Diving merupakan salah satu aktivitas pariwisata alam perairan yang dapat dilakukan di TWP Kepulauan Padaido. Beberapa pilihan spot diving di Kepulauan Padaido, diantaranya Wundi Cave (berupa goa bawah laut), Rasi Wreck (berupa kapal tenggelam), Pintu Lumba-Lumba (berupa karang sekaligus lokasinya sekitar jalur lumba-lumba), Bromsi Coral Garden (berupa taman karang), Baracuda Spot (berupa spot dengan gerombolan Baracuda) dan masih banyak lagi spot diving lainnya.

TWP Kepulauan Padaido juga memiliki beberapa tempat yang berpotensi untuk aktivitas snorkeling dan swimming, seperti di sekitar Wundi Cave, Pantai Pasi, Pulau Rasi, Pulau Wamsoi dan beberapa pulau lainnya

Untuk dapat melakukan kegiatan cetacean watching, wisatawan dapat berkunjung ke Pulau Pasi tepatnya berada di Kampung Samberpasi dengan menggunakan alat transportasi berupa perahu mesin. Wisatawan akan disuguhkan dengan pemandangan lumba-lumba yang sedang traveling dengan pertunjukan melompat tinggi dan berenang mengikuti arah pergerakan perahu

Padaido sebagai daerah kepulauan juga memiliki potensi sebagai hoping islands yang artinya meloncat atau berkunjung dari satu pulau ke pulau lainnya. Aktivitas ini dapat dilakukan dengan mengunjungi beberapa pulau tidak berpenduduk, seperti Pulau Kebori, Pulau Rasi, Pulau Wamsoi, Pulau Dauwi, Pulau Runi, Pulau Nukori dan beberapa pulau lainnya

Tingginya potensi perikanan di TWP Kepulauan Padaido menjadikan sebagai lokasi yang dijadikan sebagai daerah penangkapan ikan. Bukan hanya masyarakat di dalam kawasan, tetapi dimanfaatkan oleh wisatawan dengan melakukan aktivitas mancing. Beberapa lokasi memiliki potensi wisata berupa memancing, dengan berbagai ikan target, seperti kakap, kerapu dan ikan jenis lainnya

Menikmati sunset dan sunrise bisa menjadi pilihan wisata yang dapat dinikmati di TWP Kepulauan Padaido. Beberapa pulau yang cocok untuk melihat pemandangan matahari di pagi dan sore hari, seperti di Pulau Pasi, Pulau Meosamangguandi dan Pulau Nusi.