La construcción en Álora de una nueva Parroquia que pueda sustituir a la primitiva Encarnación comienza cuando la Villa atraviesa por múltiples dificultades, que se van incrementando a lo largo del siglo XVII. Penurias que afloran durante el siglo, en una población varias veces diezmada por la peste, enfermedad que en Álora se conoce como achaque. Tribulaciones cuando quedan destruidas el año 1680 la primitiva Parroquia de las Torres y veintidós viviendas a causa del terremoto. Descontroladas tormentas cuyas aguas derriban molinos y arrasan cientos de árboles con las consiguientes pérdidas de cosechas, perjudicándose en mucho la agricultura que es la base de la economía local. Dificultad económica en el Concejo, teniendo que afrontar ejecuciones judiciales por los atrasos en la liquidación de la Contribución de Alcábalas y Cientos. El desembolso al Estado de doce millones de maravedís por la compra de la jurisdicción al emanciparse de Málaga. Gastos extraordinarios, unas veces por los fastos con motivo de la visita de Felipe IV a la Villa, que le cuesta dos mil ducados y otras, por las aportaciones con que debe ayudar en obras ajenas, como la contribución para el Puente de Toledo, de Madrid, que le correspondió en el año 1671 por un primer repartimiento 1.980 reales y en el 1674 otro desembolso de 2.980 reales. A esto, hay que anotar la disminución de parte de la población con la emigración de los componentes de la familia Villafuerte a causa de las luchas entre éstos y los Torremochas.
En el s. XVII, pese a que lo eclesial imperaba en la estructura política–ideológico del pueblo e influía muy mucho en su ambiente cultural, no fue ya la Iglesia la protagonista sino el Concejo, el que acomete la grandiosa tarea de construir una nueva Parroquia en unas circunstancias negativas que no eran las más idóneas para ser apoyada, entre otros, por los pusilánimes y acomodaticios. Pero “mis planes no son vuestros planes” (Is. 55, 6-9) porque mis caminos no son vuestros caminos, dice el Señor. Y esta empresa, que no está inspirada por los hombres, son ellos los que la van a realizar. El pueblo así lo entendió y al frente del mismo, su Concejo.
Comienzan las obras de la nueva Parroquia el año 1600 con la opción conculcada para que su capacidad pueda albergar a toda la feligresía, pues la primitiva, además de ser limitada en el espacio, quedaba en extramuros y allí no se daba ya el aglutinamiento de la población. Es más, el deterioro de la primitiva era manifiesto, temiéndose por la seguridad de sus estructuras como quedó confirmada posteriormente con el terremoto.
Las obras se dilatan a lo largo de todo un siglo, interrumpidas en algunos periodos, aunque no faltó nunca la colaboración del pueblo, entregado éste a esa noble tarea.