Las asignaturas troncales de opción en el Bachillerato de Ciencias son la Física y Química, la Biología y Geología, el Dibujo Técnico y la Tecnología e Ingeniería. Ahora bien, teniendo en cuenta que en segundo de Bachillerato todos los alumnos acaban cursando Física o Química el centro tiene establecido, desde hace años, que todos los alumnos de Ciencias cursen la Física y Química, de modo que, en la práctica, existen dos opciones:
Física y Química + Biología y Geología: esta combinación está orientada tanto hacia los estudios de tipo biosanitario (para los que son fundamentales la Biología y la Química) como a las carreras científicas básicas, ya que proporciona formación en lo que tradicionalmente se han considerado las "cuatro ciencias experimentales". Asimismo, también se orienta hacia los estudios relacionados con el medio ambiente.
Física y Química + Tecnología e Ingenería: esta combinación se orienta, fundamentalmente, hacia las carreras o grados del ámbito tecnológico e industrial.
Deberás escoger también una asignatura optativa de 4h entre las siguientes: Anatomía Aplicada, Francés, Informática, Dibujo Técnico I e Historia del Mundo Contemporáneo.
El Dibujo Técnico es interesante para las carreras de ingeniería.
Por último, deberás elegir una asignatura optativa de 1h entre las siguientes: Cultura y Patrimonio de Aragón, Educación para la Ciudadanía y los Derechos Humanos (ECDH), Oratoria y Sociedad, Medioambiente y Territorios Sostenibles (SMATS).