การบริหารจัดการสถานศึกษาในยุคปัจจุบันมิได้มุ่งเน้นเพียงบทบาทของผู้บริหารและครูเท่านั้น แต่ยังให้ความสำคัญกับการมีส่วนร่วมของผู้ปกครอง ชุมชน และภาคีเครือข่ายที่เกี่ยวข้อง เพราะการมีส่วนร่วมถือเป็นปัจจัยสำคัญที่ช่วยเสริมสร้างความโปร่งใส ความเชื่อมั่น และการยอมรับจากทุกฝ่าย อีกทั้งยังเป็นพลังสำคัญในการระดมทรัพยากรและองค์ความรู้เพื่อสนับสนุนการพัฒนาคุณภาพผู้เรียนและคุณภาพสถานศึกษาโดยรวม อย่างไรก็ตาม การสร้างการมีส่วนร่วมให้เกิดขึ้นอย่างแท้จริงยังคงมีประเด็นท้าทายที่จำเป็นต้องได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง การพัฒนาการมีส่วนร่วมของสถานศึกษายังเผชิญข้อจำกัดและอุปสรรคหลายด้าน ได้แก่
      ด้านทัศนคติและความตระหนัก ผู้เกี่ยวข้องบางส่วนยังมองว่าการมีส่วนร่วมหมายถึงเพียงการสนับสนุน ด้านการเงินหรือวัสดุ ไม่ใช่การร่วมคิด ร่วมวางแผน และร่วมติดตามผล
      ด้านกลไกและโครงสร้างการทำงาน คณะกรรมการสถานศึกษาและเครือข่ายผู้ปกครองบางแห่งยังขาดระบบการดำเนินงานที่ต่อเนื่อง ขาดการติดตามและประเมินผลที่ชัดเจน
      ด้านการสื่อสารและการเผยแพร่ข้อมูล ช่องทางการสื่อสารยังไม่ทั่วถึง ทำให้ผู้ปกครองและชุมชนบางกลุ่มไม่ได้รับข้อมูลที่ถูกต้องและทันเวลา ส่งผลต่อการตัดสินใจเข้ามามีส่วนร่วม
      ด้านเวลาและทรัพยากรของผู้ปกครอง/ชุมชน ผู้ปกครองส่วนใหญ่มีภาระงานประจำ ทำให้ไม่สามารถเข้าร่วมกิจกรรมของโรงเรียนได้อย่าง

เต็มที่
      ด้านวัฒนธรรมองค์กร การบริหารจัดการในบางแห่งยังคงใช้แนวทางบนลงล่าง (Top-down) มากกว่าการเปิดพื้นที่ให้ทุกฝ่ายมีส่วนร่วมอย่างเสมอภาค
      จากปัญหาในแต่ละด้านข้างต้นส่งผลให้การพัฒนาการมีส่วนร่วมในการบริหารจัดการสถานศึกษาซึ่งเป็นภารกิจสำคัญที่ต้องอาศัยความร่วมมือจากทุกฝ่าย ทั้งผู้บริหาร ครู ผู้ปกครอง ชุมชน และนักเรียน เกิดขึ้นอย่างไม่เป็นรูปธรรมและต่อเนื่อง เพียงพอที่จะนำไปสู่การยกระดับคุณภาพการศึกษาและการพัฒนาสถานศึกษาอย่างยั่งยืนในอนาคตได้