【書籍】化石の研究法
【書籍】古生物学入門（普及版）
【書籍】新版 微化石研究マニュアル
【書籍】古生物の科学シリーズ
【書籍】古生物学の百科事典
【論文】学習の手引き「古脊椎動物学」入門（高橋・間島，1994）
【論文】微化石研究の現状と石油地質学への応用（佐藤，2012）
【論文】微化石による古環境解析（高柳，1988）
【論文】現生放散虫研究の手法と研究機器（松岡，2002）
【論文】有孔虫の生物学的プロセス研究の進展 ―微化石生物の古生態を理解するた めの現生有孔虫生態学―（土屋ほか，2016）
【書籍】種を記載する 生物学者のための実際的な分類手順
【書籍】地学ハンドブック27 サメの歯化石のしらべ方
【書籍】地学ハンドブック7 貝化石のしらべかた
【書籍】地学ハンドブック8 生痕化石調査法
【論文】生痕化石分類学入門（小幡, 2009）
【書籍】生物系統学
【書籍】生物体系学
【書籍】動物の系統分類と進化
【書籍】系統分類学入門：分岐分類の基礎と応用
【論文】分子系統解析の最前線（松井，2021）
【論文】分子系統樹を用いた分岐年代推定と生物多様化プロセス解析の概要（昆・井上，2019）
【書籍】国際層序ガイド
【書籍】層序と年代
【論文】歯のマイクロウェアに基づく採食生態推定法の進展と三次元マイクロウェア 形状測定（山田ほか，2017）
【論文】訂正：山田ほか（2017）
【論文】有蹄類の食性推定の現状と課題 : メゾウェア解析を中心に（山田，2015）
【論文】エナメル質アパタイトを用いた炭素および酸素安定同位体比分析 : 化石哺乳類の生態復元にむけて（鵜野ほか，2013）
【論文】CTを用いた化石研究 : 古神経学入門(地球科学入門講座)（河部，2015）
【論文】CTスキャンによる長頸竜亜目鰭化石の真偽判定（久保ほか，2022）
【論文】X 線CT やX 線µCT を活用した三次元構造解析（三島，2020）
【論文】ノンパラメトリックな多峰性検定-Silvermanの検定-とその古生物学への導入（楠橋・岡本，2015）
【論文】化石表面形状の3次元形態測定学 : イノセラムスの殻形態を例として（生形，2012）
【論文】生物のかたちの測定と比較（生形，2011）
【その他】SPring-8 で化石を調べる（SPring-8ニュース，95号，2018）
【論文】骨化石観察におけるX線CTの有用性 – 恐竜Stegosaurusの皮膚装甲の内部構造を例として –（林ほか，2005）
【論文】動物の硬組織と軟組織を同時観察する薄片作製のための新たな包埋法（浦野ほか，2018）
【論文】古生態復元に新たな視点をもたらすカメの骨組織研究（中島，2017）
【論文】骨組織学から読み解く絶滅動物の生理と生態（林，2015）
【論文】化石の微細構造の研究（神谷，2007）
【論文】恐竜足部復元のためのダチョウ足の解剖と機能（松本，2013）
【論文】ワニの筋学 : -古脊椎動物学者に必要な解剖- I.上顎,下顎（鈴木・林，2008）
【論文】ワニの筋学-古脊椎動物学者に必要な解剖- : II.肩帯・前肢（鈴木・林，2010）
【論文】ワニの筋学-古脊椎動物学者に必要な解剖- : III.腰帯・後肢（鈴木ほか，2011）
【論文】軟体動物の解剖 : コウイカ・サザエ・ホタテガイ（佐々木，2008）
【論文】かたちの違いは機能の違い--筋骨格系モデルによる絶滅四肢動物の前肢の姿勢・運動機能の復元（藤原，2015）
【論文】有限要素解析による鳥脚類恐竜の食餌機能評価（大橋ほか，2007）
【論文】貝類の炭素・酸素安定同位体比研究 生物源炭酸塩を活用した古生物研究への応用に向けて（西田，2020）
【論文】大型植物化石に基づく新生代の古気候変遷と気温（植村，1993）
【論文】葉化石から推定する古気候 ―基本原理と教育への応用―（成田，2018）
【論文】有孔虫から海洋環境の変遷をさぐる（根本ほか，2008）
【論文】Tree Reconciliation analysis による福井県の恐竜を含む白亜紀前期の恐竜の生物地理的解析（久保，2014）
【論文】3D CGによる束柱類の生体復元（新村・松井，2019）
【論文】北海道産鰭脚類化石のデジタル生体復元―フォトグラメトリーおよび3D CG ソフトによる制作（新村ほか，2016）
【論文】CT画像を用いた化石の内部構造の復元 : スピリファー類の腕骨形態の例（椎野，2010）
【論文】３Dモデリングによるミエゾウとタンバティタニスの骨格復元（三枝，2020）
【論文】古生物復元作品制作入門 : その1.アショロカズハヒゲクジラの復元模型（新村，2014）
【論文】古生物復元作品制作入門 : その2.束柱類の復元画（新村，2014）
【書籍】「 ゾウの足跡化石調査法 」
【論文】足跡化石記録手法の発展と3-D技術（石垣ほか，2020）
【論文】SfM多視点ステレオフォトグラメトリーによる恐竜足跡化石の三次元的な記録（柴田ほか，2021）