1)Lendvay B, Cartier LE, Sato A, Krzemnicki MS, Nonaka M, Yasuda N, Takata K, Hayashibara T, Morf NV, Iwasaki N. (2025)
Genetic testing of a high-end ‘angel skin’ precious coral necklace identifies a species unknown to science and its implications for the precious coral trade. Diversity 17(6), 395. <link>
宝飾品に使われるピンク色の宝石サンゴの俗称「Angel skin」は、これまでPleurocorallium elatiusやP. secundumであると考えられていましたが、その根拠は視覚的な類似に基づいており、科学的な裏付けはありませんでした。本研究では、Angel skinを用いたネックレスを対象に、ラマン分光とミトコンドリアDNAの解析を実施しました。その結果、素材はP. elatiusやP. secundumではなく、Pleurocorallium norfolkicum種群に属するものの、既知のどの種とも一致しない新たな分類群である可能性が示されました。このことは、現在知られている宝石サンゴの取引種リストが不完全であることを示唆しています。
2)Takata K, Nonaka M, Xia F, Kikuchi T, Gibu K, Yasuda N. (2025)
The complete mitochondrial genome of P. inutile (Octocorallia: Scleralcyonacea: Coralliidae) Molecular Biology Reports 52:531. <link>
宝石として経済的価値のある種がいくつか存在するサンゴ科のうち、ダメサンゴ(Pleurocorallium inutile)は、経済的価値がないものの、遺伝情報が乏しいため分類や識別が困難でした。本研究では、ダメサンゴのミトコンドリアゲノム全配列(18,822 bp)を初めて解読し、14のタンパク質コード遺伝子、2つのrRNA遺伝子、1つのtRNA遺伝子を含む構成を明らかにしました。
3)Wishingrad V, Shizuru LEK, Takata K, Montgomery AD, Wagner D, Toonen RJ. (2025)
Hawaiian black coral (Antipatharia) complete mitochondrial genomes have limited phylogenetic signal for taxonomic resolution of species. PeerJ 13:e18731. <link>
ハワイの浅海から中深層に生息するクロサンゴ(’ēkaha kū moana)の系統関係をミトコンドリア全長に基づき解析しました。その結果、Myriopathidae科は単系統である一方、Aphanipathidae科およびAntipathidae科は多系統であることが示されました。特にAntipathes属やStichopathes属は、他の属よりも大きく異なる種が含まれており、「分類学的なごみ箱」と呼ばれる理由が裏付けられました。これらの結果は、クロサンゴ全体、特にハワイ産クロサンゴの進化史と系統関係を明らかにするためのさらなる研究の必要性を示しています。
4)横山智子, 星野武司, 横山新紀, 西廣淳, 高津文人, & 松崎慎一郎. (2025).
印旛沼流域における降雨時の道路からの負荷量調査. 水環境学会誌, 48, 115-123.
https://doi.org/10.2965/jswe.48.115
現在、流域、特に農地や市街地などのnon-point sourceと言われるエリアから下流の湖沼や海域に流れ込む有機物や栄養塩の負荷量の算定は、原単位(種目ごとの一律の単位面積あたりの排出量)を用いて行われており，降水量，降水パターンに変化は考慮されていません。本論文は気候変動による降水量，降水パターンの変化が道路排水の負荷量（市街地の負荷量の一つ）に与える影響に着目した論文になっています。
5)Environmental DNA analysis at multiple taxonomic levels highlights geographic variation in subtropical coastal marine communities
Kodai Gibu*, Kohei Hamamoto*, Keita Koeda*, Miyuki Nishijima, Hiroki Kise, Masaru Mizuyama, Nobuyuki Aoki, Nina Yasuda, Akira Iguchi, Scientific Reports accepted
https://doi.org/10.1038/s41598-025-05106-w
*３名共同ファースト
本研究は、沖縄本島南部沿岸24地点の海水から環境DNAを採取し、16S rRNA・18S rRNA・MiFish プライマーで原核生物・真核生物・魚類の多様性を同時解析しました。陸由来地下水の負荷が大きい西岸とサンゴ礁・藻場が発達する東岸を比較した結果、真正細菌群集と魚類相は東西で明確に分化し、西岸では窒素流入に伴う多様化が顕著でした。一方、18S に基づく真核生物全体では東西差が小さく、汎用プライマーの分解能限界が示唆されました。以上より、真正細菌を指標とする eDNA メタバーコーディングは、沿岸環境の地理的変異と人為影響を把握する有効なツールであり、南西諸島の生物多様性保全に資する基礎データを提供しました。
6)Rapid Coral Species Turnover in one of the Northernmost Coral
Communities, Uchiura Bay, Shizuoka Prefecture, Japan Under a Changing Climate
Mukuto Morita, Fujino Yuichiro, Teruki Nagamine, Hironobu Fukami, Hiroyuki Yokochi, Keiichi Nomura, Kazuya Asakura, Haruko Kurihara, Masako Nakamura, Nina Yasuda, Galaxea, accepted
近年の海水温上昇でサンゴの北上が進む一方、分布北限域での長期変化データは乏しい。そこで、日本の最北級の生息地である静岡県・内浦湾の有藻性イシサンゴ相を調査し、1937年・1995年の記録と比較した。今回、13科22属35種を確認したが、1995年と共通したのは9種のみ、1995年に記載の19種は未確認で、1937・1995・2024の三時点で共通したのは4種にとどまった。また、8種が新たな「分布北限」候補となった。調査法や労力の差による見落としの可能性はあるものの、87年間で種組成が大きく入れ替わった可能性が高く、深刻な白化も複数分類群に影響したとみられる。著者らは、気候変動下の北限域ダイナミクスを把握するため、同一プロットでの一貫した反復調査と、低密度・目立たない種の丁寧な評価の必要性を示した。
7)A New Species of the Genus Hemicorallium (Cnidaria: Octocorallia: Scleralcyonacea: Coralliidae) Collected from Okinawa Island
Masanori Nonaka, Kenji Takata, Nina Yasuda Species Diversity 2025 Volume 30 Issue 2 Pages 193-206
紹介された記事：
https://www.okinawatimes.co.jp/articles/-/1646207
沖縄県うるま市沖で２０１３年に採取したサンゴの標本が新種であることを発見しました。宝石サンゴの一種で和名を「リュウキュウサンゴ」と名付けました。沖結縄健で宝石サンゴの新種が発見されたのは初めてのことです。
8)Kodai Gibu, Hiroki Kise, Yuki Yoshioka, Naoki Saito, Yuichi Nakajima, Kazuhiko Sakai, Atsushi Suzuki, Nina Yasuda, Akira Iguchi
Molecular diversity of coral microbiomes shows no relationship with latitude in the western Pacific Ocean Marine Ecology Progress Seriesb2025 in press. https://doi.org/10.3354/meps14962
造礁サンゴは、渦鞭毛藻、原核生物、その他の微生物を含むホロバイオント（共生体）であり、これらの共生関係によって、光や水温などの環境要因に対する応答が可能である。本研究では、日本の南西諸島に位置する黒島、伊良部島、阿嘉島、沖縄島、奄美大島（名音および楠野）、種子島に沿った緯度トランゼクトにおいて採取された Acropora digitifera（ミドリイシ属）の渦鞭毛藻および原核生物の群集構造を調査した。さらに、衛星データを用いて微生物群集構造と環境変数との関係を解析した。
渦鞭毛藻および原核生物の群集構造は、沖縄島および種子島で顕著に異なっており、その他の地点では類似していた。種子島の群集構造は黒潮による環境的隔離によって形成されていると考えられ、沖縄島の群集構造は水質汚染などの地域的要因の影響を受けている可能性がある。全体として、共生微生物の群集構造と緯度との間に相関は認められなかった。
本研究は、造礁サンゴとその共生微生物、そしてそれらが生息する環境との関係について重要な知見を提供するとともに、造礁サンゴおよびその微小共生生物に関する継続的な研究の必要性を強調している。
9)R. Gibu, K. Gibu, K. Suzuki, Y. Tanaka, K. Uchimaru, and M. Yamagishi. 2025. “ m6A RNA Modification Controls HTLV-1 Tax and Host Gene Expression.” Genes to Cells 30, no. 6: e70054.
https://doi.org/10.1111/gtc.70054.
ヒトT細胞白血病ウイルス1型(HTLV-1)は、治療の難しい血液のがんや炎症性疾患の原因となるウイルスです。これまでに、HTLV-1のライフサイクルには、TaxとHBZという２つのHTLV-1由来の遺伝子が重要であることが報告されています。特に、HTLV-1 Taxはウイルスの転写因子のような働きをもち、さらに、宿主遺伝子の発現にも影響を及ぼします。本研究では、HTLV-1がRNA修飾の一種であるm6A修飾を受けていることを報告するとともに、m6A修飾がHTLV-1 Taxの安定化に寄与していることを明らかにしました。以上の結果は、m6A修飾が、HTLV-1のライフサイクルに重要であることを示唆しています。
10)深谷真央・加藤 晃. (2025).
ツキヒハナダイ（カワリハナダイ科）の国内からの追加記録と生態的知見. Ichthty, Natural History of Fishes of Japan, 58, 8-12. (https://www.jstage.jst.go.jp/article/ichthy/58/0/58_8/_article/-char/ja/)
11)中坊徹次, 藍澤正宏, 尾山大知, 望月健太郎, 小林健二, 深谷真央, 上島 励. (2025).
東京大学で見つかった田沢湖産クニマスの標本. ウロボロス 東京大学総合研究博物館ニュース, 30(1), 4-7 (https://www.um.u-tokyo.ac.jp/web_museum/ouroboros/v30n1/Ouroboros%20%E7%AC%AC83%E5%8F%B7.pdf#page=%204)
12)尾山大知・深谷真央. (2025).
伊豆諸島八丈島から得られたユゴイ属魚類2種の記録. 水生動物, AA2025-40 (https://www.jstage.jst.go.jp/article/aquaticanimals/2025/0/2025_AA2025-40/_article/-char/ja/)
13)深谷真央. (2025).
キタマクラ（フグ目フグ科）の白変個体. ニッチェ・ライフ, 13, 68-69. (https://www.jstage.jst.go.jp/article/nichelife/13/0/13_68/_article/-char/ja)
1)Chengbin Liu, Fei Xia, Itsuki T. Hirayama, Genfu Yagi, Masayuki Ushio
Epi-eDNA: From Methylation Signal Detection to Functional Ecological Monitoring https://doi.org/10.32942/X2R340
Environmental DNA (eDNA) technology has revolutionized biomonitoring, primarily capturing the presence/absence of target taxa. Recent advances have revealed that eDNA also retains epigenetic signatures (epi-eDNA), particularly DNA methylation, which enable functional ecological insights. This review synthesizes three pivotal milestones: (1) Initial detection of methylation signals in eDNA, confirming the feasibility of the epi-eDNA concept, (2) verification of stability across environmental matrices, demonstrating fidelity to source-tissue profiles despite degradation, and (3) emerging applications as ecological indicators—using epigenetic clocks for age-structure assessment, sex-specific markers for population sex ratios, germ cells methylation for spawning detection, and stress-linked methylation for health monitoring. This review highlights the potential of epi-eDNA in non-invasive population-level trait inference, overcoming the limitations of traditional eDNA. Future integration with multi-omics and sequencing innovations will unlock unprecedented precision in conservation and ecosystem management.
2)Yan Zhang, Fei Xia, ..., Xiaowei Zhang, Florian Altermatt
Integrated reanalysis of global riverine fish eDNA datasets shows robustness and congruence of biodiversity conclusions https://doi.org/10.1101/2025.09.16.676481
The analysis of environmental DNA (eDNA) has revolutionized biodiversity assessments in aquatic ecosystems, enabling non-invasive monitoring of fish communities across diverse regions. However, the global comparability of these eDNA datasets remains ambiguous due heterogeneous sampling protocols and bioinformatic workflows across studies, particularly regarding the robustness of their conclusions on biodiversity assessments. Here, we conducted a meta-analysis of 58 riverine fish eDNA metabarcoding datasets, covering 1,818 sampling sites worldwide, to evaluate the robustness of eDNA-derived biodiversity patterns. We found that species richness estimates and metrics of community structure derived under a common bioinformatic workflow were overall consistent with those of original analyses, despite the relatively high variability in bioinformatic analyses in the respective original studies. Contrastingly, congruence of species identity varied more extensively across datasets, mostly reflecting different completeness and regional relevance of reference databases. Restricting taxonomic assignment to basin-specific species pools improved species identification accuracy, while datasets lacking publicly accessible or well-curated reference data were more prone to mismatches. Year of sampling had a positive effect on taxonomic congruence, such that more recent studies showed increased robustness, also reflecting improved reference database coverage and enhanced species-level identification over time and overall method congruence in more recent years. Overall, the suitability and potential of eDNA for global biodiversity monitoring is corroborating overall robust biodiversity estimates, irrespective of the bioinformatic approaches. Our study underlines the effectiveness and need of further harmonization of bioinformatic workflows and strengthened region-specific reference databases for improved taxonomic resolution and comparability across studies.
3)Yan Zhang, Fei Xia, ..., Xiaowei Zhang, Florian Altermatt
Globally unified analysis of riverine eDNA reveals common associations of fish biodiversity with drainage characteristics https://doi.org/10.1101/2025.09.24.676958
Freshwater biodiversity is declining at a pace that outstrips the capacity of existing monitoring approaches both in temporal and spatial dimensions, highlighting the urgent need for rapid and scalable assessment and attribution of biodiversity states and changes. Here, we present one of the first global assessments and unified analyses of riverine fish biodiversity using environmental DNA (eDNA) collected from 1818 sites across 113 river systems. We quantified species richness, functional redundancy, phylogenetic diversity, and genetic sequence diversity, and related them to drainage characteristics. Our results showed that eDNA effectively captured global patterns of multi-faceted riverine fish biodiversity and disentangled the roles of climate and human activities in shaping biodiversity–area relationships. Catchments in warmer climates consistently enhanced biodiversity accumulation with area, while higher human activity intensity weakened this scaling. Species richness, functional, and genetic sequence diversity exhibited stronger negative responses to human activities in larger catchments. In contrast, phylogenetic diversity showed the strongest negative effects in smaller catchments with these impacts diminishing as catchment area increased, highlighting the facet-dependent nature of biodiversity responses to environmental gradients. Our findings demonstrate the power of eDNA-based datasets for harmonized, multi-faceted biodiversity assessments, offering a scalable approach for detecting and attributing biodiversity change and informing conservation strategies under accelerating global change.
1)オニヒトデの嗅覚に着目したサンゴ認識・捕食行動における分子メカニズムの探索
鎌田真壽, 関東地区生態学関係修士論文発表会, 2025年2月16日
優秀発表賞を受賞🎉
2)南西諸島における造礁サンゴの細菌叢解析 Microbiome Analysis of Reef-Building Corals Distributed in Nansei Islands
儀武滉大, 喜瀬浩輝, 善岡祐輝, 中島祐一, 齋藤直輝, 西島美由紀, 酒井一彦, 安田仁奈, 井口亮, 日本生態学会第72回全国大会, 2025年3月15日-18日
3)Exploring the Microbiome of Acropora digitifera in the Sesoko Region
Kodai Gibu, Hiroki Kise, Yuki Yoshioka, Naoki Saito, Yuichi Nakajima, Kazuhiko Sasaki, Atsushi Suzuki, Nina Yasuda, Akira Iguchi, The 11th EAFES International Congress, 2025.7.19-22
4)Non-Invasive Detection of Coral Stress Responses via Environmental RNA (eRNA)
Anna Rudyk, Hyuga Houtoku, Mikito Murakami, Fei Xia, Nina Yasuda, The 11th EAFES International Congress, 2025.7.19-22
5)The Evolution and Functional Roles of Olfactory Receptors in Starfish: Insights from the Genus Acanthaster
Masumi Kamata, Rei Kajitani, Takehisa Ito, Kodai Gibu, Yoshihito Niimura, Nina Yasuda , The 11th EAFES International Congress, 2025.7.19-22
6)サンゴ捕食者のオニヒトデはいつサンゴを捕食するのか? -室内実験と野外観察で迫る-
鎌田真壽, 第20回日本バイオロギング研究会シンポジウム, 2025年10月11日
7)既存インフラとグリーンインフラの活用による栄養塩削減効果の検討
横山智子, 水環境学会シンポジウム, 2025年9月17-19日
2025年度地域水環境行政研究委員会優秀発表賞を受賞🎉
8)Taxonomy and Phylogenomics of Shallow-Water Gorgonians in China
Fei Xia , Li You, Biying Luan , Nina Yasuda, Taisei Kikuchi, Xinming Liu, 日本サンゴ礁学会 第28回大会, 2025年11月28日-30日
9)トゲサンゴの浅場・深場集団間の遺伝的連結性に基づく琉 球列島における深場避難所仮説の検証 Testing the Deep Reef Refugia Hypothesis in the Ryukyu Islands Based on Genomic Connectivity of Seriatopora hystrix
髙田 健司, 成田 裕司 , 野口 七海, 長井 敏, Frederic Sinniger, 波利井 佐紀, 安田 仁奈, 日本サンゴ礁学会 第28回大会, 2025年11月28日-30日
10)南西諸島のサンゴ共生微生物の群集構造は緯度勾配では 決定されない Latitudinal patterns do not shape coral microbiomes in the Nansei Islands
儀武 滉大, 喜瀬 浩輝, 善岡 祐輝, 中島 祐一, 齋藤 直輝, 酒井 一彦, 安田 仁奈, 井口 亮, 日本サンゴ礁学会 第28回大会, 2025年11月28日-30日
11)ZnO が造礁サンゴに与える影響評価
村上 幹人, 宝徳 日向, 高橋 宏和, 安田 仁奈, 第48回 日本分子生物学会年会 シンポジウム サンゴ礁保全へ：環境遺伝子解析が開く環境動態研究の新境地, 2025年12月3-5日
12)Environmental RNA as a biomonitoring tool for coral reef heat stress
Rudyk Anna, Houtoku Hyuga, Murakami Mikito, Xia Fei, Shimpi Gaurav, Yasuda Nina, 第48回 日本分子生物学会年会シンポジウム, 2025年12月3-5日
13)サンゴ礁保全へ：環境遺伝子解析が開く環境動態研究の新境地
安田 仁奈, 米澤 遼, Gaurav Shimpi, 小倉 淳, 小林 敬典, 浅川 修一, 第48回 日本分子生物学会年会 シンポジウム, 2025年12月3-5日
1)系統関係と遺伝子発現から探るオニヒトデの採餌における嗅覚受容体の役割 The importance of olfactory receptors in crown-of-thorns starfish foraging by phylogenetic relationships and gene expression variation analysis
鎌田真壽, 喜多村鷹也, 古井戸樹, 目﨑拓真, 儀武滉大, 井口亮, 本郷悠貴, 梶谷嶺, 伊藤武彦, 新村芳人, 安田仁奈, 日本生態学会第72回全国大会, 2025年3月15日-18日
2)Y 字水槽を用いたオニヒトデの嗅覚によるサンゴへの行動パターンの推定 Prediction of CoTS behavior pattern to prey coral with Y-maze assays
鎌田 真壽 ( 東京大 ), 喜多村 鷹也 ( 日本ミクニヤ株式会社 ), 古井戸 樹 , 目﨑 拓真 ( 黒潮生物研究所 ), 安田 仁奈 ( 東京大 ), 日本サンゴ礁学会 第28回大会, 2025年11月28日-30日
日本サンゴ礁学会学術大会若手発表賞を受賞🎉
3)Phylogenomics of Dendrophylliidae (Scleractinia)
Cheng Yang, Fei Xia (Tokyo Univ.), Min Liu (Xiamen Univ.), Xinqing Zheng (Third Institute of Oceanography), Xinming Liu (Guangxi Univ.), Taisei Kikuchi, Nina Yasuda (Tokyo Univ.), 日本サンゴ礁学会 第28回大会, 2025年11月28日-30日
4)サンゴ隠蔽系統間での集団史の違い 琉球王国の繁栄は Porites cylindrica の隠蔽系統の衰退の原因となったのか? Lineage-Specific Bottlenecks in the Porites cylindrica Species Complex — Did the Ryukyu Kingdom’s Prosperity Trigger Lineage-Specific Declines?
森田 椋人 ( 東京大 , 産総研 ), 中野 晃 ( 宮崎大 ), 銘苅 海星 ( 沖縄高専 ), 髙田 健司 ( 産総研 ), 陶山 佳久 , 石川 直子, 赫 英紅 ( 東北大 ), 菊地 泰生 ( 東京大 ), 栗原 晴子 ( 琉球大 ), 磯村 尚子 ( 沖縄高専 ), 安田 仁奈 ( 東京大 ), 日本サンゴ礁学会 第28回大会, 2025年11月28日-30日
1)Ecological Genomics; Revealing the Hidden Diversity and Ecology of Marine Life Through Field Research, Molecular Ecology and Beyond
Nina Yasuda, International Symposium on Genomics, Evolution and Biodiversity, 2025年3月12-13日
2)第2回奄美群島リーフチェックサミット公開シンポジウム ~サンゴで開くシマの未来~
基調講演 「南西諸島を中心としたアオサンゴ群集について」
安田 仁奈
1)サンゴ捕食者のオニヒトデはいつサンゴを捕食するのか? -室内実験と野外観察で迫る-
鎌田真壽, 2024 Bip up 研究計画発表会 2025年3月21日
2)生き物と匂い・フェロモンの事典 朝倉書店
安田仁奈, 棘皮動物の嗅覚に関して執筆
3)バイオロギングでオニヒトデの行動を追う vol.1 ～Bip Upプロジェクトを通して～
鎌田真壽, 五十嵐息吹, 目崎拓真, 古井戸樹, 安田仁奈, 2025年11月3日 BLS会報 No.230
https://biologging.smoosy.atlas.jp/ja/2025