กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบได้รับการจัดสรรเงินงบประมาณจากรัฐบาล ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2532 - 2557 รวมเป็นจำนวนเงินทั้งสิ้น 1,284 ล้านบาท โดยมีรายละเอียดดังนี้

1. ปีงบประมาณ พ.ศ. 2532 - 2551 เงินทุนหมุนเวียนเพื่อพัฒนาการศึกษาโรงเรียนเอกชน (เงินกู้ยืมฯ) ได้รับการจัดสรรเงินงบประมาณ รวมเป็นจำนวนเงิน 790 ล้านบาท

2. ปีงบประมาณ พ.ศ. 2532 - 2551 เงินทุนหมุนเวียนเพื่อวิทยาคารสงเคราะห์สำหรับโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามภาคใต้ (เงินยืมฯ) ได้รับการจัดสรรเงินงบประมาณ รวมเป็นจำนวนเงิน 192 ล้านบาท

3. ปีงบประมาณ พ.ศ. 2552 - 2557 กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบ ได้รับการจัดสรรเงินงบประมาณ รวมเป็นจำนวนเงิน 302 ล้านบาท

                  4. ปีงบประมาณ พ.ศ. 2558 – ปัจจุบัน กองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบ ไม่ได้รับการจัดสรรเงินงบประมาณเพิ่มเติม