El crecimiento excesivo de algas cada vez está reduciendo la cantidad de luz solar que penetra en el agua. Esto provoca que se limite la capacidad de las plantas acuáticas y otros organismos para realizar la fotosíntesis. Además, reduce el nivel de oxígeno disuelto en el agua, lo que puede conllevar la asfixia y la muerte de peces, crustáceos y otros organismos acuáticos que dependen del oxígeno para sobrevivir.

Las especies nativas se pueden ver atacadas, alterando así el equilibrio natural del ecosistema acuático. Si seguimos a este ritmo, cabe la posibilidad de que la eutrofización favorezca el crecimiento de especies de plantas, algas y otras especies invasoras, como medusas, más resistentes a la contaminación. Las especies nativas pueden tener dificultades para competir con las especies invasoras, lo que puede llevar a su disminución o extinción local.

Cuando las algas se reproducen, cabe la posibilidad de que produzcan toxinas que contaminaran el agua. Este problema representan un riesgo tanto para la salud humana como la animal. En algunos casos, cuando las toxinas no desaparecen, pueden seguir presentes incluso después de que las floraciones de algas hayan disminuido. Este hecho puede generar que la calidad del agua no sea tan buena y que se tengan que implementar tratamientos costosos para su eliminación.

Cuando hay una gran cantidad de algas y otras plantas acuáticas, puede hacer que las personas no decidan hacer ciertas actividades, como nadar, surfear, pescar y muchas actividades relacionadas con el turismo, a causa de que el agua no se ve muy atractiva ni muy fiable. Además, en algunos casos, se puede notar un mal olor, que se ocasiona a causa de algunas floraciones de algas.