraitement' des molécules par le haut du système digestif (y compris les aspects de mastication). A noter qu'il y a débat pour savoir si le termite utilise les champignons de la termitière pour une partie de la digestion en service externalisé. Olivier a montré l'exemple de profils fermentaires chez les lapins efficaces et non efficaces (qui font moins de propionate à partir de l'aliment prédigéré in vitro par l'acide et la pepsine) pour illustrer la capacité de prédiction et de compréhension que peut apporter des études in vitro.

Le lendemain , Benoît Chassaing illustré l'interaction entre études in vivo et in vitro sur l'exemple des agents émulsifiants alimentaires , en particulier pour comprendre les effets négatifs de la carboxyméthylcellulose, ce qui est intéressant a l heure de la réduction des xp animales. Avec des souris traitées au CMC, la couche de mucus est colonisée par des bactéries qui se retrouvent adhérentes aux cellules épithéliales. les souris traitées ont plus de LPS et de la flagelline dans leur feces (nature 2015), et l'inflammation intestinale modeste est associée à un dérégulation métabolique après 2 mois de traitement (test de résistance au glucose notement). De façon intéressante, certains microbiotes (ASF) ne réagissent pas à la CMC. Pour aller plus loin sur les microbiotes résistants, le groupe de benoit a montré qu'une bactérie pouvait convertir un microbiote resistant en microbiote sensible avec 50 chemostats in vitro. Le système présenté est assez simple pour permettre de le monter à l'inrae, par exemple en collaborant avec le LBE à Narbonne qui dispose de 30 chemostats en parallèle. Après avoir montré des mécanismes in vitro, le groupe a vérifié la pertinence sur une cohorte humaine complémentée en CMC en suivant le métabolome. De façon surprenante, ce passage chez l'homme a montré que 2 participants étaient hypersensible au CMC (alors que le reste ne l'était pas). On réinoculant les microbiotes sensibles au CMC à des souris, le phénotype est modifié par rapport aux microbiotes résistants. En retournant au système in vitro, il s'avère que la signature taxonmique 16S n'est pas suffisante pour comprendre la différence entre résistants et sensibles, mais les données métagénomqies semblent plus prometteuses.

Patrick veiga a parlé de son projet pour rapprocher nutritionnistes et écologurd microbiens du microbiote intestinal en identifiant les habitudes long termes.

Mathieu Almeida a parlé d'une nouvelle façon de faire les MGS qui consiste à définir un pan génome et à compter tous les variants d'une espèce sous ce pan génome. Il a ainsi montré qu un écosystème microbien comporte des microbes de passage sur une cohorte de 86 patients. Certaines espèces diminuent au cours du temps (donc définir une probabilité de disparaitre sont les espèces outflow et une probabilité de persister après avoir apparu, cad inflow, cf meslier gut 2020). La technique basé sur la couverture proche de l'origin de replication de Korem et al (science 2015) ,d'ailleurs évoquée lors d'un NEM précédent, est en cours d'implantation à MGP (apparement il faut au moins 1X de couverture, donc ceci ne marche pas sur des espèces rares).

Anais Cazals a montré deux pipeline d'analyse pour identifier les fonctions prédites par picrust liées à l'efficacité chez le porc à partir de 16S ; DEseq2 montre 3000 KOs différents entre porc efficaces et non efficaces, cumulés avec ClusterProfiles (liste de KO différentiellement abondants) ou GAGE (qui a besoin de log fold change même ce ce n'est pas significatif entre groupes, peut etre utilisé avec limma-trend ou deseq2). Variable direte, deseq2 est OK mais limma-trend est plus adapté pour prendre en compte une variable continue.

Le code de Laurent cauquil pour faciliter l'interprétation de la qPCR a été montré, ainsi que l'option de suivi individuelle de la fluorescence. Cette option permet d'évaluer les efficacités individuelles (logiciel linregPCR) : elle fonctionne pour des PCR avec 384 points, mais pas encore pour des puces fluidigm. Le nombre de copies de 16S par génome est discuté car l'idée d'une copie de 16S par génome est très fausse (cf database vetrovsky)

Ibrahim Fakih a montré les modèles métaboliques de fibrobacter du rumen. En partant du génome, 30% des réactions sont ajoutées manuellement (6 mois de travail), donc l'outil automatisé sur beaucoup d'espèces semble loin, ce qui est dommage car le modèle semble pouvoir prédire la DO, l'aacetate et le formate de cette bactérie en culture.

NEM 2020

Annulé (COVID)

NEM2019 in Nantes (21th and22nd of May 2019)

    MARDI 21 MAI 2019 (amphi D Escande IRS UN )

        14h : introduction des organisateurs de NEM: département PHASE, métaprogramme MEM, UMR Phan, MibioGate et Sysmics 

        14h20- 14h55: 2 présentations courtes

            Olivier Zemb : Du séquençage 16S semi-quantitatif grace à un standard interne

Olivier a présenté un travail en cours de publication concernant un moyen simple pour que les données de séquençages deviennent quantitatives sans modifier les protocoles actuels.

            Laurent Cauquil : Sequence Read Archive (SRA) : dépôt et extraction de données 

Laurent a illustré un dépot de séquences sous SRA, passage obligé des publication, mais aussi la récupération de données à partir de bibliographie, ce qui a été facilité récement par la force de R.

        15h-15h45 : Ignaccio Ipharraguerre en visio: Impact du microbiote sur les acides biliaires

Ignacio a présenté une hypothèse intéressante pouvant expliquer l'action des antibiotique sur le rendement de porcs en croissance. L'hypothèse est que les antibiotiques modifient le microbiote, et donc les acides biliaires secondaires que celui-ci produit, et qui agissent sur l'hôte, par des réceptieru TGR5 (membrane) ou FXR (nucléaire). Par exemple, FGF19 est augmenté (donc plus de synthèse de protéines).

        16h-16h45 : Patricia Lepage : The gut Microbiome; Functional approaches

Patricia a montré l'inoculation de souches spécifiques de Coriobacteriaceae sur des souris, ainsi que les soucis de contamination possibles. Les Coriobacteriaceae transforment les acides biliaires et leur abondance est liée au diabète. dans une première manip, les corio stimulent le tissu adipeux, la leptin et l'insulin. Dans une deuxième manip, la métatranscriptomique (attention à la conservation) sur le catalogue souris allemand (un peu plus de gènes) montre des différences entre les souris recevant du gras de lard et des souris recevant de l'huile de palme en même temps que des acides biliaires.

        16h45-17h15 : pause café    

         17h15-18h30 : 4 Présentations courtes sur les statistiques d'inocula complexe

            Olivier Zemb : prediction de phenotype par le microbiote et reproductibilité entre batchs

Olivier a montré une façon de prédire les performances d'un animal à partir de son microbiote fécal : prédire les performances d'une bande à partir d'une bande précédente est moins bon qu'à partir de contemporains, mais si les animaux ont reçu des antibiotiques, cela tombe à zéro.

            Mathilde LeSciellour : Comparaison de sPLS et random Forest pour prédire un phénotype à partir du microbiote

Mathilde a montré que les performances du porc sont difficilement reliables au microbiote fécal, ainsi que la capacité de prédiction lorsque des OTUs artificiellement corrélées au phénotype sont ajoutées. Les espèces majoritaires du microbiote fécal ne sont donc pas systématiquement liées au phénotype.

           Johanna Zoppi "MiBiOmics, an interactive web application for multi-omics data exploration and analyses through ordinations and graphs."

Johanna a montré un outil permettant de relier des jeux de données entre eux en réalisant des réseaux sur chacun, puis en reliant les réseaux dans un second temps.

            Rubino Francesco: Modelling the rumen microbiota with networks for multi-omics integration

Rubino a discuté de l'utilisation de réseaux enzymatiques connus pour analyser le microbiote de rumen.

    18h45 Aperitif bord de loire      

    19h30 Repas creperie

    MERCREDI 22 MAI 2019 (amphi D Escande IRS UN )

        8h45-10h: 3 Présentations sur les inoculations pour confirmer l'effet levier

            Catherine Michel (UMR PhAN) : les transferts de microbiote chez le rongeur conventionnel  

Catherine a montré des transferts de microbiotes chez le rat dans le cadre de 2 projets. Elle a notament montré les différentes techniques utilisées dans la littérature.

            Philippe Velge: Faecal gut microbiota composition of chicks can predict resistance to Salmonella Enteritidis colonization

Philippe a montré un travail comparant les super-excréteurs de salmonelles et les excréteurs normaux qui deviennent super-excréteurs lorsqu'ils sont contaminés (mais l'inverse n'est pas vrai). Les lowshredders ont plus d'enteroccocus au jour 5(prédicteur potentiel ?)

            Christine Leterrier : Créer un état de stress en transférant le microbiote d'un animal stressé : un exemple chez la caille

Christine a montré les liens entre microbiote intestinal et comportement au moyen de 'transplantation' de microbiote complexe. Les microbiotes sont prélevés chez des individus stressés chroniquement (main dans la cage et contension pendant 3 semaines) ou non-stressés. L'inoculation de microbiote de la lignée non émotive (congelé dans glycerol + cystéine mais pas vraiment anaérobie) modifie plusieurs indicateurs de comportement (réactivié et mémoire). Les animaux receveurs sont en isolateur pour éviter les contaminations.

      10h-10h15 : Annonces de nouveaux développements

            Caroline Achard: Comparaison des amorces V3V4 vs V4V5 chez le poulet

les amorces V4V5 permettent de détecter certains groupes importants chez le poulet qui ne sont pas détectés par les amorces V3V4. Attention, il existe quelques variations dans la littérature pour les amorces V3V4.

            Claire Cherbuy: organoïdes intestinaux et étude des interactions µbiote/hôte 

Claire a décrit les organoides intestinaux, ainsi que l'impact très important du milieu de culture utilisé. Il y a un grand choix de milieu. Cet outil permet de regarder uniquement l'épithélium, ce qui peut faciliter la détection de gènes (car les autres cellules sont absentes), mais il faut bien mettre au point le milieu de culture. Il n'y a pas de standard pour l'instant. Il est possible d'entretenir une seule lignée pour faire le milieu de culture des organoides qui contient à la fois Wnt3A, Noggin et R-spondin. L'accès au pole luminal nécessite de repasser en culture monocouche classique.

            Olivier Zemb : Installation de cultures anaérobies à haut débit à Toulouse

Olivier a montré une vidéo d'un nouveau robot pickeur qui est installé dans une enceinte anaérobie afin de réaliser de la culture à haut débit, et potentiellement extraire des espèces d'intérêt (identiféies par séquençage) d'un microbite complexe. Le développement de la partie séquençage est en cours mais la partie culture et réassemblage pourrait déjà être utilisée.

            Annonce de postdoc,thèses et/ou stages (Thèse Karine Ricaud, Eric, Marie-Agnès)

Postdoc chez patricia, thèse chez evelyne, thèse chez karine

        10h15-10h45 : pause café

        10h45-11h30 :  Marie-France Pilet : communication inter-bactérienne

Pour le dernier talk invité, Marie-France nous a fait une introduction du quorum sensing, et de son importance pour certains processus microbiens dans la dégradation d'aliments par Lactococcus piscium.

        11h45-12h15: 2 presentations courtes

              Mathieu Almeida : retour d'expérience sur la technologie de séquençage MinION.

Mathieu a présenté les grandes avancées du MinION en 2018 et 2019 avec des communautés MOCK composées de 90 espèces. Il reste un niveau d'erreur important (10%), mais le débit est maintenant similaire à celui d'Illumina. Pour l'instant, il reste possible de corriger les reads minION avec illumina. Cependant les reads longs ne permettent pas toujours de passer les séquences répétées (comme dans le 16S par exemple). L'extraction doit optimiser la taille des fragments pour ce débit (ici 4kb).

        12h15-12h30 : Conclusions des journées et choix du prochain RDV : Tours en 2020

NEM2018 in Narbonne (15th and16th of May 2018)

14h00 Thomas Clavel (15 min +10 min questions) : Exemple d'apport de la culture aux thématiques d'écologie microbienne

Thomas (www.clavel.ukaachen.de) a fait son master avec Joel Doré puis est parti travailler en Allemagne. Il a présenté son travail autour de la culture de microbes (lagkouvardos et al 2016) qui montre qu'environ 75% des microbes ont des proches parents (97%) cultivables dans le système digestif humain, ce qui contraste avec les mesures faites dans le sol. Une application chez le microbiote minimal de la souris est présentée (cancer colo-rectal). Une collection cochon est en cours de publication  (film dispo sur intranet bientot) .

14h25 Olivier Zemb (10 min + 5 min) : Retour sur un test de culture naïve chez le porc

Olivier (INRA Toulouse) présente un petit travail "naif" d'environ 1000 souches par échantillon de porc (sur 3 échantillons de fèces) et montre également des taux de cultivabilité de 70%, illustrant la réelle chance de capturer des OTUs identifiées par 16S pour études ultérieures si ces résultats sont confirmés (une seule manip de culture a été réalisée pour l'instant) (présentation dispo sur intranet)

14h40 Mathieu Almeida (10 min + 10 min) : Utilisation de données métagénomiques pour aiguiller la culture des "most wanted"

Mathieu a présenté son projet ARMADA (Métagénopolis), dans lequel il améliore les espèces metagénomiques afin de trouver des marqueurs pour aider au screening et à la culture des organismes "most wanted". Cela pourra être fait par traduction des génomes drafts en métabolites ou en marqueurs identifiables par PCR haut débit. En particulier Mathieu travaille actuellement pour regrouper les génomes accessoires de chaque souche (au lieu d'avoir uniquement le core-genome qui correspond au signal de covariance)  (présentation dispo sur intranet)

15h30 Marie-Agnes Petit (20 min + 10 min) : Les phages dans les microbiotes: comment retrouver ses petits?

Marie-agnès a montré les premiers résultats des l'action MEM "metavir" sur les phages dans les tubes digestifs de l'homme , du lapin et du porc. La difficulté du regroupement des reads shotgun à 95% ainsi que la représentativité des base de données sont discutées. Les phages ont des génomes qui varient beaucoup. En conclusion l’étroitesse probable du « core-virome » est une réalité problématique pour une approche par catalogue de gènes. (presentation confidentielle)

16h00 Martial Marbouty (30 min + 10 min) : Le séquençage meta3C pour lier les phages à leur hôte bactérien

Marital est nouvellement recruté CNRS après avoir fait sa thèse à l'institut pasteur. Il a présenté la méthode de séquençage meta3C qui se base sur la proximité physique des fragements d'ADN. Des algo maison permettent de reconstituer des génomes. Son papier le plus récent montre l'utilisation de cette technologie pour reconsitituer des signatures de phages  (présentation dispo sur intranet). Le grand avantage de cette technologie est qu'elle permet d'étudier des éléments génétiques mobiles, même s'ils ne sont pas intégrés dans le génome (auquel cas la technologie long read est probablement meilleure bien qu'il n'y ait pas encore de benchmark réalisé). (présentation dispo sur intranet)

16h40 Martin Beaumont (10 min + 5 min) : Intérêts et limites du « test des eaux fécales in vitro » pour comprendre comment le microbiote interagit avec la muqueuse intestinale

via la production de métabolites

Martin (INRA Toulouse) a montré un cas où une analyse in vitro a infirmé une corrélation observée à partir de corrélations entre spectres de métabolites et cytotoxicité. en effet le 5-aminovalérate s'est révélé co-varier avec les acides biliaires, également identifiés, et qui eux sont cytotoxiques.   (présentation dispo sur intranet )

17h00 Bart Haegeman (20 min + 10 min) : Idées sur la théorie de stabilité des écosystèmes

Bart (INRIA Moulis) a discuté la théorie de stabilité des écosystèmes (en réponse à une perturbation temporaire), et de la notion contre-intuitive que les rares peuvent peser très lourd dans la balance. l'asynchronie (spatiale ou temporelle) est au coeur de l'aspect "stabilisation par la diversité". La prédiction de la stabilité à grande échelle à partir des petites observations est le challenge de demain.   (présentation dispo sur intranet )

17h30 Elie Le Quémener (10 min + 5 min) : Thermodynamique microbienne et modélisation des écosystèmes microbiens

Elie (LBE) a montré la relative bonne adéquation entre thermodynamique classique et prédiction de la fermentation qui se met en place en station d'épuration. Mais on ne peut pas avoir trop de paramètres pour qu'un modèle soit utile (au lieu de simplement fitter les données d'une manip sans parvenir à predire la manip suivante). Or la thermodynamique est très bien corrélée au taux de croissance en culture pure. Le travail en cours consiste à prédire chaque taux de croissance à partir de l'enthalpie libre des réactions de la dégradation anaérobie (et non espèce par espèce). cela pourrait permettre de n'avoir presque aucun paramètre à fixer arbirtrairement pour les stations d'épuration (thèse hadrien delattre irstea antony). Elie va partir 1 an chez Andrew Marcus pour faire la même chose au niveau des tubes digestifs. 

Mercredi 16 mai 2018

09h00 Raphaele Gresse (10 min + 5 min) : Développement d’un modèle in vitro de dysbiose intestinale chez le porcelet post-sevrage

Raphaele travaille pour Lallemand. Présentation confidentielle.

09h15 Laurent Cauquil (10 min + 5 min) : Comparaison de 3 méthodes d'analyses différentielles de l'abondance microbienne

Laurent a présenté les points communs et les différences des OTUs 'significatives' selon 3 méthodes statistiques qui ont des postulats légrement différents : MetagenomeSeq (postulat=prise en compte de la profondeur de séquençage) – DESeq2 (postulat=la majorité des espèces reste inchangée) - EdgeR (postulat= réaction linéaire des espèces) - tes wilcox (non-paramétrique = pas de postulat). Aucun OTUs du jeu de données considéré n'est significative avec le test non-paramétrique si on prend en compte la FDR. Il y a une certaine redondance dans les OTUs trouvées avec les autres postulats. Ceci illustre l'importance des manip pour dépasser le stade de corrélation et confirmer/invalider les résultats stats. (présentation dispo sur intranet)

09h30 Olivier Zemb (10 min + 5 min) : L’ANOVA 2x2 non paramétrique

Olivier (INRA Toulouse) présente un jeu de données où l'ANOVA n'est pas bonne pour les OTUs ( 98 % des OTUs ont des résidus non-normaux). La version non paramétrique de l'ANOVA 2x2 (friedman généralisé) ne permet pas de quantifier l'interaction. La nécessité d'avoir des variances homogènes est discutée.   (présentation dispo sur intranet )

10h15 Malo Le Boulch (10 min + 5 min) : Difficultés de l'inférence fonctionnelle à partir du 16S

Malo (en thèse à INRA Toulouse) présente sa base de données aggréant plusieurs bases existantes pour inférer des fonctions à partir du 16S   (présentation dispo sur intranet bientot).

10h30 Pascale Mosoni (10 min + 5 min) : Hybridation pour extraire des séquences de gènes fonctionnels à partir de 16S (projet MEM CaptOTU)

Pascale présente l'hybridation à partir de sondes biotiniliées pour caputer les génomes d'OTUS d'intérêts sur l'écosystème ruminal. Le génome n'a pas été atteint mais plusieurs séquences 16S entières ont été capturées avec succès. L'intérêt par rapport aux récents développements de la technologie long-read est discuté. (présentation dispo sur intranet ).

10h45 J [≈ most energetic cosmic ray ever detected, in 1991] [≈ most energetic cosmic ray ever detected, in 1991] [≈ most energetic cosmic ray ever detected, in 1991]érôme Hamelin (10 min + 5 min) : Présentation du LAMACs: Lab-scale Automated and Multiplexed Anaerobic Chemostat system

Jerome (LBE) présente les mélanges de communautés méthanogènes et le sur-rendement observé en batch sur substrat complexe (action MEM passée). Une équipe anglaise travaillant sur substrat simple avait constaté que la meilleure communauté (ie la plus efficace) prenait le dessus en cas de mélange. Les 30 chemostats pour évacuer l'effet batch n'ont pas confirmé les résultats initiaux de sur-rendement, mais le LBE dispose maintenant un outil utile et adaptable pour tester l'efficacité de la digestion aérobie ou anaérobie in vitro , en chemostats répliqués(présentation dispo sur intranet ).

NEM2017 in St Pee/Nivelle (22th and 23th of May 2016)

As usual, registration is free but participants have to pay their transport and lodging.

Invited speakers 

Jeff Bowman (wrote the paprica software to extrapolate functions from 16S sequences)

Niv Zmora (Microbiota Diurnal Rhythmicity Programs Host Transcriptome Oscillations, cell 2016 - will not be recorded)

Joel Doré (human microbiome)

Lundi Après-midi, Niv Zmora (ISREAL) a présenté les travaux publiés par son groupe sur les liens entre microbiote et obesité.

cela peut etre du au changement "récent" de régime (educolorants, moins de graisses, plus de sucres)

 Il y a deux éléments principaux à retenir :

- il y a des fortes et faible réponses de glycémie après ingestion d'un repas selon les individus

- il y a démonstration systématique de l'aspect causal du microbiote dans le phénotype (via transferts ou antibiotiques).

-il y a une amélioration de la prédiction de la réponse de glycémie par la prise en compte des microbiotes de chaque individu.

ceci est particulièrement intéressant en ce qui concerne l'hétérogénétité des efficacité de digestion chez le porc.

Puis Joel Doré (MICALIS) a présenté son hypothèse de travail sur Homo sapiens ‘symbioticus’  et les transitions critiques.

l'idée principale est que l'écosystéme digestif a plusieurs états stables et que le micrbiote et l'inflammation du TD peuvent entrer dans un cycle vicieux.

Olivier Zemb (GENPHYSE TOULOUSE) a présenté l'impact de la primocolonisation chez les lapins et les porcs : influer de façon précoce permet de modifier la composition du microbiote intestinal de l'animal au sevrage.

Philippe Gérard (MICALIS) a présenté les transferts de microbiote complexe permettant de transférer des phénotypes diabétiques.

Olivier Zemb(GENPHYSE TOULOUSE) a présenté une façon de faire de l'inférence fonctionnelle à partir du 16S (Tax4fun) et d'extraire de l'information sur la redondance fonctionnelle (publi soumise).

Jeff Bowman(Scripps Institution of Oceanography, California) a présenté par visio une autre façon de faire de l'inférence fonctionnelle avec son outil PAPRICA (qui ne dépend pas d'une taxonomie attribué à partir d'une base de donnée mais recrée un arbre phylogénétique à chaque fois).

cela pourrait se combiner de façon intéressante avec la métagénomique pour adapter les prédictions par espèce animale.

Malo Le Boulch(GENPHYSE TOULOUSE) a présenté sa thèse visant à appliquer/tester PAPRICA.

Lundi soir, tout le monde s'est retrouvé dans une ambiance conviviale pour continuer les échanges dans un petit restaurant à Biarritz .

Mardi matin, Sarah Meale a présenté les effets d'un inhibiteur de méthanogénèse chez les ruminants.

Amine Benarbia(NORFEED) a présenté l'utilisation des extraits de plantes en alimentation animale par NORFEED.

Jérôme Hamelin (LBE NARBONNE) a présenté la base de pathogènes identifiables à partir de données 16S compilée au LBE NARBONNE, ainsi que la limite de la méthode.

Caroline Achard (Lallemand) a présenté l'avantage des primers V4V5 par rapport aux primers classiques V3V4 (ciblant plus large, y compris les archées bien que plus dégénérés).

Mathilde Le Scelliour (INRA PEGASE) a présenté des méthodes de normalisation et leur impact sur les conclusions de travaux liant l'efficacité de porcs et leur microbiote (2 régimes en alternance).

Sylvie Combes a présenté une liste de méthodes de normalisation de données 16S et leur statistique associées. Weighted UNifrac semble la méthode la plus robuste.

Jordi Estelle a présenté les aspects de normalisation des read lors d'études métagénomique (en prenant l'exemple du catalogue porc).

Joel Doré a fait part de l'impossibilité d'aller vers la culture haut débit "à moitié". ils ont mis 9 mois à trouver les conditions de culture de F.Prau. Olivier Z a montré des images de croissances de colonies en microscopie à champ large.

Le séminaire s'est conclu par une visite guidée de la station de St Pee (plusieurs systèmes mesurant la digestibilité et le comportement des poissons et labo mléculaire).

Les videos / presentations seront bientôt disponible sur youtube (pour certaines) et/ou l'intranet INRA à l'adresse habituelle (pour les orateurs ayant donnée leur accord et pour les agents INRA). Pour les autres, merci de vous adresser directement à l'orateur pour un partage de présentation.

 NEM2016 in JOUY-EN-JOSAS (9th and 10th of May 2016)

• Contrôle génétique de la composition du microbiote intestinal chez le poulet - Le modèle "D+/D-" : lignées divergentes pour leur digestibilité - Fanny Calenge

• Vers une estimation des flux d'assimilation par RNA-SIP "Quantitative" - Olivier Zemb

• The pig's other genome : a reference catalogue for the porcine gut microbia - Jordi Estellé

• Blending complex ecosystems - Does microbial diversity or microbial interactions matter ? - Jérôme Hamelin

• Variabilité technique des données de clusterisation et d'assignation taxonomique des communautés bactériennes par séquençage MiSeq des région V3-V4 des gènes codant pour l'ARN 16S - Sylvie Combes

• A thermodynamic theory of microbial growth and its perspectives for ecosystem modelluing - Théodore Bouchez

NEM 2015 in Toulouse

• • Catherine Schouler (INRA Tours) on phagotherapy.

  • Jean Michel Elsen (généticien INRA Toulouse) on Genome Wide Association Study. 

  • Jean-François Brugère (université clermont): methanogenic archeas

  • Olivier Zemb : 16S sequencing for 25 EUR

  • Lucas Auer : Screening du potentiel hydrolytique par des communautés bactériennes issues du microbiote intestinal de termite. 

  •  Luc Saulnier (INRA Nantes, par visio) on measuring fibers by GCMS. 

  •  Olivier Bouchez (INRA Toulouse) on long-fragment sequencing. 

  • Sebastien Dejean (Université Toulouse, createur du package mixomics) on the Mixomics package to link large datasets

  •  Géraldine Pascal FROGS: Find Rapidly OTU with Galaxy Solution.

  • Sylvie Combes (INRA Toulouse) on Mixomics application

NEM 2014 in Clermont ferrand (list below, LDAP needed) can be found on https://intranet6.inra.fr/phase/Vie-Scientifique/L-animation-scientifique/Les-animations-transversales/Nutrition-et-Ecosysteme-microbien-digestif

Greg Marandat (IRSTEA) « Application de MG-RAST et voies KEGG et COG dans un contexte de digestion anaérobie 

Morgan Langille sur l'interprétation fonctionnelle  de séquences 16S en voies KEGG par PICRUSt( Nature 2013) et discussions

Mathieu Almeida sur: "le concept d'espèces métagénomiques, l'exemple de MetaHIT" 

 How can we best engineer and manage microbial ecosystems to obtain and maintain a desired process performance and stability? (Kim Milferstedt, Jean-Jacques Godon, Jérôme Hamelin)

rôle du microbiote dans l'homéostasie de l’épithélium digestif (Muriel Thomas)

Dégradation de la lignocellulose par des consortia microbiens enrichis à partir des microbiotes de rumen bovin et des insectes (Guillermina Hernandez)

Profils fermentaires de microbiotes de lapins efficaces et non-efficaces, élements de comparaison non-génomiques (Olivier Zemb)

Irene Gabriel: Métabolites microbiens dans le tractus digestif du poulet. Exemple chez de poulets de status métabolique différent. 

Marion Borey (INRA St Pée) : Effets de l’alimentation végétale sur les caractéristiques morphologiques et fonctionnelles du tractus gastro-intestinal et du microbiote associé chez la truite arc-en-ciel en fonction de son génotype.

Jordane Despres (INRA Theix) : Analyse de données RNAseq d'une bactérie fibrolytique du colon humain : Bacteroides xylanisolvens XB1A

As a reminder, Oral presentations of NEM 2013 (list below) can be found on https://intranet6.inra.fr/phase/Vie-Scientifique/L-animation-scientifique/Les-animations-transversales/Nutrition-et-Ecosysteme-microbien-digestif/Seminaire-NEM-2013-Les-documents-disponibles

Jerome HAMELIN -Robust estimation of microbial diversity

Christine LETERRIER - Les conséquences de l'emploi d'un probiotique sur les comportements émotionnels chez la caille

Fanny CALENGE -Etude de la composition du microbiote digestif du poulet par approche moléculaire : des empreintes moléculaires au 16S

Kim MILFERSTEDT - One primer pair fits all? Criteria for selecting primers for high-throughput sequencing. One pipeline fits all? Criteria for composing a standard

Olivier ZEMB - Différencier des groupes par DAPC sur un jeu de données 16S

Karine RICAUD - Effet du gavage sur la composition du microbiote intestinal du canard par séquençage haut débit en 454.

Laurent CAUQUIL - Avancées technologiques : Miseq - base LTP - Pipeline RDP-Esprit