河川水・海水・洞穴土壌などの環境媒質サンプルからの動物相分析、食品関連サンプルなどからの微生物叢分析、胃内容物や糞便サンプルからの動物相（食性）分析を活用した研究を行っています。現在の分析対象：  魚類（硬骨魚類）、四足類（両生類・鳥類・哺乳類・爬虫類）、昆虫類、節足動物・甲殻類、顕花植物、細菌

琉球大学『時空間ゲノミクス』プロジェクトの支援課題として：  細菌叢（河川、家畜腸内、土壌、ほか）、真菌叢（土壌、樹洞内堆積物ほか）、レプトスピラ（Sato et al. 2019; Gamage et al. 2020）、Flavi ウィルス属、サンゴ褐虫藻類、鉱物・特殊サンプル内部のDNA分析、ほか

環境DNAデータ解析パイプライン： MiFish pipeline (論文ページ)

その他、研究に必要なプログラム群・解析パイプライン・参照配列データベースを開発・作成・改良

琉球大学『時空間ゲノミクス』プロジェクトの支援課題として：  植物病理ウィルスのゲノムアッセンブリー&アノテーション自動化パイプライン、細菌叢・サンゴ褐虫藻・真菌叢メタバーコーディングデータの自動解析パイプライン、土壌DNAショットガンデータ解析プログラム、ほか

Rad-seq, MIG-seq などの大量 SNP 分析、mtDNA や核シングルコピー遺伝子マーカーなどの長鎖配列分析、ラフ・ドラフトゲノム推定＋集団リシークエンシングSNP解析、公共ゲノムデータベースも活用したバイオインフォマティクス分析などに基づいて、分子進化解析、進化遺伝解析、集団遺伝解析などを駆使し、様々な生物の進化生態研究を行っています。 主な専門とする対象生物：魚類および脊椎動物

琉球大学『時空間ゲノミクス』プロジェクト等の支援課題として：  琉球列島の擬態蝶シロオビアゲハの進化生態研究（左図 Tsurui-Sato et al. 2019; Sato et al. 2021）、琉球列島の外来魚グッピー・カダヤシの集団生態進化研究、琉球諸島を中心とした両生爬虫類の系統進化および集団構造の研究、サンゴ褐虫藻の共生と進化の研究、琉球諸島を主とした昆虫類の大量  SNP 集団遺伝解析と進化生態研究など