Salah satu materi pembinaan Kesiswaan di sekolah yang tercantum dalam Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor : 0461/U/ 1984 tentang Pembinaan Kesiswaan adalah Pendidikan Pendahuluan Bela Negara yang diselenggarakan di sekolah, seperti pembentukan Pasukan Pengibar Bendera Sekolah (Paskibra) dengan kegiatan yaitu Peraturan Baris-berbaris (PBB), Tata Upacara Bendera (TUB) serta Latihan Kepemimpinan Siswa Tingkat Perintis yang bertujuan menanamkan disiplin, mempertebal rasa dan semangat kebangsaan, Patriotisme serta sikap kepemimpinan dan rasa tanggung jawab yang tinggi bagi para siswa sehingga diperoleh sikap lahir (ketegapan, ketangkasan, kelincahan dan kerapian) dan sikap bathin (ketaatan, keikhlasan berkorban, kesetiakawanan dan rasa persatuan dan kesatuan) dikalangan para siswa sehingga dapat mencapai tujuan yang diharapkan.
SMP Negeri 39 Jakarta menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler Paskibra setiap hari Kamis setelah kegiatan belajar mengajar selesai yaitu mulai pukul 14.00 – 15.00 WIB