La sede centrale si trova a Castelfranco Emilia, cittadina situata nel cuore della Food Valley tra Modena e Bologna, in cui convivono da sempre una tradizionale vocazione agricola e una storica attitudine all’enogastronomia. L’indirizzo Professionale Agrario è presente in tutte le sedi dell’Istituto: Castelfranco Emilia, Vignola e Montombraro di Zocca mentre l’indirizzo Enogastronomico e l'indirizzo Tecnico Agrario sono presenti solo nella sede centrale. Ogni sede è caratterizzata da proprie specificità. Nella sede di Castelfranco Emilia l’indirizzo Professionale Agrario è presente anche al Corso serale (Centro Provinciale per l'Istruzione degli Adulti) che permette il conseguimento di un diploma di Agrotecnico ottenuto con l’Esame di Stato. Sommando le peculiarità delle altre due sedi che fanno propri i principi dell’agricoltura biologica, Montombraro con la produzione di oli essenziali estratti da piante officinali e di prodotti agroalimentari tipici e Vignola con la produzione di prodotti trasformati a base di frutta e del prezioso ‘mosto cotto’, si comprende ancor meglio l'unicità di questa scuola

Da Istituto Professionale Statale per l’Agricoltura dei primi anni cinquanta del Novecento, l'IIS L. Spallanzani ha ampliato la propria offerta formativa prima con l’introduzione del Corso Tecnico Agrario con le articolazioni “Produzione e trasformazione” e “Viticoltura ed enologia”, poi, nell'anno scolastico 2011-2012 si è aggiunto, unico in provincia di Modena, il Corso Professionale Alberghiero ad indirizzo enogastronomico, articolato in cucina, sala-bar, pasticceria ed accoglienza.