Оршил
The National Center for Biotechnology Information (NCBI) нь хими, биологи болон эрүүл мэндийн шинжлэх ухааны геномик болон биоанагаахын мэдээллийг хадгалдаг өгөгдлийн сангууд юм. GQuery буюу Entrez програм нь түлхүүр үгийг ашиглан NCBI–ийн 30-аас олон тооны биологийн өгөгдлийн сангуудаас нэгэн зэрэг хайлт хийдэг програм юм. Entrez нь хайлтын үгтэй холбоотой хэдэн мэдээлэл ямар өгөгдлийн санд байгааг харуулсан өгөгдлийн сан тус бүрийн холбоосыг өгдөг. Энэ хичээлээр өгөгдлийн сангаас хэрхэн хайлт хийх талаар дэлгэрэнгүй үзнэ. Жишээ нь (А) түлхүүр үг ашиглан хайх, (Б) хязгаарлалт ба хайлтын түүх (Limits, History) ашиглах, (В) шүүлтүүртэй хайлт хийх, (Г) товчлол, нээлттэй өгүүлэл бүрэн эхээр нь татаж авна.
Энэ хичээлийн дараа ямар нэг организмын талаар мэдээлэл олох, түүнтэй холбоотой генийн болон уургийн дараалал, тэдгээрийн хомологийн мэдээллийг олж, ямар нэг ген агуулж байгаа уургуудын таксономын мод байгуулж сурна. Мөн төрөл бүрийн эрдэм шинжилгээний өгүүлэл олж татаж авч сурна.
PubMed, PubMed Central (PMC), Taxonomy, PopSet, OMIM, Homologene болон Single Nucleotide Polymorphism database (dbSNP) өгөгдлийн сангаас хайлт хийнэ.
Дараах зааврын дагуу дэлгэцийн зургийг оруулсан байгаа.
I. PubMed, PMC, PopSet and Taxonomy
Биологийн хичээл дээр арслан заан буюу mammoth гэж организмын тухай үзсэн ба гэрийн даалгаварт илүү дэлгэрэнгүй мэдэж нэг өгүүллэг уншиж ир гэсэн даалгавар өгчээ. Үүнийг хийхийн тулд дараах зааврын дагуу асуултуудад хариулна.
Entrez/GQuery –ын нүүр хуудсанд орж “mammoth” түлхүүр үгээр хайлт хий.
(1) Mammoth түлхүүр үгтэй холбоотой хэдэн мэдээлэл олдож байна вэ?
(2) Хэдэн өгөгдлийн сангаас мэдээлэл олдсон бэ? (Зарим өгөгдлийн сангаас мэдээлэл олдохгүй байж болно.)
(3) PubMed Central (PMC) өгөгдлийн санд үнэгүй уншиж болох хэдэн өгүүллэг байна вэ? (PMC нь нээлттэй буюу үнэгүй уншиж болох өгүүллэгийн сан юм.)
PubMed өгөгдлийн сангаас “Mammoth” гэсэн түлхүүр үг гарчигт нь орсон байхаар [title] шүүлтүүртэй хайлт хийж “The year of the mammoth” гарчигтай өгүүллэгийг нээ.
(4) “The year of the mammoth” өгүүллэгийн ишлэлийн (references) тоо хэд вэ? Тэдгээр өгүүллэгийн товчлолыг татаж ав.
(5) Эдгээр өгүүллэгийн хэд нь нээлттэй буюу үнэгүй татах боломжтой байна вэ ? (PMCID гэсэн үгийг браусер дээрээ тоолуулж олж болно). Тухайн өгүүллэгийн зохиогчийн нэр дээр дар (Зохиогчийн нэр: Cooper A). Хайлтын түлхүүр үг болон хязгаарлалт ямар байгааг тэмдэглэж ав.
(6) Хэдэн ширхэг үр дүн олдсон бэ? Гарсан үр дүнд овгийн үсгээрээ ялгаатай адилхан нэртэй зохиогчийн бүтээл орсон эсэхийг шалга (Жишээ нь Cooper AIзохиогчтой бүтээлүүд жагсаалтад байгаа). Хэрэв байвал нэрийн холбоос дээр дарж гарсан илэрц хэр ялгаатай байгааг шалга.
(7) Хэрэв ялгаатай бол ямар шалтгаанаар ялгаатай гарч байна вэ?
Хайх зэсний доор байрлах “Advanced” холбоос дээр дарж хайлтын түүх (History) хэсгийн илэрцийн тооны холбоос дээр дарж PubMed өгөгдлийн сангаас mammothтүлхүүр үгээр хайсан үр дүнрүү буц. Дараа нь хайлтын зэснээс Popset өгөгдлийн санг сонгож mammoth түлхүүр үгээр хайлт хий. Хайлтын хуудаснаас UID: 14090839 дугаартай Popset өгөгдлийн сангийн мэдээллийг нээ. Хэмжээг (zoom) тохируулан өнгөөр дүрсэлсэн эсвэл дарааллыг харуулсан форматаар харьцуулалтын “Alignment”хэсгийг хар. Харьцуулалтын хуудаснаас Related Information хэсгийн Nucleotide ба Taxonomy өгөгдлийн санруу шилж.
(8) Энэ Popset өгөгдлийн сангийн хэсэгт ямар генийн дарааллыг харьцуулж байна вэ?
(9) Тухайн ген байгаа организмуудыг жагсаа.
(10) PubMed, PMC, PopSet ба Taxonomy өгөгдлийн сангуудын талаар өөрийн дүгнэлтийг бич.
II. OMIM ба Homologene
NCBI – ын хуудсанд OMIM өгөгдлийн санг сонгож хязгаарлалтгүй cytochrome c oxidase гэсэн түлхүүр үгээр хайлт хий. Хайлтыг мөн “cytochrome c oxidase” гэж давтаж хий.
(11) Аль хайлт нь илүү хязгаарлагдмал байна вэ? 516030 дугаартай илэрцийг нээж “Cytochrome c oxidase” уургийн талаар хаана байрлалтай, ямар үүрэг гүйцэтгэдэг гэх мэт ерөнхий мэдээллийг ав.
Хайлтыг нарийсгаж 4, 6 ба 19 –р хромосом дээр байрлалтай генийн мэдээллийг гарга (Хайлт хийхдээ шүүлтүүр ашигла.).
(12) Хэдэн ширхэг тэмдэглэл олдсон вэ?
(13) COX7A1 (123995 OMIM дугаартай) генийн хромосомын байрлал хэд вэ?
(14) Энэ гентэй холбоотой өвчний тэмдэглэл байна уу?
HomoloGene өгөгдлийн сангаас COX генийн талаар хайлт хий. COX гэсэн үгээр эхэлсэн нэртэй генийн мэдээлэл гарахаар шүүлтүүр хий.
(15) Хэдэн илэрц олдсон вэ?
(16) COX7A1 ба COX7A2 хоёр ген HomoloGene – өгөгдлийн сангийн нэг группд байна уу?
(17) Эволюцын хувьд COX генүүд нэг гаралтай (equally conserved in evolution) байна уу?
(18) Өвгийн хязгаарлалт хийж өмнөх хайлттай хослуулан HomoloGene өгөгдлийн сангаас хайлт хийн Eukaryota суперкингдомд (txid2759-аар шүүлтүүр хэрэглэ) хадгалагдсан СОХ генүүдийг ол.
(19) COX1 тэмдэглэлд байгаа организмуудын таксономын модыг байгуул.
(20) OMIM ба HomoloGene өгөгдлийн сангийн талаар өөрийн дүгнэлт бич.