Zona inti ditentukan berdasarkan karakteristik dan fungsinya untuk perlindungan mutlak habitat dan populasi ikan, penelitian dan pendidikan. Zona inti bertujuan untuk melindungi ekosistem habitat dan populasi ikan yang rentan terhadap gangguan manusia. Lokasi yang mempunyai karakteristik dan ditetapkan sebagai zona inti adalah Pulau Auki, Pulau Mansurbabo, Pulau Pai, Pulau Nusi, Pulau Padaidori, Pulau Mbromsi, Pulau Pasi dan Pulau Meosmangguandi dengan luas zona inti sebesar 3.925,36 ha.

Zona perikanan berkelanjutan di TWP Kepulauan Padaido seluas 177.062,9 ha, dari luasan tersebut terdapat Sub Zona Perikanan Tradisional seluas 106.708,78 ha. Tujuan penetapan zona perikanan berkelanjutan agar masyarakat dapat memanfaatkan potensi sumber daya di dalam kawasan sehingga sebagai sumber perekonomian masyarakat. Peruntukkan Sub Zona Perikanan Berkelanjutan Tradisonal hanya bagi nelayan lokal dengan sarana prasarana alat tangkap sederhana serta mengakomodir kearifan lokal setempat. Lokasi Sub Zona inti bertujuan untuk melindungi ekosistem habitat dan populasi ikan yang rentan terhadap gangguan manusia. Lokasi yang mempunyai karakteristik dan ditetapkan sebagai zona inti adalah Pulau Auki, Pulau Mansurbabo, Pulau Pai, Pulau Nusi, Pulau Padaidori, Pulau Mbromsi, Pulau Pasi dan Pulau Meosmangguandi dengan luas zona inti sebesar 3.925,36 ha.

Zona pemanfaatan ditetapkan sebagai zona yang memiliki potensi perairan berupa pantai, pulau kecil, terumbu karang, lamun dan mangrove serta sumber daya ikan yang melimpah, unik dan indah namun tidak terancam sehingga sesuai untuk kegiatan pariwisata alam perairan. Zona ini diperuntukkan untuk pariwisata dan rekreasi, perlindungan habitat dan populasi ikan, penelitian dan pendidikan. Lokasi zona pemanfaatan berada di Pulau Auki, Pulau Wurki, Pulau Wundi, Pulau Meosmangguandi, Pulau Padaidori, Pulau Pai, Pulau Rasi, Pulau Rumi dan Pulau Pakreki

Zona Lainnya berupa zona rehabilitasi karena adanya ancaman degradasi terhaap terumbu karang, lamun dan mangrove serta sumber daya ikan sehingga perlu untuk dikembalikan ke keadaan ideal. Peruntukkan zona lainnya untuk mengembalikkan ekosistem yang rusak menjadi atau mendekati kondisi alamiah dan kepentingan aktivitas masyarakat dalam menangkap ikan dengan memberlakukan larangan menangkap sementara waktu. Zona ini terletak di Pulau Pai, Pulau Nusi, Pulau Pakreki dengan luas sebesar 198,94 ha.