"กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบ" จัดตั้งตามมาตรา 49 แห่งพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน พ.ศ. 2550  โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นทุนหมุนเวียนให้โรงเรียนในระบบกู้ยืม เพื่อนำไปเป็นค่าใช้จ่ายในการก่อสร้างอาคารเรียนอาคารประกอบ ซ่อมแซมอาคารเรียนอาคารประกอบ และจัดซื้ออุปกรณ์การเรียนการสอนที่กำหนดไว้ในหลักสูตร โดยนำทุนมาจากการยุบรวมเงินทุนหมุนเวียนเพื่อพัฒนาการศึกษาเอกชนและเงินทุนหมุนเวียนเพื่อวิทยาคารสงเคราะห์สำหรับโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามภาคใต้มาดำเนินงานโดยกระทรวงศึกษาธิการ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (ปัจจุบันสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน) และได้รับการสนับสนุนจากการจัดสรรงบประมาณรายจ่ายประจำปีของรัฐบาลนับตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2532 – 2551  (ยกเว้นปี พ.ศ. 2546 – 2549  กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบไม่ได้รับการจัดสรรงบประมาณ) และในปีงบประมาณ พ.ศ. 2552 – 2557 กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากรัฐบาลอย่างต่อเนื่อง


          ในอดีตการจัดตั้งกองทุนเพื่อเป็นทุนหมุนเวียนให้แก่โรงเรียนเอกชนถือได้ว่าเป็นนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการที่ต้องการพัฒนาการศึกษาเอกชนให้มีคุณภาพและมุ่งสู่มาตรฐานการศึกษาระดับสากลเนื่องจากโรงเรียนเอกชนมีบทบาทสำคัญในการจัดการศึกษาของประเทศไทยตลอดมานับตั้งแต่รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งวิธีการสนับสนุนในระยะแรกรัฐบาลได้ให้การอุดหนุนโรงเรียนเอกชนในรูปแบบอาคารเรียนอาคารประกอบ


          ต่อมารัฐบาลได้ลดการอุดหนุนด้านอาคารเรียนและอาคารประกอบแก่โรงเรียนเอกชน โดย คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อ วันที่ 24 พฤษภาคม 2531 เปลี่ยนวิธีการให้การอุดหนุนด้านวิทยาคารสงเคราะห์โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามเป็นส่งเสริมและอุดหนุนโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามโดยกำหนดกลุ่มเป้าหมาย 2 กลุ่มเพื่อปรับปรุงพัฒนาการของโรงเรียน และเพื่อมุ่งหมายให้ยกฐานะโรงเรียนเอกชนตามมาตรา 15 (2)  เป็นโรงเรียนเอกชนตามมาตรา 15 (1) แห่งพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน พ.ศ. 2525  โดยเรียงตามลำดับความสำคัญ คือ (1) โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามที่เปิดสอนวิชาศาสนาควบคู่วิชาสามัญ และ/หรือวิชาชีพ ซึ่งจัดตั้งอยู่ใน 5 จังหวัดภาคใต้ (2) โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามที่เปิดสอนวิชาศาสนาควบคู่วิชาสามัญ และ/หรือวิชาชีพ ซึ่งจัดตั้งอยู่ในจังหวัดพัทลุง นครศรีธรรมราช ภูเก็ต ระนอง กระบี่ และพังงา


          นอกจากนี้กระทรวงศึกษาธิการได้พิจารณาเห็นว่าเพื่อเป็นการสนับสนุนและช่วยเหลือโรงเรียนเอกชนทั่วไปในฐานะที่ช่วยแบ่งเบาภาระในการจัดการศึกษาของชาติมาโดยตลอดเป็นระยะเวลาอันยาวนาน กระทรวงศึกษาธิการจึงขออนุมัติหลักการต่อคณะรัฐมนตรีให้จัดตั้งเงินทุนหมุนเวียนเพื่อพัฒนาการศึกษาเอกชน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้โรงเรียนเอกชนกู้ยืมเงินไปก่อสร้างอาคารเรียน อาคารประกอบ ซ่อมแซมอาคารเรียนและหรืออาคารประกอบที่ประสบภัยธรรมชาติตลอดจนซื้ออุปกรณ์การเรียนการสอนที่เป็นอุปกรณ์หลัก ดังนั้นกระทรวงศึกษาธิการจึงขออนุมัติหลักการต่อคณะรัฐมนตรีให้จัดตั้งเงินทุนหมุนเวียนเพื่อพัฒนาการศึกษาเอกชน และ เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม 2531 คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติหลักการให้จัดตั้งกองทุนหมุนเวียนเพื่อพัฒนาการศึกษาเอกชนขึ้นในกระทรวงศึกษาธิการ โดยให้กระทรวงศึกษาธิการพิจารณากำหนดวงเงินกองทุนหมุนเวียนในปีแรก ระยะเวลาส่งใช้เงินกู้ต่องวด อัตราดอกเบี้ยและรายละเอียดอื่น ๆ เพื่อให้เกิดความเหมาะสม ความเป็นธรรม และสอดคล้อง กับกำลังเงินงบประมาณ