Sekolah Jenis Kebangsaan Cina Nan Ya telah dibuka pada tahun 1928. Pada awal penubuhannya, sekolah ini hanya terdiri daripada seorang pengerusi LPS, 2 orang guru dan 10 orang murid.

Disebabkan maklumat sebelum Peperangan Dunia Ke-2 telah hilang, tiada sebarang rujukan mengenai guru besar yang pernah berkhidmat di sekolah ini dapat dijumpai. Pada tahun 1951, Encik Goh Chuan Huat telah dilantik menjadi guru besar dan bilangan murid bertambah ke 70 orang.

Pada tahun 1952, disebabkan keadaan kecemasan pihak kerajaan, SJK(C) Nan Ya telah berpindah ke belakang kampung dan sebuah kedai disewa untuk meneruskan pengajaran. Pada masa yang sama, aktiviti pengumpulan duit dijalankan untuk membina bangunan sekolah turut dijalankan.

Pada 10 Januari 1954, Encik Khou Chong Meng dilantik menjadi guru besar dan sebuah bangunan baru telah siap dibina dengan nilaian projek sebanyak 2.8 juta ringgit. Pada awal pembinaan, kemudahan fizikal terdiri daripada 6 bilik darjah, sebuah dewan, dan dua baris asrama guru. Selepas perbincangan dengan SK dan SJKT, sekolah Nan Ya telah memperoleh 3 bilik darjah, 3 asrama, 1 dewan, 1 stor dan dapur. SK memperoleh 3 bilik darjah manakala sekolah tamil memperoleh 1 bilik darjah, 2 asrama dan 1 dapur.

Pada 12 Disember 1973, Persatuan Ibu bapa dan Guru yang pertama berjaya ditubuhkan. Pada tahun 1981, bangunan sekolah yang baru dibina oleh pihak kerajaan dan digunakan sehingga kini. Ketiga-tiga bagunan baru ini digunakan oleh ketiga-tiga sekolah secara bersama tetapi dengan pentadbiran, guru besar dan peruntukkan yang berbeza. Ketiga-tiga sekolah turut digabungkan dengan gelaran yang dianugerahkan iaitu Kompleks Sekolah Telok Sngat dengan keluasan tapak, 5 ekar.

Pada 16 Jun 1997, Menteri Pelajaran pada masa itu, iaitu Yang Berbahagia Datuk Seri Najib Tun Razak telah merasmikan pelancaran Kompleks Sekolah Telok Sengat dan mengumumkan kompleks sekolah sebagai Sekolah Wawasan yang pertama. Bilangan murid SJK(C) Nan Ya semakin bertambah dan mulai tahun 2011, bilangan murid semakin berkurangan kerana banyak penduduk telah berpindah ke bandar disebabkan peluang pekerjaan. Pada tahun 2017, SJK(C) Nan Ya masih mempunyai murid sebanyak 16 orang iaitu terdiri daripada 9 orang murid cina dan 7 orang murid melayu. Guru pada tahun 2017 sebanyak 12 orang termasuk guru besar. SJK(C) Nan Ya juga mempunyai LPS, PIBG dan seorang pembantu tadbir yang komited.

VISI & MISI SEKOLAH

VISI 宏愿 

"Pendidikan Berkualiti Insan Terdidik Negara Sejahtera"

素质教育   优秀国民   国家和谐

MISI 使命

"Melestarikan Sistem Pendidikan Yang Berkualiti Untuk Membangunkan Potensi Individu Bagi Memenuhi Aspirasi Negara"

永续发展素质教育, 激发个人潜质, 体现国家宏愿

南亚华小,面向大海,

高高矗立,气势雄伟,

象征着不屈不挠的精神,

我们愿像它。

勇敢坚定,努力向前,

迈向着目标永不退缩。

它培育我们,使我们得学问得知识。

我们要努力为校争光,

我们要奋斗造福人群。

天天向上,成为国家未来主人翁。

COGAN KATA

1) Bersopan-santun 礼

Murid sekolah ini dididik supaya mempunyai kelakuan moral yang dipuji dan sebagai tauladan kepada rakan sebaya bagi berkembang mengikut peredaran zaman dan mendukung cita-cita kesopanan dan kesusilaan.

2) Kejujuran 义

Murid-murid yang bersopan-santun mesti berdisiplin dan bersikap jujur. Dengan rasa belas kasihan, rasa simpati dan rasa keadilan, maka semangat jenerasi baru dipupuk serta mencapai kesempurnaan moral, ilmu pengetahuan, kesihatan dan seterusnya bermasyarakat.

3) Bersih dan Amanah 廉

Bahawanya kaum pendidikan sekolah ini mempunyai hati suci, mereka boleh dipercayai dan diharap apabila diberi tugasnya.

4) Sifat Bermaruah 耻

Sifat keberanian, kegagahan dan kehormatan diri adalah rohani dan kesusilaan untuk mewujudkan budaya sekolah ini.