研究代表者：

● 全生物的な環境DNA相関に基づく革新的な生物間の相互関係研究と基盤創出（継続中）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2023–2026年度、研究種目：基盤研究（B）、研究分野：自然共生システム関連、研究機関：琉球大学、研究代表者：佐藤行人

● 環境DNAバンク：動植物相から病原細菌までトランスキングダムなDNA同時分析試行

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2020–2022年度、研究種目：基盤研究（C）、研究分野：自然共生システム関連、研究機関：琉球大学、研究代表者：佐藤行人

● パン・アニマリア環境DNA分析による希少・外来動物の検出評価システム構築研究

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2017–2018年度、研究種目：挑戦的研究（萌芽）、研究分野：森林圏科学・水圏応用科学およびその関連分野、研究機関：琉球大学、研究代表者：佐藤行人

● 環境DNAから魚類多様性/新種探索解析を行う総合プラットフォームの開発

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2015–2016年度、研究種目：若手研究（B）、研究分野：生物多様性・分類、研究機関：琉球大学、東北大学、研究代表者：佐藤行人

● ゲノム機能研究の比較解析基盤を提供する重要魚類の機能性RNA大量配列決定

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2010年度、研究種目：若手研究（B）、研究分野：進化生物学、研究機関：国立遺伝学研究所、研究代表者：佐藤行人

● 深海の高水圧・極低温環境におけるタンパク質高次構造の進化と適応に関する分子進化学的研究

笹川科学研究助成、研究期間2009年度、研究区分：海洋、研究機関：国立遺伝学研究所、研究代表者：佐藤行人

研究分担者、連携研究者、研究協力者：

●フード・トランスフォーメーションが結ぶ環境・観光アイランド実現拠点（研究分担者）

JST 共創の場形成支援プログラム（COI-NEXT）地域共創分野、研究期間2022–2023年度、研究種目：育成型、研究機関：琉球大学、研究代表者：平良東紀

●行動群集生態学アプローチによる適応荷重理論の実証研究 （研究分担者）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2022–2025年度、研究種目：基盤研究（B）、研究分野：生態学および環境学関連、研究機関：琉球大学、研究代表者：辻瑞樹

● 衛星画像と環境DNAによる尖閣諸島魚釣島の野生化ヤギの影響の評価の試み （研究分担者）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2022–2024年度、研究種目：基盤研究（C）、研究分野：自然共生システム関連、研究機関：富山大学、研究代表者：横畑泰志

● マングローブ生態系の全球的生物多様性観測の完成に向けた国際共同研究 （研究分担者）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2021–2026年度、研究種目：国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))、研究分野：森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野、研究機関：琉球大学、研究代表者：梶田忠

● 両生爬虫類をモデルとした希少種選定の基礎資料整備と保全対象種の簡易同定法の確立およびそれらのワークフローの提案 （研究分担者）

環境再生保全機構：環境研究総合推進費 、研究期間2020–2022年度、研究種目：環境問題対応型研究・自然共生領域、研究機関：琉球大学・千葉県立中央博物館・京都大学・東海大学、研究代表者：戸田守、研究分担者：佐藤行人「サブテ ーマ ２：国内希少種およびその予備群脆弱性評価」担当

● 沖縄のコウモリに関与する感染症生態学の高感度網羅的遺伝子探索による解析（研究分担者）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2016–2019年度、研究種目：基盤研究（C）、研究分野：環境影響評価、研究機関：琉球大学、研究代表者：斉藤美加

● データ主導型・発見探索型アプローチによる中・深層性魚類の起源と多様化の解明（連携研究者）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2014–2016年度、研究種目：基盤研究（B）、研究分野：生物多様性・分類、研究機関：千葉県立中央博物館、研究代表者：宮正樹

● 核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて：相同遺伝子選定パイプラインの構築（研究協力者）

日本学術振興会：科学研究費助成、研究期間2012–2015年度、研究種目：若手研究（B）、研究分野：生物多様性・分類、研究機関：沖縄科学技術大学院大学・東京大学、研究代表者：井上潤

書籍での執筆（分担）・解説記事など：