Agahnim:es el principal antagonista de la mayor parte de The Legend of Zelda: A Link to the Past. Agahnim es un mago misterioso (sacerdote en la versión japonesa) quien ganó la confianza del Rey de Hyrule, lo traicionó y se hizo cargo del trono de Hyrule.
Ganon describe a Agahnim como su alter ego, y después de la derrota final del mago, Ganon sale del cuerpo de Agahnim. Varias estatuas semejantes a él se pueden ver en la Pirámide, en el Mundo Oscuro.
Nightmare: es el antagonista principal de The Legend of Zelda: Link's Awakening. Es la fuerza oscura que está detrás del sueño perpetuo del Pez del Viento.
Aunque la verdadera forma de Nightmare nunca se confirmó, se cree que su forma oscura de un solo ojo es su verdadera forma. Nightmare puede crear otros enemigos, todas actuando como entidades individual
Koume y Koate: son dos personajes recurrentes de la Saga Zelda. Son las madres adoptivas del Rey Gerudo, Ganondorf, siendo totalmente leales a su causa.
En el mundo paralelo de Términa en The Legend of Zelda: Majora's Mask son simpáticos personajes, en lugar de ser antagonistas. Koume, la hermana que representa el color rojo, tiene poder sobre el fuego, mientras que Kotake, la hermana que representa el color azul, tiene poder sobre hielo.
Skull kid: es un personaje de The Legend of Zelda: Majora's Mask. Se trata de un miembro de la raza Skull Kid, de una personalidad traviesa, jugando y gastando bromas a los demás.
Aparece como el principal antagonista de Majora's Mask, y en general se acepta, aunque no explícitamente, que hace su primera aparición en Ocarina of Time.
Majora Mask: es la máscara que representa el punto central de la trama de The Legend of Zelda: Majora's Mask. Esta antigua y poderosa máscara fue usada alguna vez en una tribu antigua para distintos rituales y, posteriormente, fue sellada debido a su poder maligno, que era tan grande que podría causar la destrucción del mundo entero.
Más tarde, la máscara fue recuperada por el Vendedor de la Máscara Feliz, un misterioso recolector y vendedor de máscaras al que eventualmente le fue robada por un travieso Skull Kid. El Skull Kid, poseído por la Máscara de Majora, usó sus poderes para sacar a la Luna de su órbita y que ésta destruyera, después de un gran impacto contra la Tierra, al mundo entero de Términa.
Zant: es un personaje de The Legend of Zelda: Twilight Princess. Zant es el antagonista recurrente de la historia principal. Proveniente de la raza Twili, obtiene sus poderes de manera misteriosa y usurpa el trono del reino Crepuscular. Con su nuevo poder, invade y aflige a Hyrule con la materia llamada Crepúsculo.
Zant, de alguna manera, lleva el mal a un nuevo nivel, desfigurando a su propia gente en Seres de las Sombras y convirtiendo a Midna en una especie de duende. Está dispuesto a hacer cualquier cosa con tal de asegurar su dominio.
Vaati: es un antagonista recurrente en la saga de The Legend of Zelda. Vaati es egoísta, buscando poder solo para satisfacer sus deseos personales.
Después de haber sido corrompido por el aprendizaje de la maldad en los corazones de los hombres, instintivamente busca el poder.
Grahim: es uno de los dos antagonistas principales de The Legend of Zelda: Skyward Sword. Él, autoproclamado señor de los demonios, desató a una horda de monstruos en las Tierras Inferiores durante los acontecimientos del juego.
Él está buscando activamente a Zelda, y es capaz de detectar su presencia. A pesar de que inicialmente no ve a Link como una amenaza para sus planes, a medida que el juego progresa, cada vez esta más frustrado por la interferencia de Link.
Heraldo de a muerte: es uno de los dos antagonistas principales de The Legend of Zelda: Skyward Sword. Es el origen de todo mal, con un inmenso poder maligno capaz de destruir el mundo entero.
Se dice que se reencarna en cada era y presenta un aspecto diferente dependiendo de la persona que le vea. Su objetivo es adueñarse del poder omnímodo de la Trifuerza y dominar el mundo con la ayuda de sus huestes demoníacas.
Con el paso de los años y al ser sellado por la Diosa Hylia, el Heraldo se transformó en la criatura conocida como el Durmiente.
Diego: es un personaje de The Legend of Zelda: Spirit Tracks. Es el ayudante de Makivelo, así como el jefe del último piso de la Torre de las Almas. Es visto por primera vez cuando Link, Zelda y Bigboy se dirigen a la Torre de las Almas y éste, junto con el ministro Makivelo, separan el espíritu y el cuerpo de la Princesa Zelda.
Táligo, al parecer, sirvió a los espíritus del bien en el pasado, ya que su maestra Radiel afirma haberlo entrenado y criado como alumno durante al menos un siglo antes de volverse malo, revelando su verdadera identidad como Trenebundo. A diferencia de otros miembros de la raza Trenebunda, Táligo posee la altura media de un adulto Hylian y no utiliza un dispositivo con ruedas para desplazarse.
Makivelo: es uno de los antagonistas de The Legend of Zelda: Spirit Tracks. En un principio actúa como ministro del gobierno de Hyrule y como un fiel servidor de la Princesa Zelda, la monarca del país.
Según los creadores del juego Spirit Tracks, Makivelo parece ser la inspiración del estereotipo del "político corrupto". En otras palabras, Makivelo parece estar haciendo cosas por el bien común, pero en realidad sólo esta actuando así para poder beneficiarse a si mismo.
Yuga: es un personaje y uno de los dos antagonistas principales de The Legend of Zelda: A Link Between Worlds. Buscó a los descendientes de los Siete Sabios de Hyrule, así como la Princesa Zelda, para resucitar a Ganon y usar su poder para gobernar el mundo de Hyrule y Lorule, ocupando su lugar entre los dioses.
Yuga es un hechicero que tiene el poder de transformarse a sí mismo y a otros personajes en un dibujo de dos dimensiones. Con su cetro mágico, puede atrapar a las personas dentro de cuadros, convirtiéndolos en pinturas.
Hilda: es un personaje de The Legend of Zelda: A Link Between Worlds. Es la única superviviente de la Familia Real de Lorule y princesa regente de Lorule, y está decidida a devolver a su reino su antiguo esplendor.
El atuendo y la apariencia la hace parecer mucho a la Princesa Zelda, pero ella tiene el pelo de color púrpura oscuro, ojos rojos y su vestimenta tiene un esquema de color púrpura, en contraste con el color rosa de la Princesa Zelda.
Aster: es uno de los antagonistas de Hyrule Warriors: La Era del Cataclismo. Se trata de una misteriosa figura encapuchada que coordina las acciones del clan yiga desde las sombras para asegurar la llegada del cataclismo.
El pasado de Aster permanece envuelto en misterio, todo lo que se sabe es que un receptáculo del mismo Ganon llegó hasta su presencia. Esta máquina le mostró imágenes de un futuro asolado por la llegada del cataclismo y le hizo entrega de una reliquia que le ayudaría a hacer estas visiones una realidad. A partir de entonces, Aster cumpliría con el destino que Ganon tenía preparado para él.