SMP Negeri 39 Jakarta menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler paduan suara setiap hari Jumat pukul 13.00 – 15.00 WIB. Melalui kegiatan paduan suara, para siswa di harapkan mampu mengembangkan potensi yang dimiliki terutama dalam bidang musik. Siswa-siswi yang mengikuti kegiatan ini dari mulai kelas VII sampai kelas IX. Dengan adanya latihan yang rutin (satu kali dalam seminggu) maka anggota paduan suara menjadi terbiasa dengan pembelajaran teknik vokal. Dalam paduan suara tidak hanya sekedar mendalami teknik vokal yang benar saja, akan tetapi melalui kegiatan ekstrakurikuler paduan suara, ternyata mampu memberikan dampak yang positif bagi perkembangan sosial siswa.