Comme dans toutes les sciences naturelles, il est indispensable de classer les minéraux d'après un système qui permette de les comparer entre eux et de les identifier. Les critères de cette classification ont évolué en même temps que la minéralogie. On en est venu à classer les minéraux d'après leur composition chimique et leur structure interne. Ce système a été universellement adopté et toutes les grandes collections de minéraux sont organisées d'après lui; il est également recommandé pour les collections petit (ci-dessous) . Mais ce classement cristallo-chimique comporte aussi quelques inconvénients. Certes, la plupart des minéraux ont une composition chimique constante qui peut s'exprimer dans un échantillon, mais certains ont une composition chimique variable tout tout en conservant leur structure cristalline. Chez certains, cette composition varie à peine ( représentation isomorphique des éléments), chez d'autres, elle varie considérablement. Les minéraux qui ont en commun la composition chimique, la structure interne et les propriétés physiques forment les espèces minérales. Les minéraux qui renferment une faible quantité d'un autre élément ou ceux qui, ayant même composition chimique et même structure cristalline, diffèrent extérieurement de l'espèce considérée sont appelés des variétés.
Sur la base des critères ci-dessus, tous les minéraux connus sont répartis en classes et groupes: on commence d'abord par les éléments et l'on continue par les combinaisons non organique en allant des plus simples aux plus complexes. Les combinaisons organiques forment la dernière classe.
1: éléments
2: sulfures
3: halogénures
4: oxydes et hydroxydes
5: nitrates, carbonates, borates
6: sulfates
7: phosphates, arséniates, vanadates
8: silicates
9: minéraux organique
Ces classes se divisent en sous classes, groupe, sous groupes, espèce et variétés.