招待講演

1. シングルセルデータ科学への招待．
   井元佑介
   日本数学会 2022年度年会 応用数学分科会 特別講演，2022年3月30日． [ link ]

2. Resolution of the curse of dimensionality in single-cell analysis.
   Y Imoto,
   nd ASHBi SignAC Workshop: Integrating Single-cell Analysis and Mathematics, Kyoto University (オンライン), December 10, 2021. [ link ]

3. Statistical Estimation of Gene Regulatory Network.
   Y Imoto, Y Hiraoka, S Shimizu, T N Maeda, Y Kojima, M Saitou.
   JSPS Core-to-Core Program “Establishing International Research Network of Mathematical Oncology”, Engineering Science International Hall, Osaka University, October 27, 2020. [ link ]

4. 超高次元位相的データ解析の最先端．
   井元佑介．
   数学と現象 in 清里，明治大学清里セミナーハウス，2020年2月3日 [ link ]

5. 統計的因果推論 ー 基礎理論から生命科学への応用までー．
   井元佑介．
   数学と現象 in 山中湖，山中湖畔荘 ホテル清渓（山梨県），2019年9月11日．[ link ]

6. Statistical causal discovery for gene regulatory network.
   Y Imoto, Y Hiraoka.
   1st ASHBi Mathematical Biology Workshop, Kyoto University (Japan), July 23, 2019. [ link ]

7. 数理-諸分野融合研究の推進のために ー東北大学・知のフォーラムの活動および自身の研究活動からー．
   井元佑介．
   第23回 情報・統計科学シンポジウム，九州大学，2018年12月7日（特別講演）．

8. Hyper-dual numbersを用いた数値微分の研究．
   井元佑介，山中脩也，浦本武雄，藤川正毅，三目直登．
   研究集会「数学と現象 in 長瀞」，梁山泊ホール（埼玉県），2018年8月29日．

9. 粒子法における不等式評価の現状と課題．
   井元佑介．
   数学と現象 in 清里，明治大学清里セミナーハウス，2018年2月．

10. An error estimate of particle methods for Poisson equation with Neumann boundary conditions.
    Y Imoto, D Tagami.
    International Conference on Mathematical Analysis of Continuum Mechanics, Okinawa (Japan), September 20, 2017.

11. メッシュフリー法の数学解析．
    井元佑介．
    数学と現象 in 奥多摩，奥多摩福祉会館（東京都），2016年7月30日．

12. Error estimates of a generalized particle method for partial differential equations.
    Y Imoto, D Tagami.
    International Workshops on Advances in Computational Mechanics III (IWACOM III), KFC Hall & Rooms (Japan), October 2015.

13. Poisson方程式に対する粒子型解法の誤差評価．
    井元佑介，田上大助．
    応用数理学会 2014年度年会，政策研究大学院大学，2014年9月3日．

一般講演

1. 井元佑介．データを読み解く力 -いま数学が必要とされるワケ-．第33回JST数学キャラバン，2021年9月11日[ link ]

セミナー講演

1. シングルセル生物学への数学的アプローチ．
   井元佑介．
   学術情報メディアセンターセミナー，2021年8月25日 [ link ]

2. シングルセル遺伝子発現データに基づく遺伝子制御ネットワーク解析．
   井元佑介．
   第4回複雑系知能セミナー，オンライン，2021年1月14日 [ link ]

3. 非圧縮性流れ問題に対する粒子法の数値解析学からのアプローチ．
   井元佑介．
   北海道大学 偏微分方程式セミナー，北海道大学，2017年12月．

4. 粒子法によるCFDと誤差解析．
   井元佑介．
   数学連携セミナー，東北大学，2017年3月23日．

5. Poisson方程式に対する一般化粒子法の誤差評価．
   井元佑介，田上大助．
   東京大学数値解析セミナー，東京大学，2014年12月．

6. Poisson方程式に対するある一般化粒子法の誤差評価．
   井元佑介，田上大助．
   第318回 九州大学数値解析セミナー，九州大学，2014年11月．

7. Poisson方程式に対する粒子法の誤差評価．
   井元佑介，田上大助．
   第43回 応用数学連携フォーラム，東北大学，2014年10月．

8. SPH法における補間作用素と近似差分作用素の打切り誤差解析．
   井元佑介．
   第307回 九州大学数値解析セミナー，九州大学，2013年2月．

講演（国際）

1. Y Imoto, T Nakamura, Y Kojima, H Natsukawa, Y Hiraoka, M Saitou. Topological Trajectory Inference for Single-cell RNA Sequencing Data. Society for Mathematical Biology Annual Meeting 2021 (SMB2021), June 16, 2021. [ link ]

2. Y Imoto, T Nakamura, Y Kojima, H Natsukawa, Y Hiraoka, M Saitou. Single-cell-differentiation inference based on a topological data analysis. SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems (DS21), May 25, 2021. [ link ]

3. Y Imoto. Mathematical analysis for biological data, ASHBi Young Researcher Meeting, Kyoto University, December 11, 2019. [ link ]

4. Y Imoto, Y. Hiraoka. Introduction of Mathematical Estimate of Causal Network, 2nd ASHBi Colloquium, Kyoto University (Japan), July 23, 2019. [ link ]

5. . Imoto and D. Tagami. An error estimate of particle methods for Poisson equation with Neumann boundary conditions. International Conference on Mathematical Analysis of Continuum Mechanics, Okinawa (Japan), September 21, 2017.

6. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of a generalized particle method for the Poisson equation with Neumann boundary conditions. A3 Workshop on Computational Fluid Dynamics and Numerical Analysis, Pusan (Koria), February 19-21, 2017.

7. Y. Imoto. Recent study and possibility of applications of particle methods for interface problems. Workshop on interface motions and free boundary problems, Karuizawa (Japan), July 2016.

8. Y. Imoto and D. Tagami. Some Investigations of Stability Conditions on a Generalized Particle Method for the Heat Equation. Second Joint Workshop of China-Japan-Korea A3 Foresight Program. Xiamen University (China). November 2015 (poster session).

9. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of a particle-based method for partial differential equations. the Fourth Conference on Particle-Based Method (PARTICLES2015), Technical University of Catalonia (Spain), September 2015.

10. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of a generalized particle-based method for partial differential equations. A3 joint Workshop, Peking University (China), February 2015.

11. Y. Imoto and D. Tagami. Error estimates of SPH methods for Poisson equations. SIAM: East Asian Section Conference 2016 (EASIAM2014), Pattaya (Thailand), Jun 2014.

12. Y. Imoto and D. Tagami. A Parallel Computation for Voronoi Diagram and its Applications to SPH methods. COMPSAFE 2014, Sendai international center (Japan), April 2014.

13. Y. Imoto. Truncation Error Analysis of Approximation Operators on Particle Methods. FMI2013, Kyushu University (Japan), October 2014.

14. Y. Imoto and D. Tagami. Truncation Error Analysis of SPH Method and its Applications to Numerical Simulations of Flow Problem. MEIS2013, Kyushu University (Japan), October 2014.

15. D. Tagami and Y. Imoto. Truncation Error Analysis of Finite Difference Operators in SPH Method Based on Voronoi Decomposition. the Fourth Conference on Particle-Based Method (PARTICLES2013), Stuttgart University (Germany), September 2013.

講演（国内）

1. 井元佑介．１細胞データ科学の魅力と課題．2022年度応用数学合同研究集会，龍谷大学瀬田キャンパス，2022年12月17日 [ link ]．

2. 井元佑介．高次元統計学に基づくscRNA-seqデータのノイズ削減法RECODEの紹介，Bio"Pack"athon 2022 #11, オンライン，2022年11月02日. [ link ]

3. 井元佑介．SPH法とMPS法の微分モデルの数学的なちがい ．第27回計算工学講演会，秋田市にぎわい交流館AU，2022年6月1日 [ link ]

4. 井元佑介．シングルセルシークエンスデータ解析の次元の呪いと数学的アプローチ．第1回ASHBi 数理ヒト生物学研究会，京都大学，2021年10月29日．[ link ]

5. 井元佑介．シングルセル生物学の数理的課題と挑戦：シングルセルデータ解析における数理基盤の確立に向けて．社会課題は数理科学で解決できる！？ -試みと課題-．2021年10月26日．[ link ]

6. 井元佑介．シングルセル生物学の数理的課題と展望．2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 （オンライン開催），2021年9月27日． [ link ]

7. 井元佑介，中村友紀，小島洋児，夏川浩明，平岡裕章，斎藤通紀．Mapperに基づく細胞分化の位相的流れ解析 ．日本応用数理学会 2021年度年会 （オンライン開催），2021年9月9日． [ link ]

8. 井元佑介．超双対数に基づく離散勾配の表現．日本応用数理学会 2021年度年会 （オンライン開催），2021年9月7日． [ link ]

9. 井元佑介．LiNGAMモデルに基づく遺伝子制御ネットワーク推定．2021年度日本計量生物学会・応用統計学会 チュートリアル「因果探索」，2021年5月14日． [ link ]

10. 井元佑介，平岡裕章，中村友紀，小島洋児，斎藤通紀．トポロジカルデータ解析に基づくシングルセル遺伝子発現データの細胞分化構造解析．第43回日本分子生物学会年会 （オンライン開催），2020年12月2日． [ link ]

11. 井元佑介，平岡裕章，吉脇理雄，Emerson G. Escolar，中村友紀，山本拓也，斎藤通紀．高次元統計解析に基づく遺伝子発現データのノイズ削減法．2020年度科研費シンポジウム「多様な分野のデータに対する統計科学・機械学習的アプローチ」（オンライン開催），2020年9月28日． [ link ]

12. 井元佑介，平岡裕章，中村友紀，小島洋児，斎藤通紀．位相的データ解析に基づく遺伝子発現データの細胞分化構造解析，2020年度 日本数理生物学会年会（オンライン開催），2020年9月20日． [ link ]

13. 井元佑介，平岡裕章，中村友紀，小島洋児，斎藤通紀．Mapperに基づく遺伝子発現データの細胞分化構造解析，日本応用数理学会 2020年度年会（オンライン開催），2020年9月9日． [ link ]

14. 井元佑介．統計的因果探索に基づく遺伝子制御ネットワーク推定手法の確立．北陸応用数理研究会2020，石川県政記念しいのき迎賓館，2020年2月17日． [ link ]

15. 井元佑介．Topological Data Analysis for High-Dimensional Data in Biology，情報系 WINTER FESTA Episode 5，一橋講堂，2019年12月26日．[ link ]

16. 井元佑介，平岡裕章，清水昌平，前田高志ニコラス，小島洋児，斎藤通紀．統計的因果探索に基づく遺伝子制御ネットワークの推定．応用数学合同研究会，龍谷大学瀬田キャンパス，2019年12月14日．[ link ]

17. 井元佑介，浅井光輝．非圧縮性Navier--Stokes方程式に対する粒子法における安定化項の考察．日本応用数理学会2019年度年会，東京大学駒場キャンパスI，2019年9月5日．

18. 井元佑介，浅井光輝．安定化ISPH法の理論的解釈II –誤差評価に基づく安定化係数の最適化–．第65回理論応用力学講演会・第22回土木学会応用力学シンポジウム，北海道大学，2019年6月28日．

19. 井元佑介，山中脩也，浦本武雄，藤川正毅，三目直登．Hyper Dual Numbersの行列表示を用いた微分計算手法の基礎理論整備．日本応用数理学会第15回研究部会連合発表会，筑波大学，2019年3月4日．

20. 井元佑介．非圧縮性Navier--Stokes方程式に対する粒子法の安定性解析．2018年度応用数学合同研究集会，龍谷大学瀬田キャンパス，2018年12月14日（日本数学会応用数学研究奨励賞受賞） [ link ]．

21. 井元佑介．粒子法を用いた非圧縮性流れシミュレーションの安定性解析．第８回計算力学シンポジウム，日本学術会議講堂（東京都），2018年12月12日．

22. 井元佑介．ISPH法の安定性解析．日本機械学会 第31回計算力学講演会（CMD2018），徳島大学 常三島キャンパス，2018年11月24日．

23. 井元佑介．非圧縮性流れ問題に対するSPH 法の安定性解析．応用数学フレッシュマンセミナー 2018，京都大学 吉田キャンパス，2018年11月13日．

24. 井元佑介．Hele–Shaw流れ問題に対する粒子法シミュレーションの試み．界面現象の数理・モデリング研究合宿2018，いするの家（長野県），2018年9月19日．

25. 井元佑介．ポアソン方程式に対するSPH法の改善．第23回計算工学講演会，ウインクあいち（愛知県），2018年6月8日．

26. 井元佑介，浅井光輝．安定化ISPH法の理論的解釈 –エネルギー最小化問題からの安定化項の導出–．第21回応用力学シンポジウム，名城大学天白キャンパス（愛知県），2018年5月19日．

27. 井元佑介．Poisson方程式に対する粒子法の離散$H^1_0$ノルムによる安定性．日本応用数理学会 第14回 研究部会連合発表会，大阪大学工学部，2018年3月15日（優秀講演賞受賞）．

28. 井元佑介，田上大助．非圧縮粘性流れ問題に対するある一般化粒子法の数値的収束性．第31回数値流体力学シンポジウム，京都工芸繊維大学，2017年12月．

29. 井元佑介，三目直登．非斉次Neumann境界条件を含むPoisson方程式に対する粒子法の誤差評価とその応用．第29回 計算力学講演会，名古屋大学，2016年9月．

30. 井元佑介．計算工学における数学解析．若手研究者の集い，山梨大学，2016年3月．

31. 井元佑介，田上大助．偏微分方程式に対する一般化粒子法の誤差評価．現象解明に向けた数値解析学の新展開，京都大学，2015年11月．

32. 井元佑介，田上大助．熱方程式に対する時間陰的な粒子法の誤差評価．日本数学会2015度秋季総合分科会，京都産業大学，2015年9月.

33. 井元佑介，田上大助．粒子法で用いるある補間作用素のL^pノルムによる打ち切り誤差評価．応用数理学会 2015年度年会，金沢大学，2015年9月.

34. 井元佑介，田上大助．熱方程式に対するある一般化粒子法の誤差評価．第20回 計算工学講演会，つくば国際会議場，2015年6月.

35. 井元佑介，田上大助．一般化粒子法における近似Laplace 作用素の改良．第18回応用力学シンポジウム，金沢大学，2015年6月（応用力学講演賞受賞）．

36. 井元佑介，田上大助．熱方程式に対するある粒子法の誤差評価．日本応用数理学会2015 年研究部会連合発表会，明治大学，2015年3月．

37. 井元佑介，田上大助．Poisson方程式に対するある粒子法の誤差評価．2014年度 応用数学合同研究集会，龍谷大学，2014年12月．

38. 井元佑介，田上大助．ある一般化粒子法に用いる近似作用素の打ち切り誤差解析とその応用．第27回 計算力学講演会，岩手大学，2014年11月．

39. 井元佑介，田上大助．Poisson方程式に対するある粒子型解法の誤差解析とその応用．自由表面や気液界面を含む流れの数値解析，リファレンス博多駅東ビル，2014年9月．

40. 井元佑介，田上大助．粒子法における高次近似ラプラス作用素と非定常熱方程式への応用．第19回計算工学講演会，広島国際会議場，2014年6月.

41. 井元佑介，田上大助．流れ関数と渦度を未知関数に用いたSPH 法による高Reynolds数キャビティ流れの数値計算．第17回応用力学シンポジウム，琉球大学，2014年5月.

42. 井元佑介．SPH法とMPS法に用いられる近似作用素の統一的理解．超大規模数値計算と数値解析に関する新潟ワークショップ，新潟市万代市民会館，2014年3月．

43. 井元佑介．粒子法の近似差分作用素に対する 打ち切り誤差解析とその応用．第130回日本数学会九州支部例会，琉球大学，2014年2月．

44. 井元佑介，田上大助．粒子法における高次近似ラプラス作用素，第27回数値流体力学シンポジウム，名古屋大学，2013年12月．

45. 井元佑介，田上大助．SPH法とMPS法に用いる近似作用素の打ち切り誤差解析について．日本数学会2013度秋季総合分科会，愛媛大学，2013年9月．

46. 井元佑介，田上大助．粒子法の近似作用素に対する打ち切り誤差解析．日本応用数理学会 2013年度年会，アクロス福岡，2013年9月（ポスター発表，最優秀ポスター賞受賞）．

47. 井元佑介，粒子法の打切り誤差解析に対する正則配置について．有限体積法の数学的基盤理論の確立III，愛媛大学，2013年8月．

48. 井元佑介，田上大助．Voronoi分割に基づくSPH法の近似差分作用素の打ち切り誤差解析．第18回 計算工学講演会，東京大学，2013年6月．

49. 井元佑介，田上大助．SPH法に基づくある差分作用素の打切り誤差解析．2012年度 応用合同研究集会，龍谷大学，2012年12月．

50. 井元佑介．SPH法における勾配作用素の打切り誤差解析．第17回 情報・統計科学シンポジウム，九州大学，2012年12月．

共同研究者による講演

国際

1. T Fujii, M Asai, Y Imoto, Fluid-solid multiphase analysis using a selective dual velocity ISPH method dividing into physical and transport velocity, 3rd COMPSAFE, December 2020. [ link ]

2. M Ogino, H. Hasegawa, Y. Imoto. Initial particle placement based on the centroidal Voronoi tessellation for two-dimensional flow simulation by the particle method, The 10th International Conference on Computational Methods (ICCM), Marina Bay Sands Expo & Convention Centre (Singapore), July 11, 2019.

3. T. Nakamura, I. Okamoto, M. Yoshiwaki, E.G. Escolar, Y. Imoto, Y. Hiraoka, M. Saitou. Topological clustering of scRNA-seq data during cynomolgus monkey peri-implantation development. 2019 Germ Cell Programming in Vertebrate Biology, Medicine and Biotechnology, Courtyard by Marriott Hong Kong Sha Tin (Hong Kong), May 19-24, 2019 (Poster Session)

4. N. Yamanaka, Y. Imoto, T. Uramoto, M. Fujikawa, N. Mitsume. Verified Algorithm for High Order Differentiation Based on Hyper-dual Numbers. 2019 SIAM Conference on Computational Science and Engineering, Washington (USA), February 25, 2019.

5. D. Tagami and Y. Imoto. Numerical error evaluations of the incompressible Navier--Stokes equations by a time-explicit generalized particle method. 13th International SPHERIC SPH Workshop, Galway (Ireland)), June 2018.

6. D. Tagami and Y. Imoto. Some investigations of a time-explicit generalized particle method for the incompressible Navier--Stokes equations. ECCM--ECFD2018, Glasgow (UK), June 2018.

7. N. Mitsume, T. Tomiczek, Y. Imoto, A. S. Donahue, J. J. Westerink, T. Yamada, S. Yoshimura. Numerical analysis of tsunami open flume experiment using parallel solver of 2D-3D coupled wave model. The 2nd International Conference on Computational Engineering and Science for Safety and Environmental Problems (COMPSAFE 2017), China, October 2017.

8. D. Tagami and Y. Imoto. Error estimates of a characteristic particle method for convection-diffusion equations. A3 Workshop on Computational Fluid Dynamics and Numerical Analysis, Pusan (Koria), February 19-21, 2017.

9. D. Tagami and Y. Imoto. Mathematical Analysis of Generalized Particle Methods for Poisson equations and heat equations. the 11 International SPHERIC Workshop (SPHERIC2016), The Faculty Club (Germany), June 2016.

10. D. Tagami and Y. Imoto. Some Investigations of a Generalized Particle Method for Convection-Diffusion Equations. European Congress on Computational Methods in Applied Sciences and Engineering Congress 2016 (ECCOMAS Congress 2016), Creta Maris Conference Centre (Greece), June 2016.

11. D. Tagami and Y. Imoto. Regularity and Connectivity Conditions of a Generalized Particle-Based Method for Partial Differential Equations, 13th US National Congress on Computational Mechanics (USNCCN13), San Diego (USA), July 2015.

国内

12. S Fujioka, M Fujioka, Y Imoto, T Yachimura, H Yoshitomi, Y Hiraoka, H Ueno. Human GC-Tfh cells differentiate into IL-10+ follicular T cells with regulatory functions，第51回日本免疫学会学術集会，熊本城ホール，2022年12月8日 [ link ]

13. Y Katou, K Mizuta, Y Imoto, M Nagano, T Nakamura, Y Yabuta, H Ohta, M Saitou, Cross-species analysis of denoised single-cell transcriptomic data unravels primate-specific and conserved programs during fetal oocyte development, 第45回日本分子生物学会年会，幕張メッセ，2022年12月1日 [ link ]

14. 山口玲欧奈，井元佑介，伊佐正，機能回復を促す広汎脱抑制に関わる興奮性および抑制性ネットワークの働き，第 16 回 Motor Control 研究会、早稲田大学，2022年8⽉27日．

15. 平岡裕章，井元佑介，中村友紀，斎藤通紀．ASHBiにおける生物–数学融合研究．第43回日本分子生物学会年会 （オンライン開催），2020年12月2日． [ link ]

16. 藤井孟大, 浅井光輝, 井元佑介．物理速度と輸送速度を区別した選択型デュアル流速 ISPH 法を用いた混相流解析，第23回土木学会応用力学シンポジウム（オンライン開催），2020年5月16日．

17. 杉谷宜紀，井元佑介，宇田 智紀，坂本祥太，西口純矢．遅延微分方程式の履歴方向に対するガレルキン法の誤差評価に向けて．日本応用数理学会第15回研究部会連合発表会，筑波大学，2019年3月4日．

18. 三目直登，Tomiczek Tori，井元佑介， Westerink Joannes J，山田知典，吉村忍．2D-3D片方向連成波モデルによる津波再現水槽実験の並列解析．第30回 計算力学講演会，近畿大学，2017年9月．

19. 都築怜理，青木尊之，井元佑介，田上大助．GPUスパコンにおける動的負荷分散を用いた粒子法による大規模流体シミュレーション ．数値流体力学シンポジウム，タワーホール船堀（東京），2014年12月10日．

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