KINARI - Smith College

(CDD Assistant de Recherche - 2 ans)

Travail de recherche sur la seconde version du projet KINARI avec le professeur Ileana Streinu :

Réalisation d’outils développés en C++ et Python pour calculer et analyser la rigidité et la flexibilité de biomolécules.

C++

• • Calcul du nombre de degrés de flexibilité d’une molécule.

  • Réflexion avec les chercheurs et implémentation d’un algorithme utilisant l’algèbre linéaire pour effectuer une simulation de l’articulation d’une molécule possédant un seul degré de liberté.

  • Découpage des molécules en plusieurs parties en adaptant un algorithme de recherche de composantes connexes.

  • (Le but étant ensuite de catégoriser chaque partie et d’appliquer l’algorithme de simulation le mieux adapté)

Python

• • Création de scripts pour faciliter l’utilisation des outils C++.

  • Scripts pour télécharger facilement les fichiers de molécules (pdb/mmCIF) depuis une base de données en ligne.

  • Scripts pour extraire les informations primordiales des molécules enregistrées au format mmCIF.

Monitorat

• • Encadrement des étudiants travaillant sur KINARI.

  • Assistant de cours pendant un semestre : aide à la formation des étudiants sur le logiciel Mathematica, aide technique pour les projets des étudiants