En 1992, l'Institut expérimental du Baccalauréat de Bilbao est devenu le Centre du Baccalauréat ordinaire sous le nom d'Institut du Vieux Baccalauréat ICE.
En 1994, ce nom a été changé pour lycée Botica Vieja, et le 25 mars 2003, le changement de nom a été approuvé pour Botikazar, son nom actuel.
Outre l'enseignement secondaire supérieur ou le baccalauréat, Botikazar propose également des études de formation professionnelle, telles que l'intégration sociale et la langue des signes. Mais ça fait trois ans que son offre pédagogique ne comprend que le Baccalauréat.
Les locaux sont construits sur un terrain précédemment occupé par l'école nautique, qui a déménagé à Portugalete en 1968. Après ce transfert, ce bâtiment a abrité l'Institut ICE des sciences de l'éducation.
Le bâtiment a été agrandi entre 1982 et 1984, avec un projet des architectes Ernesto Fernández Casas, Javier Bengoa Mardaras et Elías Mas Serra. La conception du bâtiment a été relevée de manière rationaliste, rappelant sa silhouette à un bateau en souvenir de son ancien statut d'école nautique.