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La presencia de elementos contaminantes en las aguas, el aire y el suelo produce la nociva alteración de todos los ecosistemas y su capacidad para sustentar la vida. Aunque la contaminación puede tener su origen en causas naturales, las más graves provienen de la actividad humana y es una de las principales causas de pérdida de biodiversidad.
La contaminación de las aguas es un problema grave principalmente en los ríos y mares. Los vertidos industriales y urbanos, como los derrames de petróleo o los plásticos en el agua, alteran gravemente los ecosistemas acuáticos y marinos. Además, el aumento de los plásticos en los océanos está creando "zonas muertas" donde la vida marina es insostenible. En España, el uso de fertilizantes y estiércol en la agricultura y ganadería ha contaminado casi el 50% de los acuíferos lo que afecta la calidad del agua y compromete la biodiversidad acuática y terrestre clave para la supervivencia de muchas especies.
La contaminación afecta a la biodiversidad también en forma de contaminación lumínica y sonora como causas de la urbanización, que alteran los patrones de comportamiento de diversas especies. Además, la contaminación del suelo reduce la capacidad de albergar vida.
Todos estos factores de contaminación combinados ponen en peligro la riqueza natural de España.
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