Issans est traversé par le Rupt. Le Rupt prend sa source sur la commune de Le Vernoy.
Le long de son parcours plusieurs sources viennent augmenter son débit : - La source du Poussot à Aibre. - Les sources de Saint-Julien et Echenans alimentant l'étang du Lauradin (étangs des princes). - La source de la Baumette à Issans. Le relief karstique de la vallée du Rupt permet de stocker d'importantes quantités d'eau.NB : L'eau occupe de nombreuses et parfois immenses cavités qu'elle a, elle-même, creusée et qu'elle continue à creuser par dissolution dans les roches calcaires qui constituent notre sous-sol. (voir effondrement dans la combe de Bouvon, commune de Raynans, il y a quelques années)