Дадлага 4 Мутаци ба өвчин
Оршил
HFE ген дэх мутаци нь гемохроматоз өвчинтэй холбоотой болохыг өмнөх дадлагат үзсэн. Энэ лабораторийн ажлаар өмнө үзсэн програм болон өгөгдлийн сангийн хайлтуудыг бататгаж гемохроматоз өвчний мутацитай уургийн биохимийн үүргийн болон молекул бүтцийн үүднээс судлах болно.
Энэ дасгалыг дараах алхмын дагуу гүйцэтгэнэ:
А. Entrez-ийн Gene програмыг ашиглан HFE уураг болон генийн талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл авах.
Б. dbSNP програмыг ашиглан HFE ген дэх SNPs-ийг тогтоож тэдгээрийн байрлалыг тодорхойлох.
В. Хэрэв боломжтой бол CDD программыг ашиглан тухайн уургийн мутант болон байгалийн хэлбэрийн үүрэг дэх биохимийн болон молекул бүтцийн үндсийг тодруулах.
А. Entrez-ийн Gene програмыг ашиглан HFE уураг болон генийн талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл авах
NCBI-ын нүүр хуудсанд орж Gene өгөгдлийн санг хайлтад сонгож хүний гэсэн хязгаарлалт хийж HFE гэсэн түлхүүр үгэнд ген гэсэн хязгаарлалттай хайлт хий (түлхүүр үг: “human”[organism] AND “HFE”[gene]).
HFE генийн хүний хромосомын ямар байрлал дээр байдаг вэ?
HFE генийн хэдэн ширхэг алтернатив сплайсингийн бүтээгдэхүүн байна вэ? (Reference sequence details холбоосоор дамжина)
Аль нь хамгийн урт хувилбар нь вэ?
Дэлгэцийн баруун талын Related Information хэсгээс OMIM өгөгдлийн сангийн холбоосоор дамж. HFE генийн аллелик хувилбарыг жагсаа.
HFE генээр кодлогдож байгаа уургийн нэр юу вэ?
HFE генд хэдэн мутаци байна вэ?
Тэдгээрийн хэд нь missense мутаци вэ?
Б. dbSNP програмыг ашиглан HFE ген дэх SNP-ийг тогтоож тэдгээрийн байрлалыг тодорхойлох
Генийн мэдээллийн хуудасруу буцаж Related Information хэсгийн SNP GeneView холбоосоор дамжиж кодлогдсон хэсэгт мэдэгдэж байгаа SNP –ыг мэд.
Хамгийн урт транскрипцийн бүтээгдэхүүнд (longest hemochromatosis transcript variant, NM_000410) хэд нь missense мутаци байна вэ?
Clinical Source –ыг сонгож хуудсын дахин шинэчил (refresh товч дээр дарж). Хэдэн илэрц OMIM-ын холбоостой байна вэ?
Clinical Associated багананд OMIM –ын холбоос байгаа. Гемохроматоз өвчний үед ямар шинж тэмдэг (үүд) илэрдэг вэ?
Гемохроматоз гэж нэрлэгдэж байгаа төмрийн илүүдлийн 5 төрлийн жагсаа. Cys282Tyr мутацитай холбоотой шинж тэмдэг нь аль нь вэ? Бид цаашид 282 дахь амин хүчлийн мутаци дээр ажиллах болно.
В. Байгалийн болон мутацитай бүтцүүдийн биохими болон бүтцийн үндсийг ойлгох
Entrez –ийн генийн мэдээллийн хуудсанд буцаж NM_000410 дугаартай хамгийн урт вариант уургийн NP_000401 (“Genomic Region, Transcripts and products” хэсэгт байгаа) дугаарын холбоос дээр дарж Entrez –ийн Protein өгөгдлийн сан дахь HFE уургийн мэдээллийн хуудсанд шилж.
Дараа нь Related Information баганын Related Structures (summary) холбоос дээр дарж MMDB өгөгдлийн сангаас HFE уургийн бүтцүүдийг хай. Үүний үр дүнд HFE генээр кодлогддог уургийн бүтцүүд гарч ирнэ. Энэ жагсаалтад 1A6Z хандалтын дугаартай уургийн бүтцийн А гинж нь хүний гемохроматоз уургийн бүтэц юм. Дарааллыг дүрсэлсэн зураас дээр дарж тухайн 1A6Z кодтой уураг ба хамгийн урт вариант (NP_000401) хоёр уургийн дарааллын харьцуулалтыг харна. NP_000401 кодтой уургийн 282-р амин хүчил 1A6Z дугаартай уургийн ямар байрлалтай зэрэгцэж байгааг хар.
Хэрэв зэрэгцэж байгаа бол 1A6Z уургийн хэд дугаартай амин хүчил байна вэ?
Энэ цистейн байвал өөр цистейнтэй дисульфидийн холбоо үүсгэж байна уу?
Уургийн бүтцийг татаж авч дисульфидын холбоог шалга.
Хэрэв дисульфидийн холбоо үүсгэж байгаа бол тухайн байрлал дээрх мутаци уургийн бүтцэд ямар нөлөө үзүүлэх талаар бич.
Эцэст нь даалгавар тус бүрийг дүгнэж бич.