จังหวัดปัตตานี อยู่ภายใต้อิทธิพลของลมมรสุมที่พัดประจำฤดูกาล 2 ชนิด คือ ฤดูมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือหรือฤดูหนาว จะมีลมจากทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งเป็นลมเย็นและแห้งจากประเทศจีนพัดปกคลุมประเทศไทย ทำให้ประเทศไทยตอนบนตั้งแต่ ภาคกลางขึ้นไปมีอากาศหนาวเย็นและแห้งแล้งทั่วไป แต่ภาคใต้ตั้งแต่จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ลงไปกลับมีฝนตกชุกเพราะลมมรสุมนี้ พัดผ่านอ่าวไทยจึงพัดพาเอาไอน้ำไปตกเป็นฝนทั่วไป ตั้งแต่จังหวัดชุมพรลงไป อากาศจึงไม่หนาวเย็นดังเช่นภาคอื่นๆ ที่อยู่ทางตอนบนของ ประเทศ และจังหวัดปัตตานีซึ่งอยู่ทางด้านฝั่งตะวันออกได้รับอิทธิพลของลมนี้เต็มที่จึงมีฝนตกอยู่ในเกณฑ์ปานกลางและมีอากาศเย็นเป็นครั้งคราว ลมมรสุมอีกชนิดหนึ่งคือลมมรสมตะวันตกเฉียงใต้ซึ่งพัดผ่านมหาสมุทรอินเดีย จึงพาเอาไอน้ำและความชุ่มชื้นมาสู่ประเทศไทย แต่เนื่องจากเทือกเขาตะนาวศรีด้านตะวันตกซึ่งปิดกั้นกระแสลมเอาไว้ จึงทำให้บริเวณภาคใต้ฝั่งตะวันออกและจังหวัดปัตตานีมีฝนน้อยกว่าภาคใต้ ฝั่งตะวันตกซึ่งเป็นด้านรับลมมรสุม