Morihei Ueshiba naît de Yokoru et Yuki Ueshiba, le 14 décembre 1883 à Tanabe au Japon. Enfant de faible constitution et souvent malade, mais très intelligent, il étudie le chinois et la religion bouddhiste sous la direction d'un prêtre shingon. Il porte un intérêt marqué à la prière et la méditation. Pour se renforcer physiquement, son père le pousse à pratiquer le sumo et la natation dès l'âge de 10 ans.
En 1901 il part pour Tokyo, où il ouvre une librairie-papeterie, en fait, une simple échoppe ambulante. Il étudie le Ju-jitsu de la koryu (école ancienne) Tenshin Shin'yo Ryu sous la direction de Tokusaburo Tozawa. De nouveau malade, il retourne à Tanabe. Il s'astreint alors à se forger un corps neuf et solide en pratiquant les exercices physiques les plus durs. Quelque temps plus tard, il épouse Itogawa Hatsu.
À 20 ans, il réussit à s'engager dans un régiment d'infanterie malgré sa petite taille (1,56 m), où il apprend le juken jutsu (combat à la baïonnette). Il participe à la guerre russo-japonaise en Manchourie, puis quitte l'armée en 1906 et retourne à Tanabe.
En 1910, le gouvernement japonais lance un projet de repeuplement de Hokkaido. Ueshiba décide de partir en 1912 avec sa famille et un groupe de 80 personnes. Ils fondent la ville de Shirataki. La vie est très dure, l'hiver très long, les récoltes mauvaises. Mais la détermination de Ueshiba motive les colons.
C'est à cette époque qu'Ueshiba rencontre Sokaku Takeda, soke (grand maître) de la koryu Daito de jujutsu (Daitoryu jujutsu). Ueshiba l'invite à rester chez lui pour devenir son disciple et Takeda lui enseigne son art.
En 1919, il apprend que son père est gravement malade. Il abandonne ses terres à Maître Takeda et part pour Tanabe. En chemin, il entend parler de Onisaburo Deguchi, co-fondateur de la religion Omoto Kyo inspirée du shinto.
Il ouvre le dojo « Ueshiba Juku » pour les adeptes de cette religion. Il y développe sa propre idée du budo. Sa notoriété grandit, son art prend les noms successifs de Daitoryu ju jutsu, puis Daitoryu aiki ju jutsu, puis aikijujutsuen 1922. Pendant cette période, il recevra souvent la visite de Maître Takeda.
En 1924, il décide de suivre maître Deguchi en Mongolie pour fonder une communauté utopiste, centre spirituel pour l'amour et la fraternité universelle, selon les principes de l'Omoto Kyo. Six mois plus tard, après d'innombrables difficultés, le gouvernement chinois les fait emprisonner. Ils évitèrent d'être fusillés grâce à l'intervention du gouvernement japonais.
De retour au Japon, maître Ueshiba reprend son entraînement, développant son art, le Ueshiba Aïki Jujutsu, qu'il renomma aikibudo en 1930, puis Kobu budo. Sa réputation s'étend à travers tout le Japon. De grands maîtres d'art martiaux viennent le voir pour le défier. Jigoro Kano, le fondateur du Judo, envoie ses meilleurs élèves étudier l'art martial qui deviendra l'aïkido en 1942. Il est invité à faire de nombreuses démonstrations dans tout le Japon, et entre autres, devant la famille impériale. Il donne des cours à l'académie de police militaire.
Au début de la guerre au Japon, en 1942, maître Ueshiba part à Iwama près de Tokyo. Il y pratique l'agriculture, et y parfait son art dans son dojo l'Aiki Dojo. Il fait également ériger un sanctuaire pour l'aïkido : L'Aiki Jinja, aujourd'hui classé monument historique.
En 1948, les Américains, qui ont interdit toutes les pratiques martiales au Japon, autorisent la reprise de l'enseignement de l'aïkido pour son caractère de Paix et de recherche de vérité. L'Aïkikaï Foundation est officiellement ouvert le 9 février, dirigé par Kisshomaru Ueshiba, son troisième fils. Le dojo central de l'Aïkikai est le Hombu Dojo, situé à Tokyo.
Le développement de l'Aïkido à travers le monde s'amorce alors, favorisé par l'esprit d'ouverture de la discipline et de nombreux contacts d'élèves à l'étranger. Koichi Tohei, 9e dan et pratiquant de la première heure, est envoyé aux États-Unis pour enseigner l'Aïkido. De nombreux maîtres le suivront dans différents pays.
Maître Ueshiba acquiert le titre de O'Sensei (« grand maître », maître dans le sens « professeur ») et continue à perfectionner l'aïkido à Iwama notamment la relation armes/mains nues.
En 1969, maître Ueshiba tombe malade. Il meurt le 26 avril 1969.