La zona libre de colón es una institución del estado, con personería jurídica propia y autónoma en su régimen interior, pero sujeta a la vigilancia e inspección del Órgano Ejecutivo y de la Contraloría General de República y es administrada por un gerente, el cual será nombrado por el Presidente de la República bajo la responsabilidad colectiva del Consejo de Gabinete, con la aprobación de la Asamblea Nacional y una Junta Directiva compuesta de cinco directores principales y cinco suplentes.