El Instituto de Enseñanza Secundaria "EL PORTILLO" fue fundado en el año 1976 como consecuencia del desdoblamiento del antiguo Instituto Pignatelli (situado en el edificio del antiguo Hospicio, hoy sede del Gobierno de Aragón), que se había creado en el año 1971 como el tercero de la ciudad -tras Goya y Servet- siendo el primero en funcionar como centro mixto de chichos y chicas.

Su primera localización se situó en el antiguo Colegio de Maristas en la calle San Vicente de Paul, 10. A final de los años 80 se trasladó a su ubicación actual en la calle Juan XXIII, en el número 3.