La pleine mise en place de la GIZC à Madagascar rencontre encore des obstacles:
-insuffisance de mise œuvre des conventions internationales ratifiées et non ratification par Madagascar des conventions internationales pertinentes en la matière dont la Convention de Londres sur la prévention de la pollution due aux navires (MARPOL).
-non prise en compte du littoral et/ou de la spécificité de sa gestion par les principaux textes relatifs à l’aménagement du littoral: Code de l’urbanisme, code de l’eau, loi sur politique de gestion et de contrôle de pollution industrielle, code maritime, code des aires protégées…
-caractère encore très sectoriel des différents textes afférents au littoral.
-ambiguïté sur la répartition des compétences entre les départements ministériels et les collectivités territoriales décentralisées concernées par la gestion du littoral.
-contradiction de certaines textes avec les dispositions des CI ratifiées par Madagascar (ex: répression des peines en cas de pollution).
-ambiguïté de dispositions relatives aux modalités de mise en œuvre de l’étude d’impact stratégique.
-retard dans la publication des textes d’application sur le transfert de gestion locale des ressources halieutiques marines.
-responsabilités morcelées et peu coordonnées des diverses institutions.
-autorité insuffisante du Ministère de l'Environnement pour pouvoir arbitrer, s’imposer, afin de mieux maîtriser la dispersion des structures et des compétences en matière de littoral.