更寮國小校地可能是全新北市地勢最低漥地區,學校靠近塭子圳沼澤區附近,地面標高零公尺,稱為「零公尺地帶」。過去淹水的狀況來的快去的也快,從獅仔頭拓寬後不能自動調節排洪,水因此停滯並且排出困難,五股、新莊大平原精華所在地及豐沛的魚米之鄉從此沒落了,低漥地區被迫遷居,在這段時間更寮國小連續五、六天因水患停課,放水假是常發生的事。更寮國小原本位在更寮村(二重疏洪道內),民國74年因為二重疏洪道的闢建,故遷校至興珍村現址。新校舍未完成期間曾寄讀三重市興榖國小一年。