Actualmente, en los sistemas agrícolas más comunes, se utilizan fertilizantes nitrogenados para abonar los cultivos, los cuales se filtran en el suelo y por lixiviación en períodos lluviosos, llegan a hasta los ríos y las aguas subterráneas. Esta es una de las principales causas de la eutrofización de las aguas.

El aumento de concentración tanto de nitrógeno como de fósforo favorece la proliferación de diferentes grupos de microorganismos, entre ellos, diferentes especies de microalgas y fitoplancton que los utilizan como fuente de alimentación. En este momento es cuando se produce la eutrofización.

Problemas que aparecen debido a los impactos de los fertilizantes en la calidad del agua:

• Aparición de algas que provoca cambios en el equilibrio biológico. Esto es cierto tanto para las aguas continentales, que son por ejemplo los ríos y lagos, como para las aguas costeras.

• En muchas zonas, el agua subterránea se está contaminando, hasta llegar al punto de que ya no se puede utilizar, porque no cumple las condiciones establecidas para su potabilidad.

Algunos estudios han calculado que la agricultura europea es responsable del 60% del flujo total de nitrógeno fluvial hacia el Mar del Norte, y del 25% de la carga total de fósforo. Una de los mares que està sufriendo más eutrofización es el Mar Báltico. En nuestras costas tenemos el ejempo del Mar Menor de Múrcia,.