Bueno, el método que se puede pensar que sería el mejor serían los métodos térmicos, pero en realidad esto puede ser muy perjudicial ya que los materiales apropiados para estas naves están preparados para temperaturas muy frías, y ponerlos a tan altas temperaturas haría que estuviéramos entre una de dos situaciones: 1. que los materiales se derritan o que acaben en malas condiciones 2. que se tengan que utilizar materiales de peor calidad. Muchas administraciones espaciales utilizan la opción 2 . No obstante, a nuestro entender, este método es erróneo porque es altamente contaminante ya que requiere altos hornos.
Las dos situaciones serían perjudiciales para las misiones que requieran estos vehículos. Por eso las más importantes administraciones espaciales (NASA, ESA y SpaceX) utilizan el método a continuación.
El método idóneo sería esterilizar cada parte de la aeronave minuciosamente de la forma más agresiva posible ya que cada material tiene unas características y una resistencia distintas, y a su vez podemos utilizar los métodos térmicos de la aeronave espacial en los materiales que lo puedan soportar. Uno de los métodos más famoso y eficaz es el método de óxido de etileno. Aunque hay algunos materiales que no se pueden esterilizar, al menos no lo requerido, por lo que si van a algún lugar donde la vida no esté descartada el material se cambiará, especialmente si es una misión astrobióloga, es decir que esté en búsqueda de vida, ya que es altamente probable que porte una cantidad considerada de extremófilos. Si este no es el caso y el material que no puede esterilizarse lo adecuado no tocara tierra, normalmente no se cambiará, aunque todo depende de la administración y la misión, aunque como comentamos, nada estará esterilizado al 100% ya que estamos rodeados de ellos. A su vez, la esterilización debe de ser realizada cuando no vaya a haber más cambios en los que haya que tocar los materiales y toda la sala de esterilización debe estar ,a su vez, lo más esterilizada posible y la gente que entre dentro, que será solo la necesaria llevará trajes EPI ya no por su protección, sino porque nosotros, los seres vivos somos los más grandes transportes de microorganismos.