Il settore terziario contribuisce a circa due terzi del prodotto interno lordo e comprende la maggior parte dei lavoratori giapponesi e non. Nel settore terziario il Giappone spicca nel campo della ricerca scientifica, le attività commerciali, finanziarie e portuali. La borsa di Tokyo è la terza al mondo dopo quella di New York e Londra per volume d'affari.
I suoi principali clienti sono: Stati Uniti 22.8%, Europa 14.5% e Cina 14.3%.