เพื่อให้เป็นไปตามเจตนารมณ์ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 และพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ.ศ. 2546 รวมทั้ง ให้สอดคล้องกับเกณฑ์คุณภาพบริหารจัดการภาครัฐ (PMQA) กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบได้กำหนดนโยบายด้านการกำกับดูแลองค์กรที่ดี ให้บุคลากรทุกระดับ ทุกคน ยึดถือเป็นแนวทางการปฏิบัติงานควบคู่กับกฎ ระเบียบ ข้อบังคับ หรืออื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อให้การบริหารงานและการปฏิบัติงานมีความโปร่งใส ชัดเจน เป็นธรรม มีประสิทธิภาพ เกิดประโยชน์ต่อผู้รับบริการโดยแท้จริง อันจะทำให้เกิดความเชื่อมั่นและศรัทธาในการบริหารงานของกองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบ โดยมุ่งเน้นการปฏิบัติงานตามหลักการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี (Good Governance) คือ

                   1. หลักประสิทธิผล (Effectiveness)

                   2. หลักประสิทธิภาพ (Efficiency)

                   3. หลักการตอบสนอง (Responsiveness)

                   4. หลักภาระรับผิดชอบ (Accountability)

                   5. หลักความโปร่งใส (Transparency)

                   6. หลักการมีส่วนร่วม (Participation)

                   7. หลักการกระจายอำนาจ (Decentralization)

                   8. หลักนิติธรรม (Rule of Law)

                   9. หลักความเสมอภาค (Equity)

                   10. หลักมุ่งเน้นฉันทามติ (Consensus Oriented)

          ทั้งนี้ เพื่อให้การบริหารงานกองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบเกิดประโยชน์ต่อผู้รับบริการโดยแท้จริง อันจะทำให้เกิดความมั่นใจและศรัทธาในการบริหารงานจึงได้จัดทำนโยบายการกำกับดูแลองค์กรที่ดีเพื่อเป็นแนวทางการปฏิบัติควบคู่กับกฎ ระเบียบ ข้อบังคับ หรืออื่น ๆ อย่างทั่วถึง