perlスクリプト

<LogAnnotator>

漁船操業観測データのアノテーション用スクリプト。

水温深度計を漁具に装着して漁船操業観測を行う際に便利。

<GBMitoGenes>

1. GenBank形式で保存したMitogenomeのレコードから各遺伝子を切り出してFASTAにまとめる。

2. 切り出されたFASTAをMAFFTで一気にアライメントする。

3. アライメント済みFASTAを直列に繋いだ"concatenated.fas"をoutputする。

*その他、いくつか機能を組み込みました。Mitogenomeシーケンス用。

<FASTAEditor>

1. FASTAを変換する、コドンを選んで出力、全く同じ名前のシーケンスを繋ぐ、等。

<AFLPestimator>

1. Fasta形式で用意されたゲノムデータをMseIおよびEcoRIでin silico digestしたフラグメントの羅列"digest.fas"をoutputする。

2. "digest.fas"からSelective primer配列を両端にもち、Lengthの範囲内に収まるものを選択した"SelectivePCR.fas"をoutputする。

<SNPdetector>

1. ある集団で固定したSNPを特定する。Foreground （目的集団）とBackground (その他大勢) の２つのFastaが必要。

///使い方 (Windows)///

1. perl使用環境をチェック。perlがPCに入っていない場合は、Active perlをインストール。

2. 使いたいスクリプトをダウンロード、解凍。

3. infileと「～.pl」を同じディレクトリに配置し、起動。