SMP Negeri 39 Jakarta mulai berdiri tahun 1962 dengan menempati gedung SD di Jl. Tawakal Grogol Jakarta Barat dari tahun 1962-1966. Awalnya SMP Negeri 39 Jakarta merupakan sekolah Filial dari SMP Negeri 2 Jakarta.
Seiring denga waktu SMP Negeri 39 Jakarta mulai tahun 1966-1987 berpindah ke gedung Yon Haryono di Jl. Sangaji Jakarta Pusat yang merupakan markas KAMMI/KAPPI.Gedung ini merupakan bekas sekolah Cina.Pada tahun yang sama SMA 25 Jakarta juga menempati gedung yang sama.Hal inilah yang menjadikan SMP Negeri 39 dan SMA Negeri 25 mempunyai sejarah yang sama.Guru-guru dan karyawan dari kedua sekolah tersebut terjalin tali silaturrahim.Pada saat itu SMP Negeri 39 Jakarta menempati gedung bagian belakang sedangkan SMA Negeri 25 Jakarta menempati gedung bagian depan.
Sekitar tahun 1980-an SMP Negeri 39 membuka Sekolah Filial yaitu SMP Negeri 130 Jakarta.Sehingga sebagian guru-guru SMP Negeri 39 mengajar juga SMP Negeri 130 tersebut.Tahun 1987 - 2002 SMP Negeri 39 Jakarta menempati gedung SDN 05-06 Cideng ( sekarang menjadi RSUD Tarakan ).Kemudian pada tahun 2002 – sekarang SMP Negeri 39 Jakarta kembali berpindah dengan menempati gedung SDN 02-03 Petojo Utara yang berlokasi di Jl. Gajah Mada No. 3 – 5 Kompleks Perkantoran Duta Merlin.
KEPALA SEKOLAH YANG PERNAH BERTUGAS
DI SMP NEGERI 39 JAKARTA
1. Drs. Edi Djubaedi 1962 - 1972
2. Drs. Nazar Mahmud 1972 - 1980
3. Drs. S.F. Mangowal 1980 - 1984
4. Drs. Sutia Rahardja 1984 - 1990
5. David Salamas, B.A. 1990 - 1996
6. Drs. Baringin Samosir 1996 - 2000
7. Drs. Y. Yoel Manurung, M.M. 2000 - 2005
8. Hj. Kuncorowati, S.Pd. 2005 - 2007
9. Dra. Yulma, M.Pd 2007 - 2009
10. Hj. Chelly Iman Setiane, S.Pd 2009 - 2011
11. Drs. Suherman, M.Pd ` 2011 – 2014
12. Drs. Misto 2014 - 2016
13. Drs. Langas Sianturi,M.M. 2016 - 2019
14. Yayuk Sri Widayanti, M.Pd. 2019- 2023
15. Dra. Tri Lestari, M.Pd. 2023 - Sekarang