11．Watanabe K, Ikeuchi K, Miuchi Y, Sakai H, Iwata, A (2025) The genetic distinctiveness of Lethenteron satoi (Petromyzontidae) confirmed by nuclear SNP markers. Ichthyological Research. https://doi.org/10.1007/s10228-025-01041-y 

10．松村光聖・三内悠吾．2025．水槽環境下におけるオオシマドジョウの繁殖行動の観察例．伊豆沼・内沼研究報告，19: 77-83. 

9．川中太陽・川口晃志郎・藤井琉穂・三内悠吾．2025．京都府淀川水系における外来ドジョウ属魚類の侵入とその現状．伊豆沼・内沼研究報告，19: 43-51. 

8．三内悠吾・尾山大知．2025．三重県雲出川水系雲出川および岐阜県木曽川水系和良川における国内外来魚オオガタスジシマドジョウの標本に基づく記録． Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 54: 9–12．

7.　三内悠吾*・岸田岳大・浜橋丈．2023．石垣島吹通川におけるテッポウウオ Toxotes jaculatrix (Pallas, 1767) の記録．Fauna Ryukyuana 68: 13–16

6.　東條凛*・三内悠吾・大下遼・大澤遥介．2023．滋賀県琵琶湖淀川水系岩倉川で確認された国内外来魚オヤニラミ（スズキ目ケツギョ科）．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 37: 1–5

5.　小粥淳史・北尾圭梧・三内悠吾・大貫渓介*．2023．京都府より38年ぶりに得られたツチフキ Abbottina rivularis の記録．魚類学雑誌． 

4.　三内悠吾*．2022．京都府淀川流域におけるオオガタスジシマドジョウの記録．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 24: 37-40 

3.　三内悠吾*・国松翔太．2021．静岡県大津谷川で初めてとなる国内外来種ズナガニゴイとイトモロコ（コイ科カマツカ亜科）の移入記録． Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 9: 17-20 

2.　三内悠吾*・国松翔太・奥川陽平・福家悠介．2020． 近畿地方で得られたシマドジョウ属2種の奇形．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 3: 41-46 

1.　三内悠吾*．2018．河川におけるヒガシシマドジョウの産卵環境．伊豆沼・内沼研究報告 12 巻, pp. 73–78 

1.　三内悠吾*・三浦健太郎．2017．ボルネオ島の水生生物と環境．ボテジャコ 第22号.  

2．三内悠吾．2026．核SNPデータにより推定された日本産シマドジョウ属魚類の交雑とゲノム倍加．2025年度京都大学大学院理学研究科修士論文

1．三内悠吾．2024．PITタグを用いた都市河川におけるオオシマドジョウの季節的なマイクロハビタット利用に関する研究．2023年度京都大学農学部卒業論文

32．川中太陽・川口晃志郞・中野光・藤井琉穂・三内悠吾．2026（3/21-22）．形態判別に基づく京都府内におけるドジョウ属魚類の分布．第82回魚類自然史研究会（敦賀）．口頭発表．

31．三品達平・三内悠吾・渡辺勝敏．2026（3/11-15）．シマドジョウ属４倍体における核型多様化のゲノム進化特性．第73回日本生態学会大会（京都大学，京都）．ポスター発表．

30．三内悠吾・高田喜光・中島淳・三品達平・田畑諒一・斉藤憲治・渡辺勝敏．2026（3/11-15）．核ゲノムSNP情報に基づくシマドジョウ属絶滅危惧種の保全遺伝学的評価．第73回日本生態学会大会（京都大学，京都）．ポスター発表．「いいね!」賞受賞

29．北尾圭梧・三内悠吾・渡辺勝敏．2026（3/11-15）．縮約ゲノム法に基づくアベハゼとイズミハゼの交雑を伴う遺伝的集団構造．第73回日本生態学会大会（京都大学，京都）．ポスター発表．

28．池内鏡子・三内悠吾・井戸啓太・伊藤僚祐・田畑諒一・武島弘彦・田原大輔・渡辺勝敏．2026（3/11-15）．両側回遊魚ウツセミカジカの湖沼陸封集団の進化的起源と適応．第73回日本生態学会大会（京都大学，京都）．ポスター発表．

27．東條凜・三内悠吾・富永浩史・渡辺勝敏．2026（3/11-15）．カマツカ属魚類における自然および人為的な二次的接触時の交雑パターン．第73回日本生態学会大会（京都大学，京都）．ポスター発表．

26．Yugo MIUCHI．2025（12/3-5）．The Origins of Polyploid Cobitis loaches of Japan. （English）The International Symposium on Loach Science（中国（武漢），華中農業大学）．口頭．

25．田畑諒一・三内悠吾・日比野友亮 ．2025（11/23）．MIG-seqを用いたウグイの分子系統地理解析に基づく進化的重要単位の把握．2025年度日本魚類学会年会（東京海洋大学，東京）．口頭． 

24．三内悠吾・田畑諒一・渡辺勝敏．2025（11/22）．オオガタスジシマドジョウ移入集団の由来と河川への急速な生態適応の可能性．2025年度日本魚類学会年会（東京海洋大学，東京）．口頭． 

23．川口晃志郞・藤井琉穂・三内悠吾．2025（11/22-23）．加古川および由良川に生息するゼゼラBiwia zezeraの在来性検討．2025年度日本魚類学会年会（東京海洋大学，東京）．ポスター． ポスター優秀賞受賞

22．池内鏡子・三内悠吾・井戸啓太・伊藤僚祐・田畑諒一・武島弘彦・田原大輔・渡辺勝敏．2025（11/22-23）．琵琶湖に生息するウツセミカジカの遺伝的集団構造と深場適応．2025年度日本魚類学会年会（東京海洋大学，東京）．ポスター． 

21．三内悠吾・高田喜光・中島淳・三品達平・田畑諒一・渡辺勝敏．2025（3/15-18）．縮約ゲノム解析により推定されたシマドジョウ属の交雑の履歴と倍加の起源．第72回日本生態学会大会（札幌コンベンションセンター，札幌）．ポスター発表．ポスター賞最優秀賞 (生物多様性) 受賞

20．辻冴月・日比野友亮・森本昴・三内悠吾・渡辺勝敏．2025（3/15-18）．胃内容物メタバーコーディングによる侵略的外来種コウライオヤニラミの捕食実態の把握．第72回日本生態学会大会（札幌コンベンションセンター，札幌）．ポスター発表．

19．Yugo MIUCHI, Yoshimitsu TAKADA, Jun NAKAJIMA, Tappei MISHINA, Ryoichi TABATA, Katsutoshi WATANABE．2024（3/15-16）．Origins of polyploid Cobitis loaches via past hybridization inferred from a reduced representation sequencing approach．（English）第80回魚類自然史研究会（韓国）．ポスター発表．

18．三内悠吾・中島淳．2024（12/14-15）．ヒガシシマドジョウ地域集団間における形態的差異．第79回魚類自然史研究会（神奈川県立生命の星・地球博物館，神奈川）．口頭発表．

17．川中太陽・川口晃志郎・藤井琉穂・三内悠吾．2024（12/14-15）．京都府淀川流域における外来ドジョウ類の侵入とその現状．第79回魚類自然史研究会（神奈川県立生命の星・地球博物館，神奈川）．口頭発表．

16．辻冴月・三内悠吾・芝田直樹・渡辺勝敏．2024（9/7-8）．新しい系統地理調査戦略：環境DNA×縮約ゲノム解析で探る日本産ドンコ属の高解像集団構造．第58回日本魚類学会年会（福岡工業大学，福岡）．ポスター発表．

15．三内悠吾・小木曽奏斗・長村啓太・高木淳一・久米学・三田村啓理．2024（9/7-8）．オオシマドジョウのマイクロハビタット利用および移動の季節感比較．第58回日本魚類学会年会（福岡工業大学，福岡）．口頭発表．

14．三内悠吾・小木曽奏斗・長村啓太・高木淳一・久米学・三田村啓理．2024（3/9-10）．都市河川におけるオオシマドジョウのマイクロハビタット利用．第78回魚類自然史研究会（近畿大学，奈良）．口頭発表．

13．川口晃志郎・北尾圭梧・三内悠吾．2024（3/9-10）．淀川水系鴨川における魚類群集構造．第78回魚類自然史研究会（近畿大学，奈良）．口頭発表．

12．北尾圭梧・三内悠吾・小粥淳史・大貫渓介・山本義彦・鶴田哲也・田中耕司・岡田龍也・川瀬成吾．2023（11/18-19）．淀川流域において相次ぐツチフキの再発見．第77回魚類自然史研究会（三重県博，三重）．口頭発表． 

11.　渡辺勝敏・三内悠吾・一柳英隆・阿部 司・岩田明久．2023（9/1–4）．⻑期データに基づく近畿地方のアユモドキ個体群の存続可能性分析．第57回日本魚類学会年会（長崎大学，長崎）．口頭発表． 

10．三内悠吾・田畑諒一・渡辺勝敏．2023（9/1–4）．シマドジョウ問題：異質倍数化と生態適応のモデルとして．第57回日本魚類学会年会（長崎大学，長崎）．口頭発表．　優秀口頭発表賞受賞

9.　三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏．2022（9/18–19）．MIG-seq 法を用いた琵琶湖周辺のシマドジョウ属の遺伝的特性および集団構造の解析．第56回日本魚類学会年会（大阪公立大学，大阪）．ポスター． 

8.　三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏．ゲノムワイドデータに基づく琵琶湖周辺のシマドジョウ属の遺伝的集団構造．日本生態学会第69回全国大会（オンライン・福岡） ．ポスター． 

7.　三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏．2021（9/18–20）．琵琶湖周辺におけるシマドジョウ属の遺伝的集団構造．第55回日本魚類学会年会（ウェブ大会） ．ポスター． 

6.　三内悠吾・上野拓翔・横溝健．2019．南関東におけるヒガシシマドジョウの遺伝的多様性（高校生ポスター）．日本生態学会第66回全国大会 (神戸)  ．ポスター． 　高校生ポスター 審査員特別賞受賞

5.　三内悠吾・植本創・横溝健．2018（10/5–8）．シマドジョウ種群の斑紋の変異とmtDNAによる種判別法（中学生･高校生による研究発表会プログラム）．第51回日本魚類学会年会（東京）．ポスター．  

4.　三内悠吾．2018．多摩川水系秋川におけるヒガシシマドジョウの形態変異と外来シマドジョウの侵入の可能性（高校生ポスター）．日本生態学会第65回全国大会 （札幌）  ．ポスター． 

3.　三内悠吾．2017（9/15–18）．秋川におけるヒガシシマドジョウの模様変異（高校生研究発表 ポスター発表）．第50回日本魚類学会年会（北海道大学，函館）．ポスター． 　高校生研究発表 最優秀賞受賞

2.　三内悠吾・三浦健太郎・遠藤岬・山本晃弘・植本創・高瀬晶・田村裕慈・野杁智充．2017．多摩川水系秋川におけるヒガシシマドジョウの模様変異（高校生ポスター）．日本生態学会第64回全国大会 （東京）．ポスター． 　高校生ポスター 審査員特別賞受賞

1．三内悠吾・三浦健太郎・遠藤岬・山本晃弘・植本創・田村裕慈．2016．秋川における外来シマドジョウ属魚類の侵入と交雑の可能性．（高校生研究発表 ポスター発表）．第49回日本魚類学会年会（岐阜大学，岐阜）．ポスター．