a. Penyelenggaraan Lembaga
1) Belum adanya program studi yang terakreditasi A
2) Belum adanya media publikasi karya ilmiah yang terakreditasi internasional pada setiap prodi
3) Penjaminan mutu tersentral di LPM dan pada tingkat fakultas dan prodi dikoordinir oleh WD 1 dan tingkat Prodi dibentuk tim pendamping prodi.
b. Infrastruktur
1) Beberapa sarana dan prasarana belum dimanfaatkan secara optimal karena terdampak gempa dan proses rehabilitasi pasca gempa;
2) Beberapa sarana yang menunjang keberlangsungan PBM, seperti: laptop, LCD, printer, scanner, dan AC belum terpenuhi untuk setiap ruang kelas;
3) Rasio teknisi dan laboran yang masih kurang;
4) Rasio antara jumlah peralatan dan mahasiswa masih belum memadai;
5) Fasilitas pengembangan minat dan bakat mahasiswa, seperti sanggar seni dan fasilitas olahraga belum memadai untuk setiap prodi.
c. Finansial
1) Kerja sama pendanaan dengan masyarakat terinstitusi, seperti dunia usaha, industri, dan pemerintah daerah belum bisa dilaksanakan secara maksimal.
2) Sistem penilaian yang didasarkan pada prestasi kerja untuk pembayaran insentif belum memiliki standar yang baku.
d. Sumber Daya Manusia
1) Pembinaan dan pengembangan karir tenaga kependidikan belum terlaksana secara maksimal;
2) Dosen yang berkualifikasi guru besar masih terbatas di FTK UIN Mataram;
3) Penguasaan teknologi informasi, baik tenaga pendidik maupun tenaga kependidikan belum maksimal;
4) Publikasi hasil karya ilmiah melalui jurnal internasional bereputasi masih terbatas; dan
5) Karya ilmiah yang terupload di repositori masih terbatas
e. Sistem Informasi
1) Jangkauan jaringan LAN terganggu akibat terdampak gempa dan dalam proses perbaikan;
2) Pemanfaatan jaringan untuk akademik/pembelajaran belum berjalan secara maksimal;
3) Dukungan software berlisensi terbatas;
4) Belum memadainya teknisi khusus dalam mengatasi masalah terkait kendala sistem informasi, baik hardware maupun software.