Il Lago di Massaciuccoli era già conosciuto in epoca romana come lago delle Fosse Papriane. 

Dal tardo medioevo il lago divenne una zona di confine tra la Repubbliche di Lucca e Pisa.

Nella metà del XVII secolo, grazie soprattutto a risorse dei privati, furono realizzati vasti interventi di bonifica e, nel XVIII secolo, furono aperti tanti fossi e canali di scolo delle acque piovane delle colline nel lago, nella "Sponda Lucchese". La parte meridionale del lago verrà quasi interamente bonificata nel XX secolo. Alla fine del XIX secolo Giacomo Puccini acquistò una casa a Torre del Lago (Comune di Viareggio) chiamata "Torre alla Macchia", ed essa venne trasformata in una piccola villa: in suo onore la località venne ribattezzata con il nome di "Torre del Lago Puccini".

Tra il 1950 e il 1970 vennero costruite numerose palafitte, finalizzate alla pesca, che venivano venduti nei mercati di Lucca, Pisa e Viareggio. Tuttavia, dal 1980 in poi, il lago è diventato sempre più inquinato principalmente per via dei concimi provenienti dai campi coltivati nei pressi del lago e della presenza di specie aliene e, pertanto, le palafitte vennero abbandonate a causa della non commestibilità dei pesci lacustri. Negli ultimi anni ci sono state proposte di progetti per ripulire l'acqua del lago, ma ad oggi niente è in funzione.