査読付き論文誌

1. V-Mapper: topological data analysis for high-dimensional data with velocity.
   Y Imoto*,  Y Hiraoka.
   Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA), Vol. 14 (2), pp. 92-105, April 1, 2023.. [ journal ]

2. Resolution of the curse of dimensionality in single-cell RNA sequencing data analysis. [ preprint / journal ]
   Y Imoto, T Nakamura, E G Escolar, M Yoshiwaki, Y Kojima, Y Yabuta, Y Katou, T Yamamoto, Y Hiraoka*, M Saitou*.
   Life Science Alliance, Vol. 5 (12), e202201591, August 9, 2022.

3. Nucleome programming for the foundation of totipotency in mammalian germline development. [ journal ]
   M Nagano, B Hu, S Yokobayashi, A Yamamura, F Umemura, M Coradin, H Ohta, Y Yabuta, Y Ishikura, I Okamoto, H Ikeda, N Kawahira, Y Nosaka, S Shimizu, Y Kojima, K Mizuta, T Kasahara, Y Imoto, K Meehan, R Stocsits, G Wutz, Y Hiraoka, Y Murakawa, T Yamamoto, K Tachibana, J-M Peters, L A Mirny, B A Garcia, J Majewski, M Saitou*.
   The EMBO Journal, e110600, 15 June 2022. 

4. Difference between smoothed particle hydrodynamics and moving particle semi-implicit operators. [ journal (オープンアクセス) ]
   Y Imoto*.
   Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Vol. 395, 115012, May 15, 2022.

5. Hyper-dual number-based numerical differentiation of eigensystems. [ journal / 論文紹介 ]
   M Fujikawa*, M Tanaka, N Mitsume, Y Imoto*.
   Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Vol. 390, 114452, February 15, 2022.

6. 底面境界適合型MPS法の開発．[ journal ]
   松本久也，井元佑介，浅井光輝，三目直登*．
   日本計算工学会論文集，Vol. 2021，pp. 20210017，2021年10月29日．

7. 物理速度と輸送速度を区別した選択型デュアル流速 ISPH 法を用いた混相流解析．[ journal ]
   藤井孟大，浅井光輝*，井元佑介*．
   土木学会論文集A2(応用力学)，76巻2号，pp. 247-257，2021年2月1日．

8. Fundamental theorem of matrix representations of hyper-dual numbers for computing higher-order derivatives. [ journal / 論文紹介 ]
   Y Imoto*, N Yamanaka, T Uramoto, M Tanaka, M Fujikawa, N Mitsume. 
   JSIAM Letters, Vol. 12, pp. 29–32, June 1, 2020. 

9. 安定化ISPH法の理論的解釈II ー 誤差評価に基づく安定化係数の最適化 ー．[ journal ]
   井元佑介*，浅井光輝，藤井孟大．
   土木学会論文集A2(応用力学)，75巻2号，pp. 187–194，2020年2月6日．

10. Truncation error estimates of approximate operators in a generalized particle method. [ journal / preprint ]
    Y Imoto*.
    Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics, Vol. 37, pp. 565-598, February 3, 2020. 

11. Hyper-dual numbersを用いたOgden型超弾性モデルの定式化とその性能評価．[ journal ]
    藤川正毅*，田中真人，井元佑介，三目直登，浦本武雄，山中脩也．
    日本機械学会論文集，86巻881号，pp. 19-00256 (19 pages)，2020年1月25日．

12. Convergence study and optimal weight functions of an explicit particle method for the incompressible Navier–Stokes equations. [ journal / preprint / 論文紹介 ]
    Y Imoto, S Tsuzuki, D Nishiura.
    Computational Particle Mechanics, Vol. 6 (4), pp. 671–694, September 18, 2019. 

13. Improvements in highly viscous fluid simulation using a fully implicit SPH method. [ journal / 論文紹介 ]
    D Morikawa*, M Asai, N Idris, Y Imoto, M Isshiki. 
    Computational Particle Mechanics, Vol. 6 (4), pp. 529–544, September 18, 2019.

14. Unique solvability and stability analysis for incompressible smoothed particle hydrodynamics method. [ journal / preprint / 論文紹介 ]
    Y Imoto*.
    Computational Particle Mechanics, Vol. 6 (2), pp. 297–309, March 26, 2019.

15. Unique solvability and stability of a generalized particle method for a Poisson equation in discrete Sobolev norms. [ journal / preprint / 論文紹介 ]
    Y Imoto*.
    Applications of Mathematics, Vol. 64 (1), pp. 33–43, February 14, 2019.

16. 安定化ISPH法の理論的解釈 ー エネルギー最小化問題からの安定化項の導出 ー．[ journal / 論文紹介 ]
    井元佑介*，浅井光輝．
    土木学会論文集A2(応用力学)，74巻2号，pp. 159–166，2019年1月31日．

17. Truncation error estimates of approximate differential operators of a particle method based on the Voronoi decomposition. [ journal / 論文紹介 ]
    Y Imoto*, D Tagami.
    JSIAM Letters, Vol. 9, pp. 69–72, October 19, 2017  (日本応用数理学会 論文賞).

18. A truncation error estimate of the interpolant of a particle method based on the Voronoi decomposition. [ journal / 論文紹介 ]
    Y Imoto*, D Tagami.
    JSIAM Letters, Vol. 8, pp. 29–32, May 21, 2016. 

19. 安定化ISPH 法による拡張ダルシー則とナビエ・ストークス方程式の統一解法．[ journal / 論文紹介 ]
    森本敏弘，浅井光輝*，笠間清伸，藤澤和謙，井元佑介．
    土木学会論文集 A2 (応用力学)，70巻2号，pp. 213–221，2015年2月20日．

*責任著者
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プレプリント

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著書

1. 計算力学の定石　第13章「粒子法のいま」．
   浅井光輝，井元佑介．
   公益社団法人土木学会 応用力学委員会 計算力学小委員会編，丸善出版，2020年3月 ．[ link ]

 産業財産権

1. データ処理方法，データ処理装置およびデータ処理プログラム．
   井元佑介，中村友紀，平岡裕章，斎藤通紀．
   出願人：国立大学法人京都大学，特願2020-102852号・公開番号WO2021/56399（国内出願，2020年6月15日） /  PCT/JP2021/022318（PCT出願，2021年6月11日）． [ 公開・TLO京都 ]

継続中の研究プロジェクト

代表

1. JST 創発的研究支援事業
   研究領域：川村パネル
   課題名：１細胞ダイナミクスの多層分解による細胞地図の構築 (課題番号: )
   研究期間：2024年3月–2032年3月
   総額：5,000万円

2. 九州大学マス・フォア・インダストリ研究所 共同利用・共同研究拠点 若手・学生研究-短期共同研究.
   課題名：超双対数に基づく高精度・高速微分計算理論の構築 [ link ]
   研究期間：2022年4月–2023年3月．
   総額：40万円

3. JST さきがけ
   研究領域：数学と情報科学で解き明かす多様な対象の数理構造と活用 [ link ]
   課題名：多重解像度の細胞分化構造解析システムの確立 (課題番号: JPMJPR2021)
   研究期間：2020年11月–2024年3月
   総額：4,000万円

分担

1. ムーンショット型研究開発事業（目標8）
   課題名：気象制御のための制御容易性・被害低減効果の定量化（研究代表者：小槻峻司）
   参加期間：2022年6月–現在（研究分担者として参加）
   総額：225万円

協力者

1. JSPS 学術変革領域研究(A)
   課題名：データ記述科学の創出と諸分野への横断的展開, A02探索：数理探索班（研究代表者：平岡 裕章）[ link ]
   参加期間：2022年6月–現在（研究協力者として参加）

2. JSPS 学術変革領域研究(B)
   課題名：霊長類発生学研究の基盤構築（研究代表者：中村 友紀）[ link ]
   参加期間：2020年11月–現在（研究協力者として参加）

3. AMED-CREST
   課題名：ヒト新生児期、乳児期アレルギー発症に関与するTfh2反応メカニズムの解明 （研究代表者：上野英樹）
   参加期間：2019年10月–現在（研究協力者として参加）．

研究プロジェクト一覧はこちら

賞与

1. 日本応用数理学会 論文賞（JSIAM Letters部門）．
   井元佑介，田上大助．
   日本応用数理学会，2020年9月9日．[ link ]

2. 2018年度日本数学会応用数学研究奨励賞．
   井元佑介．
   日本数学会，2019年3月18日．[ link ]

3. 日本応用数理学会2018年研究部会連合発表会優秀講演賞．
   井元佑介．
   日本応用数理学会，2018年6月29日．[ link ]

4. 九州大学学生表彰（学術研究活動）．
   井元佑介．
   九州大学，2016年3月25日．[ link ]

5. 平成27年度応用力学講演賞．
   井元佑介．
   土木学会応用力学委員会，2015年12月1日．[ link ]

6. ベストCFDグラフィックス・アワード．
   都築怜理，青木尊之，井元佑介，田上大助．
   日本流体力学会，2014年12月10日．[ link ]

7. 日本応用数理学会2013年度年会最優秀ポスター賞．
   井元佑介，田上大助．
   日本応用数理学会，2013年9月10日．[ link ]

8. IMI所長賞．
   井元佑介．
   九州大学マスフォアインダストリ研究所，2012年10月10日．[ link ]

招待講演

1. 高次元遺伝子発現ダイナミクスのランドスケープ解析：細胞分化の予測・制御に向けて
   井元佑介，平岡裕章，谷地村敏明，前原一満．
   システム制御情報学会 非線形ダイナミクスの解析と制御，2022年5月19日．[ link ]

2. シングルセルデータ科学への招待．
   井元佑介．
   日本数学会 2021年度年会 応用数学分科会 特別講演，2022年3月30日．[ link / 講演予稿 ]

3. Resolution of the curse of dimensionality in single-cell analysis.
   Y Imoto.  
   2nd ASHBi SignAC Workshop: Integrating Single-cell Analysis and Mathematics, Kyoto University (オンライン), December 10, 2021. [ link ]

4. Statistical Estimation of Gene Regulatory Network.
   Y Imoto, Y Hiraoka, S Shimizu, T N Maeda, Y Kojima, M Saitou.
   JSPS Core-to-Core Program “Establishing International Research Network of Mathematical Oncology”, Engineering Science International Hall, Osaka University, October 27, 2020.  [ link ]

5. 超高次元位相的データ解析の最先端．
   井元佑介．
   数学と現象 in 清里，明治大学清里セミナーハウス，2020年2月3日．[ link ]

6. 統計的因果推論 ー 基礎理論から生命科学への応用までー．
   井元佑介．
   数学と現象 in 山中湖，山中湖畔荘 ホテル清渓（山梨県），2019年9月11日．[ link ]

7. Statistical causal discovery for gene regulatory network.
   Y Imoto, Y Hiraoka.
   1st ASHBi Mathematical Biology Workshop, Kyoto University (Japan), July 23, 2019. [ link ]

8. 数理-諸分野融合研究の推進のために ー東北大学・知のフォーラムの活動および自身の研究活動からー．
   井元佑介．
   第23回 情報・統計科学シンポジウム，九州大学，2018年12月7日（特別講演）．

9. Hyper-dual numbersを用いた数値微分の研究．
   井元佑介，山中脩也，浦本武雄，藤川正毅，三目直登．
   研究集会「数学と現象 in 長瀞」，梁山泊ホール（埼玉県），2018年8月29日．

10. 粒子法における不等式評価の現状と課題．
    井元佑介．
    数学と現象 in 清里，明治大学清里セミナーハウス，2018年2月2日．[ link ]

11. An error estimate of particle methods for Poisson equation with Neumann boundary conditions.
    Y Imoto, D Tagami.
    International Conference on Mathematical Analysis of Continuum Mechanics, Okinawa (Japan), September 20, 2017. 

12. メッシュフリー法の数学解析．
    井元佑介．
    数学と現象 in 奥多摩，奥多摩福祉会館（東京都），2016年7月．

13. Error estimates of a generalized particle method for partial differential equations.
    Y Imoto, D Tagami.
    International Workshops on Advances in Computational Mechanics III (IWACOM III), KFC Hall & Rooms (Japan), October 2015. 

14. Poisson 方程式に対する粒子型解法の誤差評価．
    井元佑介，田上大助．
    応用数理学会 2014年度年会，政策研究大学院大学，2014年9月．

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