После окончания Тюменского индустриального института Юрий Шафраник сделал успешную производственную карьеру в нефтяной промышленности, пройдя путь от слесаря до генерального директора крупнейшего нефтедобывающего предприятия — сформированного им производственного объединения «Лангепаснефтегаз». Принимал непосредственное участие в начале освоения нового нефтяного района — месторождений Лангепасской зоны (Урьевское, Поточное, Покачевское и других), создании инженерной инфраструктуры и строительстве городов Лангепас и Покачи. Добычу нефти в Лангепасском нефтяном районе удалось фактически с нуля поднять до 30 млн тонн в год.

В 1990 году Юрий Шафраник победил на альтернативных выборах и стал председателем Тюменского областного Совета народных депутатов — высшим должностным лицом Тюменской области, где активно работал над формированием новых демократических принципов функционирования областных органов власти. С командой единомышленников подготовил переход области на рыночные механизмы в недропользовании, являлся одним из инициаторов и разработчиков закона «О недрах».

Через год, в сентябре 1991 года, указом Президента Российской Федерации, он получил пост губернатора Тюменской области. В то время регион был флагманом всех инноваций в сфере недропользования. Именно при Юрии Шафранике началось введение платного недропользования в нефтегазовом комплексе России.

В числе его успехов — подготовка Указа №122 «О развитии Тюменской области». В документе определялись стратегические направления развития региона: введение возмездной основы недропользования, создание вертикально-интегрированных компаний, рыночный механизм формирования цен на нефть и учреждение Фонда развития области. Указ значительно повлиял на социально-экономическое развитие региона. Полученные от недропользования средства направляли на развитие здравоохранения. Так, за их счёт открыли многопрофильную клиническую больницу, завод лекарственных форм. Кроме того, большое внимание отводилось повышению культуры сельского хозяйства, а также развитию малого и среднего бизнеса.

В Тюмени под эгидой МИД РФ состоялись первые международные конференции — российско-американская и российско-германская, на которых закладывались основы взаимовыгодного сотрудничества стран, привлечения западных инвестиций и технологий, создания совместных предприятий.

Для Тюмени ЕБРР открыл свою, первую в России, кредитную линию. Германия открыла для Тюменской области единственную кредитно-бартерную линию. Первыми из российских регионов Тюменская область подписала прямые соглашения с Шотландией и канадской провинцией Альберта.

Ещё два года спустя Юрия Шафраника назначили на должность министра топлива и энергетики Российской Федерации. Этот пост он занимал с 1993 по 1996 год, и, за время своего руководства, организовал структурную перестройку нефтяной и угольной промышленности, а также электроэнергетики. С его помощью эти сферы перешли с плановой экономики на рыночные условия хозяйствования.

В период с 1993 по 1995 годы он также был членом Совета Федерации первого созыва от Ханты-Мансийского автономного округа, где работал в Комитете Совета Федерации по вопросам экономической реформы, собственности и имущественных отношений.

Итогом структурной реформы нефтяной отрасли (Указ Президента РФ №327 1995 года) стало акционирование и создание вертикально интегрированных компаний (формат ВИНК появился в западных странах и был на тот момент наиболее эффективной формой управления в отрасли). Эти преобразования заложили фундамент стабильности и развития российского нефтегазового комплекса, позволили остановить падение добычи нефти, а затем и нарастить объемы.

Результатом масштабной реформы угольной отрасли стала Программа закрытия нерентабельных шахт и шахт с опасными условиями труда. Юрий Шафраник осуществил революцию в традиционно планово-убыточной угольной промышленности, сделав её рентабельной.

Юрий Шафраник организовал разработку Энергетической стратегии России, определившей задачи, механизмы и направления обеспечения энергетической безопасности страны. Совместно с МИД России Юрий Шафраник организовал и провел ряд Круглых столов по проблемам энергетической безопасности, в частности, международных совещаний «Россия-Европа: стратегия энергетической безопасности» и «Энергетическая безопасность СНГ», состоявшихся в 1995 и 1996 годах.

Политика взаимодействия России и США в области ТЭКа осуществлялась в Российско-американской комиссии по экономическому и технологическому сотрудничеству (Комиссия «Гор - Черномырдин»), где Юрий Шафраник возглавлял направление «Энергетика».

Достигнутые Комиссией соглашения включали в себя повышение безопасности АЭС, увеличение эффективности и производительности добычи российского природного газа. Были связаны с экологической политикой, направленной на снижение загрязнения окружающей среды и уменьшение углеродного следа.

В 1993 году Юрий Шафраник создал Московский международный нефтяной клуб, объединивший президентов российских и мировых нефтяных компаний.

При участии Юрия Шафраника Россия стала участницей масштабных международных проектов:

- Юрий Шафраник был одним из инициаторов создания Каспийского трубопроводного консорциума (КТК, CPC) и председателем Совета директоров КТК с момента основания по 2000 год. КТК стал первой частной коммерческой трубопроводной системой на территории бывшего СССР.

- Принятие Закона «О соглашениях о разделе продукции» (СРП) позволило начать реализацию международных проектов «Сахалин-1» «Сахалин-2».

Стратегический альянс с зарубежными компаниями позволил привлечь многомиллиардные инвестиции. При отсутствии бюджетного финансирования на основе СРП удалось организовать разработку месторождений Сахалина с учетом международного опыта. Был создан первый в стране индустриальный парк для нефтегазовой отрасли, получен доступ к новейшим технологиям разработки шельфовых месторождений нефти и газа, построен первый в России завод по производству сжиженного природного газа. Запуск «сахалинских проектов» дал импульс экономическому и социальному развитию Сахалина и Дальневосточного региона.

В 1996 году Юрий Шафраник был избран в состав Совета директоров формировавшегося ОАО «Тюменская нефтяная компания» (в дальнейшем ТНК-BP). С августа 1996 до апреля 1997 годов был советником Председателя Правительства РФ и занимал в этот период должность председателя Совета директоров ТНК.

Отставка Шафраника c поста Министра топлива и энергетики России (летом 1996 года) во многом была связана с его особой позицией в отношении регулирования ТЭК - неприятием ускоренного разгосударствления объектов нефтяного комплекса России, высоких темпов приватизации и таких форм смены собственников производственных предприятий, как залоговые аукционы. Юрий Шафраник и члены его семьи в приватизации 90-х – не участвовали. По словам бывшего министра энергетики Великобритании Тима Эггара, Юрий Шафраник дистанцировался от приватизации 90-х.

С 1997 года Юрий Шафраник ушел из активной политики в общественную и предпринимательскую деятельность. Также стал основателем ряда некоммерческих организаций.