JUPEM merupakan antara agensi kerajaan yang tertua di Malaysia di mana aktiviti pengukuran bermula pada tahun 1885 dengan tertubuhnya Jabatan Ukur Negeri Johor. Bertitik tolak dari tahun 1885 hingga 1957, Jabatan-jabatan Ukur Negeri dan Topografi yang telah ditubuhkan sehingga membawa kepada penyatuan secara berperingkat-peringkat kepada satu organisasi seperti hari ini.
Pada tahun 1965, kerqjaan telah meluluskan penubuhan Direktorat Pemetaan Negara Malaysia (DPNM) dengan mandat untuk mengendalikan kerja-kerja ukur, pemetaan, topografi dan geodesi. Penubuhan Jabatan diteruskan dengan penubuhan JUPEM Sabah (1983), JUPEM Wilayah Persekutuan Labuan (1984), JUPEM Sarawak (1989) dan JUPEM Perlis pada tahun 1995.
Sejak penubuhannya, JUPEM telah merencanakan pelbagai pembaharuan serta pemodenan bagi meningkatkan kualiti perkhidmatan dan produk yang ditawarkan. Bermula daripada peralatan konvensional sehinggalah kepada aplikasi satelit dan penggunaan Sistem Pesawat Tanpa Manusia (UAS), JUPEM sentiasa mengorak langkah mengikut perkembangan teknologi terkini dalam bidang ukur dan pemetaan serta maklumat geospatial.