Так же как и в криптографии в стеганографии используются специальные протоколы. Под протоколом понимается порядок действий предпринимаемых двумя или более сторонами и предназначенные для решения определенной задачи. Можно разработать исключительно эффективный алгоритм скрытия информации, но из-за его неправильного применения не добиться поставленной цели. Отличие протокола от алгоритма заключается в том, что в протокол должны обязательно включены двое или более сторон. Так же как и протокол алгоритм состоит из шагов. На каждом шагу протокола должны выполняться какие-либо действия.